Công văn 1447/GSQL-GQ2 năm 2019 do Cục Giám sát quản lý về hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giải quyết các vướng mắc liên quan đến thủ tục hải quan, công tác giám sát và chính sách thuế đối với việc xử lý phế liệu, phế thải của các doanh nghiệp chế xuất (DNCX). Văn bản này giúp thống nhất quy trình thực hiện giữa cơ quan hải quan địa phương và doanh nghiệp, đảm bảo vừa tạo thuận lợi cho hoạt động sản xuất kinh doanh, vừa quản lý chặt chẽ theo quy định pháp luật.

- Quy định về thủ tục thông báo và giám sát tiêu hủy phế liệu, phế thải

Theo hướng dẫn của Cục Giám sát quản lý về hải quan, quy trình tiêu hủy phế liệu, phế thải của doanh nghiệp chế xuất phải tuân thủ nghiêm ngặt các bước sau:

• Nghĩa vụ thông báo của doanh nghiệp: Trước khi tiến hành tiêu hủy phế liệu, phế thải hoặc phế phẩm phát sinh từ quá trình sản xuất, doanh nghiệp chế xuất phải gửi văn bản thông báo chi tiết về kế hoạch tiêu hủy cho Chi cục Hải quan quản lý trực tiếp.
• Thời hạn thông báo: Thông báo phải được gửi bằng văn bản giấy hoặc thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của hải quan chậm nhất là 05 ngày làm việc trước ngày thực hiện tiêu hủy.
• Nội dung thông báo: Doanh nghiệp phải giải trình rõ ràng về chủng loại phế liệu, phế thải, số lượng, lý do tiêu hủy, thời gian, địa điểm tiêu hủy và phương thức thực hiện tiêu hủy.
• Hình thức giám sát của cơ quan hải quan: Cơ quan hải quan sẽ áp dụng nguyên tắc quản lý rủi ro để quyết định việc cử công chức hải quan giám sát trực tiếp hay không giám sát trực tiếp quá trình tiêu hủy.
• Trách nhiệm tự giám sát và lưu trữ hồ sơ: Trong trường hợp cơ quan hải quan không giám sát trực tiếp, doanh nghiệp chế xuất phải tự thực hiện tiêu hủy theo đúng quy định pháp luật. Doanh nghiệp có trách nhiệm ghi hình, chụp ảnh chi tiết toàn bộ quá trình tiêu hủy và lưu giữ các tài liệu, hình ảnh này tại doanh nghiệp để phục vụ công tác kiểm tra, thanh tra của cơ quan hải quan khi có yêu cầu.

- Yêu cầu về bảo vệ môi trường trong quá trình xử lý phế thải

Việc tiêu hủy phế liệu, phế thải của doanh nghiệp chế xuất không chỉ chịu sự điều chỉnh của pháp luật hải quan mà còn phải tuân thủ tuyệt đối các quy định về bảo vệ môi trường:

• Lựa chọn đối tác xử lý chất thải: Doanh nghiệp chế xuất chỉ được phép chuyển giao phế liệu, phế thải cho các tổ chức, cá nhân có giấy phép hành nghề quản lý, xử lý chất thải phù hợp theo quy định của Bộ Tài nguyên và Môi trường.
• Hồ sơ nghiệm thu tiêu hủy: Sau khi hoàn thành việc tiêu hủy, doanh nghiệp chế xuất phải lập biên bản nghiệm thu hoặc biên bản xác nhận tiêu hủy có chữ ký, đóng dấu xác nhận của đại diện doanh nghiệp chế xuất và đơn vị thực hiện tiêu hủy. Biên bản này là chứng từ pháp lý bắt buộc phải lưu giữ trong hồ sơ hải quan của doanh nghiệp.

- Chính sách thuế và thủ tục hải quan khi thanh lý phế liệu vào nội địa

Công văn làm rõ sự khác biệt về nghĩa vụ thuế giữa hai trường hợp tiêu hủy hoàn toàn và bán thanh lý vào thị trường nội địa:

• Trường hợp tiêu hủy hoàn toàn: Phế liệu, phế thải phát sinh trong quá trình sản xuất của doanh nghiệp chế xuất từ nguồn nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu, khi được tiêu hủy theo đúng quy định pháp luật, sẽ được miễn thuế nhập khẩu và không phải kê khai thuế giá trị gia tăng.
• Trường hợp bán, thanh lý vào thị trường nội địa: Nếu doanh nghiệp chế xuất không tiêu hủy mà bán phế liệu, phế thải còn giá trị thương mại vào thị trường nội địa, doanh nghiệp phải làm thủ tục hải quan thay đổi mục đích sử dụng. Người mua (doanh nghiệp nội địa) hoặc doanh nghiệp chế xuất (nếu được ủy quyền) phải đăng ký tờ khai hải quan mới, thực hiện kê khai và nộp đầy đủ thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng và các loại thuế khác (nếu có) theo quy định của pháp luật thuế hiện hành tại thời điểm chuyển đổi mục đích sử dụng.