Công văn số 4039/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là một văn bản chỉ đạo nghiệp vụ quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc, đẩy nhanh tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) cho doanh nghiệp, đồng thời tăng cường công tác quản lý, phòng chống gian lận trong công tác hoàn thuế.

- Nguyên tắc phân loại và xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT

Tổng cục Thuế yêu cầu các Cục Thuế địa phương thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT theo đúng quy định của pháp luật quản lý thuế hiện hành, cụ thể:

• Đối với hồ sơ thuộc diện "Hoàn thuế trước, kiểm tra sau": Cơ quan thuế phải khẩn trương thẩm định, ban hành quyết định hoàn thuế trong thời hạn quy định nếu hồ sơ đầy đủ, hợp lệ, không để kéo dài gây nghẽn dòng vốn của doanh nghiệp.
• Đối với hồ sơ thuộc diện "Kiểm tra trước, hoàn thuế sau": Thực hiện kiểm tra thực tế tại trụ sở người nộp thuế để xác minh tính hợp pháp của các giao dịch mua bán, hóa đơn chứng từ trước khi ra quyết định hoàn thuế.

- Tăng cường kiểm tra, xác minh hóa đơn đầu vào

Để ngăn chặn tình trạng sử dụng hóa đơn bất hợp pháp nhằm trục lợi tiền hoàn thuế, Công văn hướng dẫn cụ thể về công tác xác minh:

• Tập trung đối chiếu, xác minh các hóa đơn đầu vào có dấu hiệu rủi ro cao, các doanh nghiệp trung gian trong chuỗi cung ứng có dấu hiệu bỏ địa chỉ kinh doanh hoặc tạm ngừng hoạt động.
• Việc xác minh phải được thực hiện kịp thời, đúng đối tượng. Trường hợp phát hiện hành vi vi phạm pháp luật về thuế, hóa đơn thì xử lý nghiêm theo quy định.
• Đối với các hóa đơn chưa có kết quả trả lời xác minh từ các cơ quan thuế liên quan, nếu phần thuế GTGT còn lại đủ điều kiện hoàn thì vẫn giải quyết hoàn thuế trước cho doanh nghiệp, phần chưa rõ sẽ tiếp tục xác minh và xử lý sau.

- Nâng cao trách nhiệm của cơ quan thuế các cấp

Văn bản nhấn mạnh vai trò và trách nhiệm của thủ trưởng cơ quan thuế và công chức được giao nhiệm vụ giải quyết hồ sơ hoàn thuế:

• Nghiêm cấm các hành vi gây phiền hà, sách nhiễu, tự ý kéo dài thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp trái quy định.
• Tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin, hệ thống quản lý rủi ro để tự động hóa một số khâu trong quá trình phân loại và kiểm tra hồ sơ hoàn thuế.
• Chịu trách nhiệm toàn diện trước pháp luật và trước Tổng cục Thuế về kết quả giải quyết hoàn thuế tại địa bàn quản lý, đảm bảo vừa tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp vừa bảo vệ ngân sách nhà nước.

- Phối hợp liên ngành trong phòng chống gian lận hoàn thuế

Công văn cũng định hướng việc phối hợp chặt chẽ giữa cơ quan thuế và các cơ quan chức năng khác:

• Chủ động phối hợp với cơ quan Công an để điều tra, xác minh các đường dây mua bán hóa đơn giả, các doanh nghiệp được thành lập chỉ nhằm mục đích gian lận hoàn thuế GTGT.
• Phối hợp với cơ quan Hải quan để kiểm soát chặt chẽ hoạt động xuất khẩu, đối chiếu tờ khai hải quan và dòng tiền thanh toán qua ngân hàng đối với các hồ sơ hoàn thuế xuất khẩu.