Công văn số 3379/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn về chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) trong trường hợp doanh nghiệp có sự thay đổi về thành viên góp vốn hoặc cổ đông. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp tháo gỡ vướng mắc cho các doanh nghiệp đang trong quá trình thực hiện dự án đầu tư có sự biến động về cơ cấu sở hữu vốn nhưng vẫn muốn duy trì các quyền lợi ưu đãi thuế theo quy định.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản này áp dụng đối với các doanh nghiệp đang hoạt động, đang được hưởng hoặc đủ điều kiện hưởng ưu đãi thuế TNDN theo diện dự án đầu tư mới hoặc dự án đầu tư mở rộng, có phát sinh thay đổi về thành viên góp vốn, tỷ lệ góp vốn hoặc cổ đông sáng lập. Đối tượng thực hiện bao gồm các doanh nghiệp nêu trên và các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong quá trình quản lý, thanh tra, kiểm tra thuế.

Nguyên tắc tiếp tục hưởng ưu đãi thuế TNDN khi thay đổi thành viên góp vốn

• Doanh nghiệp đang trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế TNDN (bao gồm ưu đãi về thuế suất và thời gian miễn, giảm thuế) nếu có sự thay đổi thành viên góp vốn hoặc cổ đông mà không làm thay đổi dự án đầu tư thực tế thì doanh nghiệp vẫn tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế TNDN cho thời gian ưu đãi còn lại.
• Sự thay đổi về thành viên góp vốn hoặc cổ đông chỉ là sự thay đổi về chủ sở hữu dòng vốn, không làm thay đổi tư cách pháp nhân của doanh nghiệp đang thực hiện dự án đầu tư và không làm thay đổi các điều kiện ưu đãi đầu tư mà doanh nghiệp đã và đang đáp ứng.
• Ưu đãi thuế TNDN được xác định theo dự án đầu tư thực tế của doanh nghiệp chứ không xác định theo từng thành viên góp vốn hoặc cổ đông cụ thể, trừ trường hợp pháp luật về thuế có quy định khác đối với từng loại hình đặc thù.

Các điều kiện bắt buộc để doanh nghiệp được tiếp tục hưởng ưu đãi

• Doanh nghiệp phải tiếp tục duy trì và đáp ứng đầy đủ các điều kiện về ưu đãi thuế TNDN (như địa bàn ưu đãi, lĩnh vực ưu đãi, quy mô vốn, công nghệ hoặc số lượng lao động) theo quy định của pháp luật tại thời điểm thay đổi và trong suốt thời gian hưởng ưu đãi còn lại.
• Dự án đầu tư của doanh nghiệp phải là dự án thực tế đang hoạt động, không bị cơ quan nhà nước có thẩm quyền thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định chấm dứt hoạt động dự án.
• Doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ, nộp thuế theo kê khai và hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế.

Trách nhiệm của doanh nghiệp và cơ quan thuế quản lý

• Doanh nghiệp có trách nhiệm thực hiện đầy đủ các thủ tục đăng ký thay đổi thông tin đăng ký doanh nghiệp, danh sách thành viên góp vốn hoặc cổ đông với cơ quan đăng ký kinh doanh và thông báo cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo đúng thời hạn quy định.
• Doanh nghiệp phải tự xác định các điều kiện ưu đãi, mức ưu đãi, số thuế được miễn, giảm và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của việc kê khai ưu đãi thuế sau khi thay đổi thành viên góp vốn.
• Cơ quan thuế trực tiếp quản lý có trách nhiệm tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát việc đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế của doanh nghiệp sau khi thay đổi thành viên góp vốn để đảm bảo việc áp dụng chính sách ưu đãi đúng đối tượng, đúng quy định, ngăn ngừa các hành vi lợi dụng việc chuyển nhượng vốn để chuyển giá hoặc trốn thuế.

Hiệu lực và tính chất pháp lý

Công văn số 3379/TCT-CS mang tính chất hướng dẫn nghiệp vụ dựa trên các quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp, Luật Đầu tư và các văn bản hướng dẫn thi hành hiện hành. Các Cục Thuế địa phương căn cứ vào tình hình thực tế của từng doanh nghiệp trên địa bàn để hướng dẫn và xử lý cụ thể theo đúng nguyên tắc nêu tại công văn này.