Bộ Tài chính ban hành Công văn số 1188/TC/TCT hướng dẫn chi tiết về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các mặt hàng phân bón và thuốc bảo vệ thực vật. Đây là văn bản chỉ đạo quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào cho các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực sản xuất, nhập khẩu và kinh doanh vật tư nông nghiệp.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Công văn này áp dụng đối với các cơ quan thuế các cấp và các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân có hoạt động sản xuất, nhập khẩu, bán buôn, bán lẻ phân bón và thuốc bảo vệ thực vật thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ trên phạm vi toàn quốc.

Các nội dung chính sách cốt lõi

1. Xác định đối tượng và điều kiện được hoàn thuế GTGT

• Các cơ sở kinh doanh phân bón, thuốc bảo vệ thực vật nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ được xem xét hoàn thuế GTGT đầu vào nếu có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết trong kỳ tính thuế theo quy định của pháp luật.
• Hóa đơn, chứng từ mua hàng hóa, dịch vụ đầu vào phải đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ, ghi rõ khoản thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.
• Đối với hàng hóa nhập khẩu, doanh nghiệp phải xuất trình đầy đủ chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu như biên lai nộp thuế hoặc chứng từ nộp tiền vào ngân sách nhà nước.

2. Nguyên tắc khấu trừ và phân bổ thuế GTGT đầu vào

• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh phân bón, thuốc bảo vệ thực vật chịu thuế GTGT đầu ra được kê khai và khấu trừ toàn bộ.
• Trường hợp doanh nghiệp kinh doanh hỗn hợp nhiều mặt hàng, bao gồm cả mặt hàng chịu thuế GTGT và mặt hàng không chịu thuế GTGT, doanh nghiệp phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ. Trường hợp không hạch toán riêng được thì thực hiện phân bổ theo tỷ lệ doanh thu giữa hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT.

3. Hồ sơ và thủ tục đề nghị hoàn thuế

• Doanh nghiệp phải lập và nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Hồ sơ bao gồm đơn đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước, bảng kê khai tổng hợp số thuế GTGT đầu vào phát sinh, số thuế GTGT đầu ra và số thuế đề nghị hoàn.
• Doanh nghiệp có nghĩa vụ cung cấp các tài liệu kèm theo như hợp đồng mua bán, hóa đơn GTGT mua vào, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ nộp thuế khâu nhập khẩu để làm cơ sở đối chiếu.

4. Trách nhiệm kiểm tra và giải quyết của cơ quan thuế

• Cơ quan thuế có trách nhiệm tiếp nhận, phân loại hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp theo đúng quy trình nghiệp vụ, xác định rõ đối tượng thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau hoặc kiểm tra trước hoàn thuế sau.
• Thực hiện đối chiếu, kiểm tra tính xác thực của các hóa đơn đầu vào, đặc biệt là các hóa đơn có giá trị lớn hoặc có dấu hiệu nghi ngờ nhằm ngăn chặn hành vi gian lận, trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.
• Giải quyết kịp thời hồ sơ hoàn thuế cho doanh nghiệp đúng thời hạn quy định nhằm tháo gỡ khó khăn về vốn, tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động sản xuất, kinh doanh nông nghiệp.

Hiệu lực thi hành

Công văn này có hiệu lực hướng dẫn thực hiện ngay từ ngày ban hành. Các quy định tại văn bản này được áp dụng thống nhất tại các địa phương nhằm đảm bảo tính đồng bộ trong việc quản lý và hoàn thuế GTGT đối với nhóm mặt hàng vật tư nông nghiệp thiết yếu.