Công văn số 3479/TCHQ-KTTT do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giải quyết các vướng mắc liên quan đến chính sách thuế xuất khẩu đối với sản phẩm được sản xuất từ nguyên liệu nhập khẩu. Văn bản này giúp thống nhất cách áp dụng pháp luật thuế giữa các cục hải quan địa phương và đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực sản xuất xuất khẩu.

Theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan, chính sách thuế đối với loại hình sản xuất xuất khẩu được thực hiện chặt chẽ theo các nguyên tắc cốt lõi sau:

• Miễn thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu đầu vào: Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu được miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và các văn bản hướng dẫn thi hành.
• Nghĩa vụ thuế xuất khẩu đối với thành phẩm: Khi doanh nghiệp xuất khẩu sản phẩm được sản xuất từ nguồn nguyên liệu nhập khẩu nêu trên, nếu sản phẩm xuất khẩu thuộc đối tượng chịu thuế xuất khẩu (nằm trong Biểu thuế xuất khẩu), doanh nghiệp vẫn phải thực hiện kê khai và nộp thuế xuất khẩu theo quy định hiện hành.
• Xác định trị giá tính thuế: Việc xác định trị giá hải quan đối với sản phẩm xuất khẩu phải tuân thủ đúng các nguyên tắc và phương pháp xác định trị giá tính thuế xuất khẩu, đảm bảo tính minh bạch và chống gian lận thương mại.

Để được áp dụng chính sách miễn thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu và quản lý thuế xuất khẩu đối với thành phẩm một cách thuận lợi, doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan:

• Cơ sở sản xuất hợp pháp: Doanh nghiệp phải có quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hợp pháp đối với nhà xưởng, mặt bằng sản xuất, máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất trên lãnh thổ Việt Nam.
• Thực hiện thông báo cơ sở sản xuất: Doanh nghiệp có nghĩa vụ thông báo thông tin về cơ sở sản xuất, nơi lưu giữ nguyên liệu, vật tư và sản phẩm xuất khẩu cho cơ quan hải quan quản lý trực tiếp trước khi tiến hành nhập khẩu nguyên liệu.
• Báo cáo quyết toán định kỳ: Doanh nghiệp phải thực hiện lập và nộp báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu cho cơ quan hải quan để thực hiện công tác kiểm tra sau thông quan.

Tổng cục Hải quan cũng đưa ra các chỉ đạo cụ thể nhằm tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp trong quá trình vận hành thực tế:

• Xử lý phế liệu, phế phẩm thu được: Đối với lượng phế liệu, phế phẩm tạo ra trong quá trình sản xuất xuất khẩu, khi bán hoặc chuyển tiêu thụ nội địa, doanh nghiệp phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp và các loại thuế khác (nếu có) theo quy định của pháp luật thuế nội địa.
• Tăng cường công tác kiểm tra của cơ quan hải quan: Các cục hải quan tỉnh, thành phố có trách nhiệm thanh tra, kiểm tra định mức thực tế sản xuất của doanh nghiệp nhằm đảm bảo lượng nguyên liệu miễn thuế được sử dụng đúng mục đích, ngăn chặn tình trạng lợi dụng chính sách để gian lận, trốn thuế.

Doanh nghiệp cần chủ động rà soát quy trình quản lý kho bãi, hoàn thiện hệ thống sổ sách kế toán theo dõi nguyên liệu nhập khẩu và định mức thực tế sản xuất. Việc tuân thủ nghiêm túc các hướng dẫn tại Công văn số 3479/TCHQ-KTTT không chỉ giúp doanh nghiệp tối ưu hóa chi phí thuế mà còn hạn chế tối đa các rủi ro bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.