Căn cứ Pháp lệnh Phí và lệ phí ngày 28/8/2001 và Nghị định số 57/2002/NĐ-CP ngày 3/6/2002 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Pháp lệnh phí và lệ phí, sau khi có ý kiến của Bộ Tài nguyên và Môi trường .
Bộ Tài chính quy định chế độ thu, nộp và quản lý sử dụng lệ phí cấp giấy phép hoạt động khoáng sản như sau:

I. ĐỐI TƯỢNG THU VÀ MỨC THU:

1. Tổ chức, cá nhân Việt Nam và nước ngoài khi được cơ quan quản lý nhà nước cấp giấy phép hoạt động khoáng sản theo quy định tại Điều 9 Nghị định số 76/2000/NĐ-CP ngày 15/12/2000 của Chính phủ quy định chi tiết việc thi hành Luật khoáng sản phải nộp lệ phí cấp giấy phép khảo sát, thăm dò, khai thác (kể cả khai thác tận thu), chế biến khoáng sản theo quy định tại Thông tư này.

Trường hợp điều ước quốc tế mà nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam ký kết hoặc tham gia có quy định khác thì thực hiện theo quy định đó.

2. Mức thu lệ phí cấp giấy phép hoạt động khoáng sản được quy định cụ thể như sau:

Trường hợp gia hạn giấy phép, cấp lại giấy phép khi chuyển nhượng, thừa kế thì người được gia hạn giấy phép, người được chuyển nhượng, thừa kế phải nộp lệ phí tính bằng 50% mức lệ phí tương ứng ở các mức thu nêu trên.

3. Lệ phí cấp giấy phép hoạt động khoáng sản thu bằng Đồng Việt Nam. Trường hợp tổ chức, cá nhân nước ngoài có nhu cầu nộp lệ phí bằng ngoại tệ thì thu bằng đô la Mỹ (USD) theo tỷ giá giao dịch bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố tại thời điểm thu tiền.

II- TỔ CHỨC THU, NỘP VÀ QUẢN LÝ SỬ DỤNG:

1. Cơ quan cấp giấy phép hoạt động khoáng sản quy định tại Điều 9 Nghị định số 76/2000/NĐ-CP ngày 15/12/2000 của Chính phủ có trách nhiệm thu lệ phí theo quy định tại Thông tư này và thực hiện đăng ký, kê khai, nộp lệ phí vào ngân sách nhà nước theo quy định tại Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí, lệ phí.

2. Cơ quan thu lệ phí được trích để lại 40% tổng số tiền lệ phí thực thu được trước khi nộp vào ngân sách nhà nước để chi phí cho việc thu lệ phí như sau:

- Chi phí in (hoặc mua) hồ sơ, sổ sách liên quan và giấy phép.

- Chi mua văn phòng phẩm, công vụ phí theo tiêu chuẩn, định mức hiện hành phục vụ cho công tác thu lệ phí.

- Các khoản chi khác liên quan trực tiếp đến việc thu lệ phí.

Toàn bộ số tiền lệ phí được trích theo quy định trên đây, cơ quan thu lệ phí phải sử dụng đúng mục đích, có chứng từ hợp pháp theo chế độ quy định và quyết toán năm; nếu sử dụng không hết thì được chuyển sang năm sau để tiếp tục chi theo chế độ quy định.

3. Tổng số tiền lệ phí thực thu được, sau khi trừ số tiền được trích theo tỷ lệ nêu tại điểm 2 trên đây, số còn lại (60%) cơ quan thu phải nộp vào ngân sách nhà nước (chương, loại, khoản tương ứng, mục 047, tiểu mục 20 của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành).

4. Thực hiện quyết toán lệ phí cùng thời gian với việc quyết toán ngân sách nhà nước. Hàng năm cơ quan thu lệ phí thực hiện quyết toán việc sử dụng biên lai thu lệ phí, số tiền lệ phí thu được, số để lại cho đơn vị, số phải nộp ngân sách, số đã nộp và số còn phải nộp Ngân sách nhà nước với cơ quan Thuế; quyết toán việc sử dụng số tiền được trích để lại với cơ quan tài chính cùng cấp theo đúng quy định.

III. TỔ CHỨC THỰC HIỆN:

1. Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 15 ngày kể từ ngày đăng Công báo, thay thế Thông tư số 96/1997/TT/BTC ngày 31/12/1997 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thu, nộp lệ phí cấp giấy phép hoạt động khoáng sản.

2. Tổ chức, cá nhân thuộc đối tượng phải nộp lệ phí cấp giấy phép hoạt động khoáng sản và các cơ quan liên quan có trách nhiệm thực hiện đúng quy định tại Thông tư này.

Trong quá trình thực hiện, nếu có vướng mắc đề nghị các cơ quan, tổ chức, cá nhân phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để nghiên cứu, hướng dẫn bổ sung.