Ngày 10/11/2003, Tổng cục Thuế đã ban hành Công văn số 4018 TCT/CS về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Đây là văn bản chỉ đạo quan trọng nhằm chấn chỉnh công tác quản lý, kiểm tra và thực hiện hoàn thuế GTGT tại các địa phương, đảm bảo việc hoàn thuế được thực hiện đúng đối tượng, đúng chế độ và ngăn chặn hiệu quả các hành vi gian lận gây thất thoát ngân sách nhà nước.

Văn bản áp dụng đối với các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, các cán bộ thuế trực tiếp làm công tác quản lý, kiểm tra hoàn thuế, cùng các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế có hoạt động sản xuất, kinh doanh, xuất khẩu thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo quy định.

• Cơ quan thuế các cấp phải thực hiện kiểm tra nghiêm ngặt tính hợp pháp, hợp lệ của các hóa đơn GTGT đầu vào trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp.
• Đối với các hóa đơn có dấu hiệu nghi vấn, hóa đơn mua của các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế hoặc doanh nghiệp đã ngừng hoạt động, cơ quan thuế bắt buộc phải tiến hành xác minh nguồn gốc hàng hóa và tính xác thực của giao dịch trước khi giải quyết hoàn thuế.
• Kiên quyết xuất toán, không chấp nhận hoàn thuế đối với các trường hợp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, hóa đơn khống hoặc không chứng minh được việc mua bán, giao nhận hàng hóa có thực.

• Hàng hóa xuất khẩu muốn được hoàn thuế GTGT đầu vào phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện nghiêm ngặt bao gồm: Hợp đồng xuất khẩu ký kết với thương nhân nước ngoài, Tờ khai hải quan có xác nhận thực xuất của cơ quan Hải quan, Hóa đơn GTGT và chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
• Các trường hợp không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng hoặc thanh toán không đúng quy định của pháp luật sẽ không được coi là đủ điều kiện để khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đầu vào đối với lô hàng xuất khẩu đó.

• Tổng cục Thuế yêu cầu các Cục Thuế địa phương chủ động phối hợp chặt chẽ với cơ quan Hải quan để đối chiếu, xác thực số lượng và trị giá hàng hóa thực tế xuất khẩu, tránh tình trạng khai khống để chiếm đoạt tiền hoàn thuế.
• Trong quá trình thanh tra, kiểm tra, nếu phát hiện doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự, làm giả hồ sơ, chứng từ để trục lợi tiền hoàn thuế, cơ quan thuế phải kịp thời chuyển hồ sơ sang cơ quan Công an để điều tra, truy cứu trách nhiệm theo quy định.

• Cục trưởng Cục Thuế các tỉnh, thành phố chịu trách nhiệm toàn diện trước Tổng cục Thuế về công tác quản lý và quyết định hoàn thuế GTGT trên địa bàn mình phụ trách.
• Cán bộ thuế được giao nhiệm vụ thụ lý, kiểm tra hồ sơ hoàn thuế phải thực hiện đúng quy trình nghiệp vụ, đảm bảo tính khách quan, trung thực. Mọi hành vi sách nhiễu, gây khó khăn cho doanh nghiệp hoặc cố ý thông đồng, bao che cho hành vi gian lận thuế đều sẽ bị xử lý kỷ luật nghiêm khắc theo quy định của pháp luật.

Công văn số 4018 TCT/CS có hiệu lực hướng dẫn thực hiện ngay từ ngày ký ban hành. Các hướng dẫn tại văn bản này là cơ sở để cơ quan thuế các cấp thống nhất quy trình kiểm tra, giám sát chặt chẽ dòng tiền và hàng hóa, góp phần lành mạnh hóa môi trường kinh doanh và bảo vệ nguồn thu ngân sách quốc gia.