1. Bổ sung Khoản 1a vào Khoản 1 Mục I Phần II Quy trình kiểm tra thuế như sau:

“1a. Giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ khai thuế cho bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế.

- Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế cho bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế.

- Bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế tổ chức việc kiểm tra hồ sơ khai thuế của người nộp thuế tại trụ sở cơ quan thuế theo Tổ kiểm tra, với biên chế tối thiểu 02 người/01 Tổ kiểm tra/01 người nộp thuế thuộc danh sách phải kiểm tra. Phụ trách bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành quyết định giao cụ thể số lượng, danh sách người nộp thuế phải kiểm tra hồ sơ khai thuế cho từng Tổ Kiểm tra.

- Phụ trách bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế phân công nhiệm vụ theo danh sách người nộp thuế cụ thể cho Tổ trưởng và các thành viên trong Tổ kiểm tra, nội dung phân công, giao nhiệm vụ được lập thành văn bản.”

2. Bổ sung điểm 2.2.2a vào điểm 2.2.2 Khoản 2 Mục I Phần II Quy trình kiểm tra thuế như sau:

“2.2.2a. Kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế theo nhiệm vụ kiểm tra được giao.

- Tổ Kiểm tra tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin trong việc kiểm tra hồ sơ khai thuế. Thực hiện thu thập các thông tin từ các phòng/đơn vị chức năng thuộc cơ quan thuế (đơn thư tố cáo, tình hình sử dụng hóa đơn,...); thu thập thông tin từ bên thứ ba ngoài cơ quan thuế (bao gồm: truyền thông, đơn thư tố cáo, giao dịch đáng ngờ từ Cơ quan giám sát Ngân hàng, cơ quan Thanh tra Chính phủ, Kiểm toán Nhà nước, hải quan,...) để phục vụ công tác đối chiếu, rà soát hồ sơ của người nộp thuế.

- Hồ sơ khai thuế tháng, quý: thực hiện kiểm tra 100% hồ sơ khai thuế. Áp dụng công nghệ thông tin để đánh giá mức độ rủi ro của hồ sơ khai thuế theo quy định tại điểm 2.2.2 Khoản 2 Mục I Quy trình kiểm tra thuế và Quy trình Kiểm tra hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tại trụ sở cơ quan thuế bằng công nghệ thông tin (Ban hành kèm theo Quyết định số 1186/QĐ-TCT ngày 27/6/2016 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế).

- Hồ sơ khai thuế, quyết toán thuế năm: tập trung kiểm tra hồ sơ khai thuế, quyết toán thuế năm 2019 và các năm chưa thanh tra, kiểm tra. Các Tổ kiểm tra áp dụng đánh giá rủi ro qua ứng dụng TPR với dữ liệu mới cập nhật (bổ sung thêm các tiêu chí động), kết hợp thông tin từ bên thứ ba để đánh giá mức độ rủi ro của hồ sơ khai thuế năm. Trên cơ sở kết quả đánh giá mức độ rủi ro của hồ sơ khai thuế năm, Tổ kiểm tra thực hiện:

+ Lập phiếu nhận xét hồ sơ khai thuế theo Mẫu số 01/QTKT ban hành kèm theo Quy trình kiểm tra thuế. Phiếu nhận xét phải có đủ chữ ký của các thành viên của Tổ kiểm tra.

+ Tổ kiểm tra lập danh sách người nộp thuế có rủi ro cao, vừa, thấp (gồm rủi ro thấp và rất thấp) để thực hiện như sau:

++ Lập danh sách người nộp thuế có điểm rủi ro thấp, thực hiện rà soát, đề xuất lãnh đạo bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký duyệt lưu hồ sơ; hoặc có thể lưu tại hệ thống sau khi lãnh đạo duyệt và có chữ ký điện tử.

++ Lập danh sách người nộp thuế có rủi ro vừa (nêu rõ dấu hiệu rủi ro, nghi vấn) thông qua bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký thông báo đề nghị người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo quy định tại Khoản 5 Quy trình này.

++ Lập danh sách người nộp thuế có rủi ro cao (nêu rõ dấu hiệu rủi ro, nghi vấn) để thực hiện lập danh sách báo cáo lãnh đạo bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế kế hoạch kiểm tra và giám sát trọng điểm tại trụ sở cơ quan thuế.”

3. Bổ sung Khoản 3 vào Mục I Phần II Quy trình kiểm tra thuế như sau:

“3. Phân tích chuyên sâu và giám sát trọng điểm tại trụ sở cơ quan thuế.

Tổ kiểm tra thuộc bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế thực hiện thu thập thông tin, tài liệu, số liệu của người nộp thuế trên hệ thống thông tin ngành thuế như tài liệu, hồ sơ về đăng ký, kê khai, nộp thuế, báo cáo sử dụng hóa đơn, báo cáo tài chính, thông tin thu thập từ bên thứ ba ...

Kết hợp với công tác quản lý thuế trực tiếp trên địa bàn, để thực hiện phân tích chuyên sâu đối với người nộp thuế có rủi ro cao thuộc kế hoạch kiểm tra và giám sát trọng điểm. Cụ thể:

Các nội dung cơ bản phân tích chuyên sâu được thực hiện như sau:

- Phân tích so sánh mức độ điểm rủi ro của người nộp thuế trên Ứng dụng TPR sau khi cập nhật hồ sơ khai thuế mới nhất với điểm rủi ro khi lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra lần đầu.

- Phân tích các chỉ tiêu trên báo cáo tài chính, tờ khai thuế.

Trên cơ sở Báo cáo tài chính được khai thác trên ứng dụng Báo cáo tài chính (BCTC) hoặc các ứng dụng tra cứu Báo cáo tài chính (TPH, DW,...) công chức thanh tra - kiểm tra thuế đánh giá, phân tích dựa trên tỷ lệ, mức độ biến động của các chỉ tiêu theo chiều ngang, cột dọc tại Báo cáo kết quả kinh doanh và Bảng cân đối kế toán. Qua phân tích các chỉ tiêu có tỷ lệ tăng, giảm đột biến để xác định mức độ rủi ro người nộp thuế.

Đối chiếu các chỉ tiêu trên báo cáo tài chính với các chỉ tiêu trên các tờ khai thuế của cả năm, tờ khai quyết toán thuế để so sánh, đánh giá một số chỉ tiêu như: doanh thu, chi phí, lợi nhuận để phát hiện mức độ rủi ro về thuế.

Đối với thuế GTGT: Sử dụng tờ khai thuế GTGT hàng tháng/quý trên các ứng dụng TMS, DW, eTax và kết quả chấm điểm rủi ro trên ứng dụng TTR tháng/quý để phân tích đối chiếu số liệu xác định mức độ rủi ro về thuế GTGT của người nộp thuế.

Đối với thuế TNCN: sử dụng dữ liệu trên một số ứng dụng ngành thuế đang quản lý như TMS, DW, eTax,... để rà soát đối chiếu những thông tin, tài liệu để xác định nghĩa vụ thuế của các cá nhân có nhiều nguồn thu nhập nhưng kê khai thiếu, những cá nhân đã tạm kê khai 10% cho từng lần phát sinh thu nhập nhưng quyết toán chưa đầy đủ,...

- Phân tích mức độ tuân thủ nộp thuế, tình hình chấp hành và các vi phạm trong các năm gần nhất:

Sử dụng dữ liệu trên ứng dụng quản lý thuế (TMS, TPH, DW,...) để xác định việc nộp thuế (nợ thuế) của người nộp thuế; việc tuân thủ các nghĩa vụ thuế qua các lần thanh tra, kiểm tra thuế để xác định mức độ rủi ro của người nộp thuế,...

- Phân tích các thông tin thu thập từ bên thứ ba: Đối chiếu dữ liệu thu thập được từ bên thứ ba để phân tích thông tin, đánh giá mức độ rủi ro của người nộp thuế.

- Kết quả phân tích chuyên sâu để xác định cụ thể nội dung, mức độ rủi ro để tập trung kiểm tra và giám sát trọng điểm.

- Việc kiểm tra và giám sát trọng điểm được thực hiện với các bước như kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế, trên cơ sở kết quả phân tích chuyên sâu để yêu cầu giải trình.

- Định kỳ hàng tháng cơ quan thuế các cấp thực hiện gửi kết quả xử lý hồ sơ danh sách doanh nghiệp đã được kiểm tra trọng điểm về Tổng cục Thuế qua việc nhập kết quả vào Ứng dụng TTR.”

4. Bổ sung Khoản 4 vào Mục I Phần II Quy trình kiểm tra thuế như sau:

“4. Xác định trường hợp kiểm tra tại trụ sở quan thuế đối với người nộp thuế thuộc kế hoạch thanh tra, kiểm tra năm 2020 được duyệt.

Trên cơ sở kế hoạch thanh tra, kiểm tra năm 2020 được duyệt, Tổ kiểm tra thực hiện phân tích so sánh mức độ điểm rủi ro của người nộp thuế trên Ứng dụng TPR sau khi cập nhật hồ sơ khai thuế mới nhất (năm 2019) với điểm rủi ro khi lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra lần đầu; So sánh tổng doanh thu của hàng hóa dịch vụ bán ra trên tờ khai thuế GTGT 06 tháng (02 quý) đầu năm 2020 với cùng kỳ năm trước để xác định mức độ rủi ro cao, vừa, thấp (so với thời điểm lập kế hoạch) và thực hiện lựa chọn trường hợp người nộp thuế kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế như sau:

- Đối với trường hợp người nộp thuế thuộc ngành nghề, lĩnh vực có ảnh hưởng trực tiếp của thiên tai, dịch bệnh theo thông báo của cơ quan có thẩm quyền, thuộc kế hoạch thanh tra, kiểm tra được duyệt, qua cập nhật dữ liệu và kết quả phân tích chuyên sâu:

+ Mức độ rủi ro thấp về thuế thì thực hiện trình cơ quan có thẩm quyền điều chỉnh giảm kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế năm 2020 theo quy định của pháp luật.

+ Mức độ rủi ro vừa thì thực hiện trình cơ quan có thẩm quyền điều chỉnh giảm kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế năm 2020 vả thực hiện kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế theo quy định.

+ Mức độ rủi ro cao về thuế thì thực hiện lập danh sách giám sát trọng điểm về thuế, báo cáo lãnh đạo bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế để trình Thủ trưởng cơ quan thuế thực hiện kiểm tra và giám sát trọng điểm tại trụ sở cơ quan thuế.

- Kết quả phân tích, so sánh mức độ điểm rủi ro trên Ứng dụng TPR sau khi cập nhật hồ sơ khai thuế năm mới nhất và mức độ tăng trưởng khi so sánh tổng doanh thu của hàng hóa dịch vụ bán ra trên tờ khai thuế GTGT các tháng, quý gần nhất trong năm với cùng kỳ năm trước là cơ sở để cơ quan thuế xem xét, thực hiện kế hoạch thanh tra, kiểm tra đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Trường hợp người nộp thuế có mức tăng trưởng doanh thu của hàng hóa dịch vụ bán ra trên tờ khai thuế GTGT các tháng, quý gần nhất trong năm với cùng kỳ năm trước bị giảm sâu, thì cơ quan thuế xem xét, đánh giá mức độ ảnh hưởng của thiên tai, dịch bệnh đến hoạt động sản xuất kinh doanh, kết hợp với kết quả phân tích rủi ro trên Ứng dụng TPR để xem xét, báo cáo tác động của thiên tai, dịch bệnh, trình cấp có thẩm quyền điều chỉnh giảm kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế và chuyển sang thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế theo quy định.

- Đối với trường hợp người nộp thuế không chịu ảnh hưởng trực tiếp của thiên tai, dịch bệnh thuộc kế hoạch thanh tra, kiểm tra được duyệt, nhưng có kiến nghị không thực hiện thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, qua phân tích chuyên sâu dữ liệu báo cáo tài chính cập nhật mới nhất về kết quả phân tích các chỉ tiêu trên báo cáo tài chính, tờ khai thuế, mức độ tuân thủ của người nộp thuế và các thông tin thu thập khác, nếu có mức độ rủi ro thấp hơn khi lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra và doanh nghiệp bị giảm mức tăng trưởng (có tăng doanh thu của hàng hóa dịch vụ bán ra trên tờ khai thuế GTGT các tháng, quý gần nhất trong năm thấp hơn cùng kỳ năm trước) thì cơ quan thuế xem xét trình cấp có thẩm quyền điều chỉnh kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế và chuyển sang thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế theo quy định.”

5. Bổ sung Khoản 5 vào Mục I Phần II Quy trình kiểm tra thuế như sau:

“5. Thực hiện thu thập thông tin, yêu cầu giải trình, xử lý hồ sơ khai thuế khi thực hiện kiểm tra, giám sát trọng điểm tại trụ sở cơ quan thuế trong thời kỳ thiên tai, dịch bệnh.

a) Việc kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế được thực hiện chủ yếu trên cơ sở các nội dung rủi ro khi phân tích chuyên sâu, xác định trọng tâm và kiểm tra chọn mẫu. Tổ kiểm tra phải báo cáo trưởng bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ra thông báo bằng văn bản đề nghị người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu theo mẫu quy định.

b) Tiếp nhận hồ sơ, tài liệu, thông tin giải trình.

- Người nộp thuế có thể gửi thông tin, tài liệu, văn bản giải trình bằng hình thức: Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế; địa chỉ email; bưu điện hoặc trực tiếp đến làm việc tại trụ sở cơ quan thuế. Công chức kiểm tra thuế có trách nhiệm hướng dẫn người nộp thuế gửi thông tin, tài liệu, văn bản giải trình.

- Trường hợp người nộp thuế trực tiếp đến cơ quan thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế, thì phải đăng ký qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc địa chỉ email ngành thuế về nội dung và thời gian giải trình. Khi làm việc trực tiếp với người nộp thuế tại trụ sở cơ quan thuế phải có tối thiểu từ 02 (hai) công chức thuế trở lên. Nội dung làm việc phải lập biên bản theo mẫu quy định.

- Cơ quan thuế khuyến khích người nộp thuế gửi thông tin, tài liệu, văn bản giải trình qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Cụ thể:

+ Tổ kiểm tra gửi thông báo giải trình, bổ sung thông tin tài liệu cho người nộp thuế bằng hình thức: Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế; địa chỉ email ngành thuế; đồng thời liên lạc với người nộp thuế qua số điện thoại liên hệ đã đăng ký để thông báo và xác nhận kết quả gửi văn bản, thông tin, tài liệu.

+ Người nộp thuế gửi thông tin, tài liệu, văn bản giải trình cho Tổ kiểm tra bằng hình thức: qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế; địa chỉ email. Văn bản giải trình của người nộp thuế phải có chữ ký số theo quy định.

+ Khi yêu cầu cung cấp thông tin, tài liệu qua cổng thông tin điện tử, Tổ kiểm tra đề nghị người nộp thuế gửi thông tin, tài liệu, file sổ sách kế toán đọc được bằng các phần mềm văn phòng thông dụng như: Word, excel, pdf,....

+ Những thông tin, tài liệu, số liệu người nộp thuế đã nộp cho cơ quan thuế theo quy định hiện hành như: Tài liệu, hồ sơ về đăng ký, kê khai, nộp thuế, báo cáo sử dụng hóa đơn,... thì Tổ kiểm tra khai thác, tra cứu tại cơ quan thuế để phục vụ cho việc kiểm tra, không yêu cầu người nộp thuế cung cấp.

- Xử lý sự cố trong quá trình cung cấp thông tin, tài liệu qua các ứng dụng công nghệ thông tin trong thời gian thực hiện kiểm tra:

Trường hợp hệ thống hạ tầng kỹ thuật của người nộp thuế hoặc Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế xảy ra sự cố dẫn đến việc không cung cấp được thông tin, tài liệu, văn bản giải trình thì người nộp thuế liên hệ với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được hướng dẫn nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc qua đường bưu chính.

Nếu lỗi do hệ thống hạ tầng kỹ thuật của cơ quan thuế thì Tổ kiểm tra liên lạc với bộ phận tin học yêu cầu xác nhận và khắc phục sự cố.

- Trường hợp việc giải trình, cung cấp thông tin, tài liệu qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế không thể làm rõ được các nội dung giải trình thì người nộp thuế được quyền giải trình trực tiếp tại trụ sở cơ quan thuế. Khi cần làm việc trực tiếp với người nộp thuế tại trụ sở cơ quan thuế, công chức kiểm tra thuế phải trình Thủ trưởng cơ quan thuế lập thông báo, mời người nộp thuế đến làm việc tại trụ sở cơ quan thuế. Thông báo phải nêu rõ nội dung làm việc, thông tin, tài liệu cần cung cấp.

Khi làm việc tại trụ sở cơ quan thuế, công chức kiểm tra thuế phải tuân thủ quy định về việc tiếp xúc với người nộp thuế quy định tại Chỉ thị số 01/CT-TCT ngày 19/8/2014 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế. Nội dung làm việc phải được lập biên bản theo mẫu quy định.

c) Việc xử lý kết quả kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế được thực hiện theo quy định tại điểm 2.3 Khoản 2 Mục I Quy trình kiểm tra thuế.

Điều 2. Tổ chức thực hiện và hiệu lực thi hành

1. Quy trình này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký. Thủ trưởng các Vụ, đơn vị tương đương thuộc và trực thuộc Tổng cục Thuế; Cục Trưởng Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương chịu trách nhiệm tổ chức, triển khai thực hiện Quy trình này.

2. Giao Cục Công nghệ thông tin chuẩn bị đầy đủ các điều kiện kỹ thuật để triển khai thực hiện Quy trình này. Vụ Thanh tra - kiểm tra thuế kết hợp cùng Cục Công nghệ thông tin, Ban Quản lý rủi ro hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện Quy trình này.

3. Trong quá trình tổ chức thực hiện nếu có vướng mắc, Cục Thuế các tỉnh, thành phố kịp thời báo cáo về Tổng cục Thuế để giải quyết./.