Tóm tắt Công văn số 3942/TCT-CS về việc khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT)

Công văn số 3942/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giải quyết các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương liên quan đến điều kiện, thủ tục khấu trừ và hoàn thuế GTGT, đặc biệt đối với các dự án đầu tư. Dưới đây là tổng hợp và phân tích chi tiết các nội dung cốt lõi của văn bản này.

1. Điều kiện hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mới

Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới tại cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố với nơi đóng trụ sở chính sẽ được hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng các điều kiện sau:

• Dự án đầu tư phải đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh và chưa đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế.
• Số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên.
• Doanh nghiệp phải thực hiện kê khai thuế GTGT riêng đối với dự án đầu tư (sử dụng mẫu tờ khai số 02/GTGT) và phải bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có) trước khi đề nghị hoàn.

2. Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Tổng cục Thuế lưu ý các trường hợp cụ thể không được áp dụng chính sách hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mà phải chuyển kỳ sau hoặc xử lý theo quy định khác:

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hóa đơn, chứng từ mua vào tương ứng với phần vốn điều lệ còn thiếu sẽ không được khấu trừ, hoàn thuế.
• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư hoặc chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành nghề có điều kiện.
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.

3. Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào phục vụ dự án đầu tư

Để đảm bảo tính hợp pháp khi thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp cần tuân thủ các nguyên tắc sau:

• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản cố định của dự án đầu tư phải được hạch toán riêng biệt.
• Trường hợp cơ sở kinh doanh có cả hoạt động chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT nhưng không hạch toán riêng được thuế GTGT đầu vào, thì số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ sẽ tính theo tỷ lệ phần trăm (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
• Hóa đơn mua vào phải đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ, có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT).

4. Khuyến nghị thực thi dành cho doanh nghiệp

Nhằm hạn chế rủi ro bị cơ quan thuế từ chối hoàn thuế hoặc xuất toán khi thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp cần chủ động thực hiện:

• Rà soát và hoàn thành việc góp vốn điều lệ đúng thời hạn ghi trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc Điều lệ công ty.
• Lập và lưu trữ đầy đủ hồ sơ pháp lý của dự án đầu tư bao gồm: Quyết định phê duyệt dự án, Giấy chứng nhận đầu tư (nếu có), các giấy phép chuyên ngành và hồ sơ thiết kế, nghiệm thu công trình.
• Thực hiện kê khai thuế GTGT đúng mẫu biểu và thời hạn quy định, đảm bảo sự nhất quán giữa số liệu trên sổ sách kế toán và tờ khai thuế.