Thực hiện Chỉ thị số 20/2000/ CT- TTg ngày 06/10/2000 của Thủ tướng Chính phủ về tăng cường chỉ đạo, tổ chức thực hiện Nghị định 19/CP ngày12/3/1994 của Chính phủ về công tác quốc phòng trong tình hình mới, trong những năm qua, các đơn vị thuộc ngành Thuỷ sản đã có nhiều cố gắng thực hiện nhiệm vụ công tác quốc phòng, gắn phát triển kinh tế- xã hội với an ninh quốc phòng, nhất là hoạt động khai thác hải sản trên biển. Công tác tổ chức và xây dựng lực lượng dân quân tự vệ, lực lượng dự bị động viên, được các cấp lãnh đạo từ Bộ tới các đơn vị cơ sở quán triệt thực hiện. Đã tổ chức 2 hải đoàn tự vệ biển và 2 tiểu đoàn vận tải biển với những phương tiện tốt nhất hiện có, bảo đảm yêu cầu, chỉ tiêu biên chế của quân đội và báo cáo việc thực hiện nhiệm vụ công tác quốc phòng hàng năm theo quy định…Những hoạt động đó đã góp phần giữ vững và ổn định chính trị, tạo môi trường thuận lợi cho sự nghiệp công nghiệp hoá- hiện đại hoá đất nước. Tuy nhiên, việc quán triệt, chỉ đạo và tổ chức thực hiện công tác quốc phòng ở một số đơn vị cơ sở vẫn còn một số hạn chế: Nhận thức của một số cán bộ, đảng viên về nhiệm vụ quốc phòng, về kết hợp phát triển kinh tế - xã hội, gắn với củng cố quốc phòng an ninh chưa đầy đủ và sâu sắc; ý thức cảnh giác trước những âm mưu của các thế lực thù địch chưa cao; chỉ đạo thực hiện công tác quốc phòng chưa đồng bộ, thiếu cụ thể.

Năm 2004 yêu cầu đối với ngành Thuỷ sản vẫn phải duy trì tốc độ tăng trưởng nhanh, bảo đảm phát triển ổn định bền vững theo hướng Công nghiệp hoá- Hiện đại hoá. Ngành phải tiếp tục đối phó với những khó khăn thách thức mới. Đặc biệt là vấn đề an ninh trên biển, vấn đề bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản, bảo vệ bền vững môi trường trong lĩnh vực nuôi trồng thuỷ sản, đối phó với những rào cản thương mại, kỹ thuật trong lĩnh vực xuất khẩu thuỷ sản, nhất là vụ kiện bán phá giá tôm .., công tác quốc phòng đòi hỏi phải được đổi mới, đáp ứng yêu cầu và phù hợp với quá trình phát triển sản xuất kinh doanh của Ngành .

Để nâng cao chất lượng và hiệu quả của công tác quốc phòng của các đơn vị cơ sở, căn cứ Pháp lệnh Dân quân tự vệ, Pháp lệnh về lực lượng Dự bị động viên đã được Uỷ ban Thường vụ Quốc hội khoá 9 thông qua ngày 09/01/1996 và ngày 27/8/1996, Nghị định 19/CP ngày12/3/1994 của Chính phủ về công tác quốc phòng trong tình hình mới và các văn bản hướng dẫn của Bộ Quốc phòng, năm 2004 các đơn vị thuộc Bộ thực hiện một số nhiệm vụ công tác quốc phòng như sau:

1. Dưới sự lãnh đạo của cấp uỷ Đảng, thủ trưởng các đơn vị cần tập trung lãnh đạo, chỉ đạo tổ chức quán triệt và triển khai thực hiện tốt nội dung của 2 pháp lệnh và Nghị định 19/CP của Chính phủ, tạo được chuyển biến rõ về nhận thức, trách nhiệm đối với nhiệm vụ quốc phòng, bảo vệ an ninh chính trị, trật tự an toàn ở các đơn vị trong tình hình mới. Trong chỉ đạo, quản lý điều hành phát triển kinh tế thuỷ sản phải kết hợp chặt chẽ với an ninh quốc phòng, nhất là các đơn vị cơ sở ở vùng ven biển và hải đảo.

2. Thủ trưởng các đơn vị cần phối hợp với cơ quan quân sự địa phương trong việc chỉ đạo, xây dựng, tổ chức, quản lý, huấn luyện nâng cao chất lượng của lực lương Tự vệ và lực lượng Dự bị động viên, tạo điều kiện thuận lợi, ổn định công tác của các cán bộ chuyên trách, hoặc kiêm nhiệm công tác quân sự của đơn vị, để có điều kiện tham mưu đắc lực cho cấp uỷ Đảng, thủ trưởng về công tác an ninh quốc phòng ở đơn vị mình.

3. Các đơn vị cơ sở thuộc bộ, các Sở Thuỷ sản cần phải phối kết hợp chặt chẽ với các cơ quan quân sự, bộ đội Biên phòng địa phương, trong việc triển khai thực hiện xây dựng khu vực phòng thủ, có kế hoạch liên tịch thực hiện công tác an ninh quốc phòng trên địa bàn;Kế hoạch phát triển kinh tế- xã hội gắn với quốc phòng an ninh, phải được tiến hành ngay trong giai đoạn khảo sát lập dự án khả thi, nhất là những địa bàn ven biển, biên giới và hải đảo;Tổ chức, quản lý, huấn luyện nâng cao chất lượng của lực lượng Tự vệ và lực lượng Dự bị động viên phù hợp với điều kiện sản xuất kinh doanh của đơn vị mình, với phương châm số lượng hợp lý, chất lượng cao, đáp ứng được nhiệm vụ an ninh quốc phòng của đơn vị. Nâng cao hiệu quả hoạt động của các phân đội Tự vệ, phối hợp với Bộ đội Biên phòng, Cảnh sát biển và lực lượng khác trong việc bảo vệ chủ quyền an ninh biên giới và vùng biển của Tổ quốc.

4. Các đơn vị đẩy mạnh công tác giáo dục tuyên truyền cán bộ, chiến sỹ thi đua lập thành tích chào mừng 50 năm chiến thắng lịch sử Điện Biên Phủ( 07/5/1954- 07/5/2004), kỷ niệm 60 năm ngày thành lập Quân đội nhân dân Việt Nam và ngày hội quốc phòng toàn dân(22/12/1944- 22/12/2004), chuẩn bị kỷ niệm 70 năm ngày truyền thống lực lượng Dân quân Tự vệ( 28/3/1935- 28/3/2005).

5. Thủ trưởng các đơn vị kết hợp với các cấp uỷ Đảng có kế hoạch và biện pháp thực hiện Chỉ thị này.Hàng năm các đơn vị, các tổng công ty, công ty thuộc Bộ phải lập báo cáo về việc thực hiện nhiệm vụ công tác an ninh quốc phòng của đơn vị, gửi báo cáo về Bộ vào dịp tổng kết năm kế hoạch.