Công văn 1359/GSQL-GQ2 năm 2015 do Cục Giám sát quản lý về hải quan ban hành là văn bản nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC. Văn bản này tập trung hướng dẫn chi tiết các quy trình liên quan đến xuất nhập khẩu tại chỗ, mã loại hình khai báo, quản lý phế liệu phế phẩm và thủ tục đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra kho ngoại quan.

Dưới đây là tổng hợp và phân tích chuyên sâu các nội dung cốt lõi của Công văn 1359/GSQL-GQ2:

• Sử dụng hóa đơn trong giao dịch: Văn bản hướng dẫn cụ thể về việc sử dụng hóa đơn thương mại (Commercial Invoice) thay thế cho hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) đối với hoạt động xuất khẩu tại chỗ của doanh nghiệp chế xuất hoặc doanh nghiệp thực hiện quyền xuất khẩu. Điều này giúp đơn giản hóa chứng từ và đồng bộ với thông lệ thương mại quốc tế.
• Thời hạn hoàn thành thủ tục: Quy định rõ trách nhiệm và thời hạn để người nhập khẩu tại chỗ tiến hành làm thủ tục hải quan sau khi người xuất khẩu tại chỗ đã hoàn thành thủ tục thông quan tờ khai xuất khẩu, đảm bảo tính liên tục và tránh ách tắc hàng hóa.
• Kiểm tra, giám sát hải quan: Hướng dẫn cách thức đối chiếu thông tin giữa tờ khai xuất khẩu tại chỗ và tờ khai nhập khẩu tại chỗ tương ứng để đảm bảo tính đồng nhất về số lượng, chủng loại và trị giá hải quan.

• Mã loại hình nhập khẩu nguyên liệu (E31): Hướng dẫn chi tiết đối tượng áp dụng mã E31 đối với nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu. Doanh nghiệp cần lưu ý phân biệt rõ với mã loại hình nhập kinh doanh (A12) hoặc nhập nguyên liệu gia công (E21) để tránh sai sót khi khai báo hệ thống.
• Mã loại hình xuất khẩu sản phẩm (E62): Quy định cách thức khai báo mã E62 khi doanh nghiệp thực hiện xuất khẩu sản phẩm được sản xuất từ nguồn nguyên liệu nhập khẩu. Việc áp dụng đúng mã loại hình là cơ sở để cơ quan hải quan thực hiện hoàn thuế hoặc không thu thuế nhập khẩu sau này.
• Xử lý sai sót khi khai sai mã loại hình: Hướng dẫn thủ tục khai bổ sung hoặc hủy tờ khai trong trường hợp doanh nghiệp khai báo nhầm lẫn giữa các mã loại hình ảnh hưởng đến chính sách thuế.

• Giám sát của cơ quan hải quan: Quy định quy trình giám sát trực tiếp hoặc gián tiếp của công chức hải quan đối với việc tiêu hủy nguyên liệu, vật tư dư thừa, phế liệu, phế phẩm phát sinh từ hợp đồng gia công hoặc hoạt động sản xuất xuất khẩu.
• Thủ tục thông báo: Doanh nghiệp phải gửi văn bản thông báo phương án tiêu hủy cho Chi cục Hải quan quản lý trước khi thực hiện tối thiểu 05 ngày làm việc. Văn bản phải nêu rõ thời gian, địa điểm và phương pháp tiêu hủy.
• Kê khai nộp thuế đối với phế liệu thu hồi: Trường hợp phế liệu, phế phẩm sau khi tiêu hủy vẫn còn giá trị thương mại và được bán vào thị trường nội địa, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai tờ khai hải quan mới và nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập (nếu có) theo quy định hiện hành.

• Thủ tục chuyển quyền sở hữu: Hướng dẫn chi tiết thủ tục hải quan khi có sự chuyển quyền sở hữu hàng hóa đang được lưu giữ trong kho ngoại quan giữa các chủ hàng nước ngoài hoặc giữa chủ hàng nước ngoài với doanh nghiệp Việt Nam.
• Giám sát hàng hóa di chuyển: Quy định chặt chẽ khâu giám sát hải quan khi vận chuyển hàng hóa từ cửa khẩu nhập về kho ngoại quan và ngược lại, nhằm ngăn chặn tình trạng thẩm lậu hàng hóa vào thị trường nội địa mà không qua khai báo thuế.

Công văn 1359/GSQL-GQ2 năm 2015 đóng vai trò là cẩm nang tháo gỡ khó khăn kịp thời cho cả cơ quan hải quan địa phương và cộng đồng doanh nghiệp, giúp chuẩn hóa quy trình thực tế và nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về hải quan.