Nghị định số 69-HĐBT ngày 21-3-1991 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) quy định về các hoạt động tôn giáo đã được các cấp chính quyền địa phương tổ chức quán triệt và nghiêm túc thực hiện. Đại hội nhiệm kỳ III của Giáo hội Phập giáo Việt Nam và đại hội nhiệm kỳ V của hội Hội đồng Giám mục Đạo Thiên chúa đã khẳng định những kết quả tốt đẹp, tạo niềm tin và phấn khởi của các chức sắc và tín đồ đối với chính sách tôn giáo của Đảng và Nhà nước .

Tuy nhiên, ở một số địa phương việc phổ biến và quán triệt Nghị định số 69-HĐBT còn chưa sâu sắc trong các cấp Chính quyền và các cơ quan có trách nhiệm nên có những thiếu sót, lệch lạc trong việc thực hiện. Một số chức sắc các tôn giáo chưa được hướng dẫn để hiểu rõ những quy định trong Nghị định số 69-HĐBT nên đã có những việc làm sai trái. Việc xử lý những tranh tranh chấp nơi thờ tự thường chậm, kéo dài không dứt điểm. Một số nơi chính quyền chưa tạo điều kiện thuận lợi cho các tôn giáo trong việc đào tạo giáo sĩ, tăng tài và in ấn kinh bổn. Có nhưng nơi lại quản lý lỏng lẻo đối với việc in ấn sách báo tôn giáo, kể cả một số sách mê tín dị đoan, không tôn trọng pháp luật về xuất bản. Việc xử lý theo pháp luật đối với một số người lợi dụng chính sách tự do tín ngưỡng cấu kết với một số phần tử phản động nước ngoài phá hoại đoàn kết tôn giáo, đoàn kết dân tộc thiếu kịp thời.

Công tác thông tin tuyên truyền về chính sách tôn giáo của Nhà nước ta còn yếu, chưa làm cho đông đảo chức sắc, tín đồ các tôn giáo trong và ngoài hiểu rõ những quy định cụ thể bảo đảm quyền tự do tín ngưỡng ở nước ta, cũng chưa đấu tranh kịp thời và sắc bén đối với những luận điệu tuyên truyền xuyên tạc của bọn phản động lợi dụng tôn giáo.

Để bảo đảm thực hiện tốt các chính sách tôn giáo của Đảng và Nhà nước, Thủ tướng chính phủ chỉ thị:

1. Các cấp chính quyền Và Ban tôn giáo các cấp cần xử lý đúng đắn các vấn đề sau đây:

- Cho phép tu sửa nơi thờ tự của các tôn giáo bị hư hỏng, xuống cấp. Những nơi thờ tự của các tôn giáo mà trước đây cơ quan Nhà nước đã mượn sử dụng vào việc khác, nay cần xem xét nếu sử dụng không đúng thì trả lại cho giáo hội hoặc người chủ trì nơi thờ tự ấy. Nơi thờ tự đã bị chiến tranh hoặc thiên tai tàn phá, nay các chức sắc tôn giáo yêu cầu thì có thể xem xét cho phép xây lại trên cơ sở các quy định của luật đất đai. Trong việc xây sửa các nơi thờ tự, hết sức tránh huy động dân góp tiền của, sức lực quá nhiều ảnh hưởng đến đời sống và sản xuất.

- Cho phép in ấn các kinh sách tôn giáo theo đúng luật xuất bản. Tạo điều kiện cho các tôn giáo in ấn sách trong nước. Nếu các tôn giáo muốn nhập kinh sách từ nước ngoài thì phải thực hiện đúng quy định của Nhà nước về nhập khẩu văn hoá phẩm. Việc kiểm tra các ấn phẩm tôn giáo nhập cần làm nhanh gọn, đúng thủ tục pháp luật.

- Tạo điều kiện cho các tôn giáo đào tạo giáo sĩ, tăng tài trong nước tại các cơ sở đào tạo đã được Nhà nước cho phép. Các tôn giáo được cử các chức sắc đi đào tạo ở nước ngoài nếu thực sự có nhu cầu. Cần chú trọng đến tiêu chuẩn người đi học, chú ý lựa chọn những người đã làm tốt nhiệm vụ công dân. Cho phép các giảng viên được luân chuyển giảng dạy ở các trường đào tạo trong nước. Phải đưa môn giáo dục công dân vào chính khoá tại các trường đào tạo giáo sĩ, tăng tài.

- Hằng năm các giáo hội cần báo cáo với chính quyền chương trình hoạt động tôn giáo, đặc biệt các ngày lễ trong năm, để chính quyền chấp nhận và giúp đỡ. Nếu có sự thay đổi quan trọng trong chương trình phải báo cáo và được sự đồng ý của chính quyền địa phương.

- Hướng dẫn các chức sắc tôn giáo nắm vững và thực hiện đúng các quy định của Nhà nước về hoạt động đối ngoại của các tôn giáo, về việc cử các chức sắc hoặc các đoàn tôn giáo ra nước ngoài hoặc đón các đoàn tôn giáo nước ngoài vào Việt nam.

2. Uỷ ban nhân dân và Ban tôn giáo chính quyền các cấp cần kiểm tra việc thực hiện Nghị định số 69-HĐBT tại địa phương, khẳng định và phát huy những việc làm đúng, sửa chữa ngay những việc làm sai. Cần nghiên cứu bổ sung pháp luật và các văn bản pháp quy về quản lý Nhà nước đối với các tôn giáo nhằm đảm bảo sinh hoạt bình thường của các tôn giáo, chấm dứt những việc làm vi phạm chính sách tôn giáo; đồng thời đấu tranh chống bọn phản động lợi dụng chính sách tự do tín ngưỡng để phá hoại sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc, phá hoại đoàn kết các tôn giáo, đoàn kết dân tộc.

Từ nay, Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và ban tôn giáo của Chính phủ hàng quý phải báo cáo với Thủ tướng Chính phủ về tình hình thực hiện chính sách tôn giáo.

3. Uỷ ban nhân dân và ban tôn giáo các cấp cần giúp các tôn giáo quán triệt các chủ trương, chính sách và những quy định của Nhà nước đã được nêu trong Nghị định số 69-HĐBT để thực hiện cho đúng. Trong quá trình thực hiện các tôn giáo có thể kiến nghị với chính quyền, với Ban Tôn giáo các cấp những điểm cần bổ sung các văn bản pháp quy của Nhà nước, nhằm tạo điều kiện cho các Tôn giáo sinh hoạt bình thường, đúng pháp luật của nhà nước. Khi nhận được các kiến nghị, cơ quan chính quyền các cấp phải nghiên cứu và trả lời cho các tôn giáo rõ những điều tiếp thu hoặc cần giải thích lại.

Nhà nước cho phép các tôn giáo hành đạo, phù hợp với pháp luật của Nhà nước ta, song nghiêm cấm các hoạt lợi dụng tôn giáo để hoạt động chống Chính quyền, gây chia rẽ mối đoàn kết dân tộc. Đối với người vi phạm pháp luật, chính quyền các cấp cần kịp thời vạch rõ các sai phạm để họ sửa chữa. Nếu họ cố tình làm trái pháp luật thì phải thu thập chứng cứ để xử lý theo pháp luật như mọi công dân khác.

4. Kiện toàn ban tôn giáo chính quyền các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương đủ cán bộ có trình độ nghiên cứu và quản lý các hoạt động tôn giáo. Uỷ ban nhân dân các quận, huyện, thị có nhiều tôn giáo được lập Ban Tôn giáo. Cán bộ làm công tác tôn giáo của chính quyền không tham gia vào cơ cấu của giáo hội. Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ cùng Ban Tôn giáo của Chính phủ tổ chức cụ thể việc này. Bộ Tài chính tăng cường kinh phí cho công tác quản lý tôn giáo các cấp.

5. Tăng cường công tác thông tin tuyên truyền về chính sách tôn giáo trong và ngoài nước. Bộ văn hoá - thông tin, thông tấn xã Việt Nam, các báo đài phát thanh, đài truyền hình, các cơ quan ngoại giao và đại diện của Việt Nam ở nước ngoài cần chủ động đẩy mạnh công tác tuyên truyền đối ngoại làm cho mọi người hiểu rõ chính sách tôn giáo của đảng và Nhà nước ta, đấu tranh chống mọi vu cáo, xuyên tạc tình hình và chính sách tôn giáo ở nước ta.

Thủ tướng Chính phủ yêu cầu các cấp chính quyền địa phương, các cơ quan Nhà nước ở Trung ương nghiêm chỉnh thực hiện Chỉ thị này. Ban tôn giáo của Chính phủ có trách nhiệm hướng dẫn, theo dõi thực hiện và báo cáo kết quả lên Thủ tướng Chính phủ.