Ngày 27 tháng 10 năm 2000, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 106/2000/TT-BTC hướng dẫn việc giảm, miễn các loại thuế đối với vùng lũ lụt. Đây là chính sách hỗ trợ tài chính kịp thời và thiết thực của Nhà nước nhằm giúp đỡ các tổ chức, hộ gia đình và cá nhân sản xuất, kinh doanh tại các địa phương bị thiệt hại do thiên tai, lũ lụt nhanh chóng khắc phục hậu quả, ổn định đời sống và khôi phục hoạt động sản xuất kinh doanh.

Phạm vi áp dụng của Thông tư bao gồm các địa bàn thuộc vùng bị thiên tai, lũ lụt theo xác định của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền. Đối tượng được hưởng chính sách miễn, giảm thuế là các tổ chức, cá nhân, hộ gia đình trực tiếp bị thiệt hại về tài sản, mùa màng, hàng hóa, nguyên vật liệu hoặc bị ngừng trệ sản xuất, kinh doanh do ảnh hưởng trực tiếp của lũ lụt.

Chính sách miễn, giảm thuế sử dụng đất nông nghiệp

• Hộ nộp thuế sử dụng đất nông nghiệp có diện tích cây trồng, diện tích đất nuôi trồng thủy sản hoặc đặc sản bị thiệt hại do lũ lụt được xét miễn hoặc giảm thuế tương ứng với mức độ thiệt hại thực tế của vụ mùa.
• Mức độ thiệt hại từ 10% đến dưới 20%: Được xét giảm thuế tương ứng với tỷ lệ thiệt hại thực tế.
• Mức độ thiệt hại từ 20% đến dưới 40%: Được giảm 50% số thuế sử dụng đất nông nghiệp phải nộp của diện tích bị thiệt hại.
• Mức độ thiệt hại từ 40% trở lên: Được miễn toàn bộ số thuế sử dụng đất nông nghiệp phải nộp đối với phần diện tích bị thiệt hại của năm xảy ra lũ lụt.

Chính sách miễn, giảm thuế nhà, đất

• Các đối tượng nộp thuế nhà, đất có nhà ở, đất ở bị ngập lụt, sạt lở, đổ nát hoặc hư hỏng nặng do lũ lụt gây ra được xét miễn hoặc giảm thuế nhà, đất tương ứng với mức độ thiệt hại thực tế và thời gian không sử dụng được đất.
• Trường hợp đất đai bị sạt lở hoàn toàn hoặc bị bồi lấp không thể tiếp tục sử dụng cho mục đích ở hoặc sản xuất thì được miễn thuế nhà, đất cho đến khi khắc phục xong hoặc được bố trí nơi ở mới.

Chính sách miễn, giảm thuế môn bài

• Các hộ kinh doanh cá thể, cửa hàng, cửa hiệu và các cơ sở sản xuất kinh doanh bị thiệt hại nặng nề về cơ sở vật chất, hàng hóa hoặc phải ngừng sản xuất, kinh doanh hoàn toàn trong thời gian xảy ra lũ lụt được xem xét miễn hoặc giảm thuế môn bài của năm phát sinh thiên tai.
• Mức giảm thuế môn bài được tính toán dựa trên số tháng thực tế phải ngừng kinh doanh hoặc mức độ suy giảm năng lực kinh doanh do lũ lụt gây ra.

Chính sách giảm thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

• Đối với thuế giá trị gia tăng: Các cơ sở sản xuất, kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp trực tiếp gặp khó khăn đặc biệt do thiên tai, lũ lụt được xem xét giảm thuế GTGT phải nộp. Mức giảm tương ứng với số vốn tài sản bị thiệt hại nhưng không vượt quá số thuế GTGT phải nộp của kỳ phát sinh thiệt hại.
• Đối với thuế thu nhập doanh nghiệp: Doanh nghiệp và các tổ chức kinh tế bị thiệt hại về tài sản, hàng hóa, nhà xưởng được tính giá trị thiệt hại thực tế (sau khi đã trừ đi phần được cơ quan bảo hiểm bồi thường, nếu có) vào chi phí hợp lý để xác định thu nhập chịu thuế TNDN trong kỳ. Trường hợp sau khi trừ thiệt hại dẫn đến bị lỗ, doanh nghiệp được chuyển lỗ sang các năm sau theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp.

Chính sách miễn, giảm thuế tài nguyên

• Các tổ chức, cá nhân hoạt động khai thác tài nguyên bị thiệt hại do thiên tai, lũ lụt dẫn đến tổn thất tài nguyên đã khai thác hoặc làm hư hỏng nghiêm trọng phương tiện, thiết bị khai thác được xét giảm thuế tài nguyên tương ứng với mức độ tổn thất thực tế phát sinh.

Quy trình, thủ tục và thẩm quyền giải quyết miễn, giảm thuế

• Người nộp thuế thuộc đối tượng được miễn, giảm thuế phải chủ động lập đơn đề nghị miễn, giảm thuế, kèm theo bảng kê khai chi tiết mức độ thiệt hại về tài sản, hàng hóa, diện tích đất đai bị ảnh hưởng.
• Đơn đề nghị và bảng kê khai phải có sự xác nhận, kiểm tra thực tế của Ủy ban nhân dân cấp xã, phường, thị trấn nơi xảy ra thiệt hại hoặc cơ quan quản lý chuyên ngành có thẩm quyền.
• Cơ quan thuế địa phương (Chi cục Thuế, Cục Thuế) có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ, phối hợp với các cơ quan liên quan tiến hành thẩm định, kiểm tra thực tế tại thực địa để ra quyết định miễn, giảm thuế kịp thời, đúng đối tượng và đúng quy định pháp luật, tránh tình trạng trục lợi chính sách.

Thông tư 106/2000/TT-BTC có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký ban hành. Các quy định hướng dẫn tại Thông tư này được áp dụng trực tiếp để giải quyết các trường hợp miễn, giảm thuế cho các đối tượng bị ảnh hưởng bởi đợt lũ lụt lịch sử năm 2000 tại các tỉnh miền Trung và đồng bằng sông Cửu Long.