Quyết định 16/2006/QĐ-BGDĐT do Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành là văn bản pháp lý quan trọng thiết lập hệ thống Chương trình giáo dục phổ thông trên phạm vi cả nước. Dưới đây là tóm tắt chi tiết và toàn diện các nội dung cốt lõi của Quyết định này:

- Ban hành Chương trình giáo dục phổ thông mới (Điều 1)

Quyết định chính thức ban hành kèm theo Chương trình giáo dục phổ thông với cấu trúc toàn diện bao gồm ba thành phần chính sau:

• Chương trình giáo dục phổ thông - Những vấn đề chung.
• Chương trình giáo dục phổ thông theo từng cấp học cụ thể bao gồm: Chương trình giáo dục phổ thông cấp Tiểu học, Chương trình giáo dục phổ thông cấp Trung học cơ sở, và Chương trình giáo dục phổ thông cấp Trung học phổ thông.
• Chương trình giáo dục chi tiết của 23 môn học và các hoạt động giáo dục được triển khai trong nhà trường.

- Hiệu lực thi hành và lộ trình thay thế văn bản cũ (Điều 2)

Quyết định có hiệu lực sau 15 ngày kể từ ngày đăng Công báo, đồng thời thiết lập lộ trình áp dụng và thay thế các quy định cũ cụ thể cho từng cấp học như sau:

• Đối với cấp Tiểu học và cấp Trung học cơ sở: Quyết định này chính thức thay thế hai văn bản cũ là Quyết định số 43/2001/QĐ-BGD&ĐT ngày 09 tháng 11 năm 2001 (ban hành Chương trình Tiểu học) và Quyết định số 03/2002/QĐ-BGD&ĐT ngày 24 tháng 01 năm 2002 (ban hành Chương trình Trung học cơ sở).
• Đối với cấp Trung học phổ thông: Lộ trình thực hiện được phân kỳ theo từng năm học nhằm đảm bảo tính chuyển tiếp ổn định:
  • Năm học 2006 - 2007: Bắt đầu áp dụng đối với lớp 10.
  • Năm học 2007 - 2008: Áp dụng đồng thời đối với lớp 10 và lớp 11.
  • Từ năm học 2008 - 2009: Thực hiện toàn diện đối với toàn cấp Trung học phổ thông.
• Văn bản bị thay thế ở cấp Trung học phổ thông: Kể từ năm học 2008 - 2009, Quyết định này sẽ thay thế hoàn toàn Quyết định số 329/QĐ ngày 31 tháng 03 năm 1990 (về mục tiêu và kế hoạch đào tạo của trường Phổ thông trung học) và Quyết định số 04/2002/QĐ-BGD&ĐT ngày 08 tháng 03 năm 2002 (về quy định tạm thời mục tiêu và kế hoạch giáo dục của trường Trung học phổ thông).

- Trách nhiệm thi hành quyết định (Điều 3)

Quyết định phân công rõ ràng trách nhiệm tổ chức thực hiện và thi hành cho các cá nhân, tổ chức và cơ quan quản lý giáo dục từ trung ương đến địa phương, bao gồm:

• Các chức danh chủ chốt thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo: Chánh Văn phòng, Vụ trưởng Vụ Giáo dục Trung học, Vụ trưởng Vụ Giáo dục Tiểu học, Viện trưởng Viện Chiến lược và Chương trình giáo dục, cùng Thủ trưởng các đơn vị có liên quan trực thuộc Bộ.
• Chính quyền địa phương và cơ quan quản lý giáo dục cấp tỉnh: Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và Giám đốc các sở giáo dục và đào tạo trên cả nước.