Công văn số 5096/TCHQ-GSQL do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc, thống nhất quy trình thực hiện thủ tục thanh khoản và báo cáo quyết toán đối với loại hình nhập nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu (SXXK). Văn bản này hướng tới việc chuẩn hóa quy trình nghiệp vụ của cơ quan hải quan và tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.

- Nguyên tắc quản lý và nộp báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư

• Doanh nghiệp thực hiện hoạt động nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu có trách nhiệm lập và nộp báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhập khẩu cho cơ quan hải quan theo năm tài chính.
• Số liệu trên báo cáo quyết toán phải đảm bảo tính thống nhất, khớp đúng với hệ thống sổ sách kế toán, chứng từ kho và chứng từ kế toán của doanh nghiệp.
• Thời hạn nộp báo cáo quyết toán chậm nhất là 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính của doanh nghiệp.

- Quy trình kiểm tra báo cáo quyết toán của cơ quan hải quan

• Cơ quan hải quan thực hiện phân tích, đánh giá rủi ro dựa trên thông tin hệ thống và hồ sơ báo cáo quyết toán của doanh nghiệp để quyết định việc kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp.
• Các trường hợp ưu tiên kiểm tra bao gồm: doanh nghiệp nộp báo cáo quyết toán lần đầu, doanh nghiệp có sự chênh lệch bất thường giữa số liệu nhập - xuất - tồn, hoặc doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan và thuế.
• Quá trình kiểm tra tập trung vào việc xác định tính định mức thực tế sản xuất, sự phù hợp của sản phẩm xuất khẩu với nguyên liệu nhập khẩu đã khai báo.

- Hướng dẫn xử lý phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu dư thừa

• Đối với phế liệu, phế phẩm thu được trong quá trình sản xuất hàng xuất khẩu, nếu bán ra thị trường nội địa thì doanh nghiệp phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của pháp luật thuế nội địa mà không phải làm thủ tục hải quan chuyển đổi mục đích sử dụng.
• Đối với nguyên liệu, vật tư dư thừa sau khi kết thúc chu kỳ sản xuất hoặc hợp đồng gia công, doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục chuyển tiêu thụ nội địa, tái xuất hoặc tiêu hủy theo đúng quy định pháp luật hiện hành.
• Mọi hành vi tự ý tẩu tán, tiêu thụ nội địa nguyên liệu, vật tư nhập khẩu SXXK chưa qua xử lý thuế đều bị coi là hành vi trốn thuế và bị xử lý nghiêm theo quy định.

- Thủ tục hoàn thuế và không thu thuế đối với loại hình SXXK

• Doanh nghiệp được áp dụng chính sách không thu thuế nhập khẩu hoặc hoàn thuế nhập khẩu đối với phần nguyên liệu, vật tư nhập khẩu thực tế đã được đưa vào sản xuất và đã xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan.
• Hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế phải được chuẩn bị đầy đủ, rõ ràng, chứng minh được mối quan hệ nhân quả giữa nguyên liệu nhập khẩu và sản phẩm xuất khẩu thực tế.
• Cơ quan hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và thực hiện hoàn thuế, không thu thuế đúng thời hạn quy định nhằm hỗ trợ dòng vốn cho doanh nghiệp tái sản xuất.

- Trách nhiệm của doanh nghiệp và cơ quan hải quan địa phương

• Doanh nghiệp có nghĩa vụ lưu trữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ, sổ sách kế toán liên quan đến nguồn hàng nhập khẩu SXXK trong thời hạn 5 năm để phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan.
• Cục Hải quan các tỉnh, thành phố có trách nhiệm phổ biến, hướng dẫn chi tiết nội dung công văn này đến các Chi cục Hải quan trực thuộc và cộng đồng doanh nghiệp trên địa bàn quản lý nhằm đảm bảo tính thống nhất trong thực thi pháp luật.