Công văn số 3475 TCT/PCCS được Tổng cục Thuế ban hành ngày 25/10/2004 nhằm hướng dẫn chi tiết về chính sách thuế đối với phần mềm máy tính. Đây là văn bản pháp lý quan trọng giải quyết các vướng mắc của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương về thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) áp dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh phần mềm tại thời điểm ban hành.

Chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với phần mềm máy tính

Tổng cục Thuế hướng dẫn cụ thể về đối tượng chịu thuế và không chịu thuế GTGT đối với các hoạt động liên quan đến phần mềm máy tính như sau:

• Đối tượng không chịu thuế GTGT: Sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm (bao gồm các hoạt động sản xuất phần mềm, dịch vụ thiết kế, cài đặt, bảo trì, nâng cấp và hướng dẫn sử dụng phần mềm) tiêu dùng tại thị trường nội địa thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.
• Thuế suất đối với phần mềm xuất khẩu: Trường hợp doanh nghiệp thực hiện xuất khẩu sản phẩm phần mềm hoặc cung cấp dịch vụ phần mềm ra nước ngoài (tiêu dùng ngoài lãnh thổ Việt Nam) thì được áp dụng thuế suất thuế GTGT là 0% nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện về hợp đồng xuất khẩu, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và tờ khai hải quan theo quy định.
• Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Do hoạt động kinh doanh phần mềm trong nước thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho hoạt động này không được kê khai khấu trừ mà phải tính vào chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN. Riêng đối với phần mềm xuất khẩu áp dụng thuế suất 0%, doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đầu vào theo quy định.

Chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

Để khuyến khích phát triển ngành công nghiệp phần mềm, văn bản cũng làm rõ các nội dung ưu đãi thuế TNDN dành cho các tổ chức, doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực này:

• Ưu đãi cho doanh nghiệp sản xuất phần mềm: Doanh nghiệp có dự án đầu tư sản xuất sản phẩm phần mềm được hưởng các mức ưu đãi cao nhất về thuế suất thuế TNDN, cũng như thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN theo các quy định ưu đãi đầu tư đối với ngành nghề đặc biệt khuyến khích đầu tư.
• Điều kiện hưởng ưu đãi: Để được áp dụng các chính sách ưu đãi thuế TNDN, doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và thực hiện đăng ký, kê khai nộp thuế đúng quy định của pháp luật.

Hướng dẫn tổ chức thực hiện của cơ quan thuế

Tổng cục Thuế giao trách nhiệm cho Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương căn cứ vào các nội dung hướng dẫn tại Công văn này để triển khai thực hiện:

• Hướng dẫn các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực công nghệ thông tin và phần mềm máy tính trên địa bàn thực hiện đúng nghĩa vụ thuế.
• Đảm bảo áp dụng thống nhất các chính sách ưu đãi thuế, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp phát triển sản xuất kinh doanh, đồng thời tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra để tránh việc lợi dụng chính sách ưu đãi thuế sai quy định.