Thông tư 12/2003/TT-BTC được ban hành ngày 20 tháng 02 năm 2003 bởi Bộ Tài chính, nhằm bổ sung và sửa đổi một số quy định của Thông tư số 109/2002/TT-BTC ngày 06 tháng 12 năm 2002 quy định chế độ thu, nộp và quản lý sử dụng phí đường bộ.

Văn bản này áp dụng đối với các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan đến hoạt động thu, nộp, quản lý và sử dụng phí sử dụng đường bộ tại các trạm thu phí trên toàn quốc, đặc biệt là các đơn vị trực tiếp quản lý, khai thác các tuyến đường bộ có thu phí.

- Bổ sung đối tượng miễn phí sử dụng đường bộ

• Bổ sung chi tiết danh mục các phương tiện được miễn phí sử dụng đường bộ khi lưu thông qua các trạm thu phí, bao gồm các xe chuyên dùng phục vụ mục đích quốc phòng, an ninh thuộc Bộ Quốc phòng và Bộ Công an đã được cấp biển số xe đặc chủng hoặc giấy tờ ưu tiên theo quy định.
• Quy định cụ thể về việc xem xét miễn, giảm phí đường bộ đối với phương tiện của người dân địa phương cư trú trong phạm vi lân cận trạm thu phí nhằm bảo đảm an sinh xã hội và phù hợp với điều kiện thực tế của từng địa phương.

- Quản lý và phát hành chứng từ, vé thu phí

• Bổ sung hướng dẫn về việc in ấn, phát hành, quản lý và sử dụng các loại vé phí đường bộ bao gồm vé lượt, vé tháng và vé quý.
• Các đơn vị thu phí phải sử dụng đúng mẫu vé do Tổng cục Thuế phát hành hoặc tự in vé theo đúng quy chuẩn pháp luật sau khi có sự chấp thuận bằng văn bản của cơ quan thuế có thẩm quyền.
• Nghiêm cấm mọi hành vi quay vòng vé, sử dụng vé giả, hoặc không giao vé cho người nộp phí nhằm mục đích trục lợi hoặc gây thất thoát ngân sách nhà nước.

- Chế độ trích lập, quản lý và sử dụng nguồn thu phí

• Xác định rõ tỷ lệ phần trăm (%) số tiền phí đường bộ thu được mà đơn vị thu phí được phép trích lại để trang trải chi phí cho hoạt động tổ chức thu phí.
• Các khoản chi được phép sử dụng từ nguồn phí trích lại bao gồm: chi phí in ấn, mua vé; chi lương, phụ cấp, các khoản đóng góp theo lương cho lực lượng nhân sự trực tiếp thu phí; chi phí duy tu, bảo dưỡng nhỏ trạm thu phí; chi phí văn phòng phẩm và các khoản chi hành chính phục vụ công tác thu phí.
• Toàn bộ số tiền phí còn lại sau khi trừ đi tỷ lệ trích để lại theo quy định phải được nộp đầy đủ, kịp thời vào ngân sách nhà nước theo đúng mục lục ngân sách hiện hành.

- Công tác kế toán, quyết toán và công khai tài chính

• Đơn vị thu phí có trách nhiệm mở sổ sách kế toán để theo dõi, phản ánh đầy đủ, chính xác số thu, số nộp và số tiền phí được trích để lại theo đúng chế độ kế toán hiện hành của Nhà nước.
• Định kỳ hằng quý và hằng năm, đơn vị thu phí phải thực hiện lập báo cáo quyết toán tình hình thu, nộp, sử dụng phí đường bộ gửi cơ quan thuế trực tiếp quản lý và cơ quan tài chính có thẩm quyền để thực hiện duyệt quyết toán theo quy định.

Thông tư 12/2003/TT-BTC có hiệu lực thi hành sau 15 ngày kể từ ngày đăng Công báo. Các quy định trước đây trái với Thông tư này đều bị bãi bỏ. Các cơ quan, tổ chức và cá nhân có liên quan chịu trách nhiệm thi hành nghiêm túc các nội dung quy định tại Thông tư này.