Công văn 15323/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành năm 2014 là văn bản hướng dẫn quan trọng về việc xử lý thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tạo tài sản cố định của các dự án phức hợp. Văn bản này giải quyết các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp và cơ quan hải quan địa phương trong việc phân định đối tượng ưu đãi thuế đối với các dự án có nhiều hạng mục công trình khác nhau.

- Nguyên tắc phân loại và áp dụng ưu đãi thuế nhập khẩu

• Đối với dự án phức hợp bao gồm nhiều hạng mục, trong đó có cả hạng mục thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư và hạng mục không thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư, việc áp dụng ưu đãi thuế nhập khẩu phải được thực hiện bám sát theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và các văn bản hướng dẫn thi hành.
• Thiết bị, máy móc nhập khẩu để tạo tài sản cố định chỉ được miễn thuế nhập khẩu nếu được sử dụng trực tiếp cho các hạng mục công trình thuộc lĩnh vực, địa bàn ưu đãi đầu tư của dự án.
• Các hạng mục công trình không thuộc diện ưu đãi đầu tư (ví dụ: khu văn phòng, khu dịch vụ thương mại không khuyến khích, nhà ở thương mại trong cùng một dự án phức hợp) thì hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định cho các hạng mục này không được hưởng ưu đãi miễn thuế nhập khẩu.

- Quy định về bóc tách và phân bổ hàng hóa nhập khẩu

• Chủ đầu tư dự án phức hợp có trách nhiệm tự bóc tách, kê khai chi tiết danh mục hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định cho từng hạng mục công trình cụ thể (hạng mục được ưu đãi và hạng mục không được ưu đãi).
• Trường hợp hàng hóa nhập khẩu là hệ thống thiết bị dùng chung cho cả hạng mục ưu đãi và không ưu đãi (như hệ thống phòng cháy chữa cháy, hệ thống điều hòa trung tâm, máy phát điện dự phòng của toàn bộ tòa nhà phức hợp), cơ quan hải quan sẽ căn cứ vào tỷ lệ diện diện tích hoặc tỷ lệ công năng sử dụng thực tế để xác định tỷ lệ miễn thuế tương ứng, hoặc áp dụng theo hướng dẫn cụ thể của Bộ Tài chính đối với từng trường hợp đặc thù.
• Doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của việc kê khai, phân bổ và sử dụng hàng hóa nhập khẩu đúng mục đích đã đăng ký.

- Thủ tục hải quan và công tác quản lý thuế

• Doanh nghiệp thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế (Danh mục miễn thuế) đối với phần hàng hóa phục vụ cho hạng mục ưu đãi đầu tư trước khi đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu đầu tiên.
• Cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục miễn thuế có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ, đối chiếu với các quy định pháp luật về đầu tư và thuế để cấp phiếu theo dõi trừ lùi phù hợp.
• Sau khi dự án hoàn thành đưa vào sử dụng, cơ quan hải quan sẽ tiến hành kiểm tra sau thông quan để xác định việc sử dụng hàng hóa nhập khẩu có đúng mục đích miễn thuế hay không. Trường hợp phát hiện sử dụng sai mục đích hoặc không bóc tách rõ ràng, doanh nghiệp sẽ bị truy thu thuế và xử phạt theo quy định.

- Ý nghĩa thực tiễn của văn bản

• Công văn 15323/TCHQ-TXNK giúp tháo gỡ khó khăn cho các chủ đầu tư dự án lớn, có tính chất phức hợp (như khu đô thị sinh thái kết hợp nghỉ dưỡng, tổ hợp trung tâm thương mại - văn phòng - căn hộ dịch vụ) trong việc xác định nghĩa vụ thuế.
• Tạo hành lang pháp lý rõ ràng, thống nhất cho các Cục Hải quan tỉnh, thành phố trong quá trình thực hiện thủ tục thông quan và áp dụng chính sách thuế, tránh tình trạng áp dụng tùy tiện hoặc gây phiền hà cho doanh nghiệp.
• Góp phần nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước, chống thất thu ngân sách đối với các trường hợp lợi dụng chính sách ưu đãi đầu tư để nhập khẩu hàng hóa miễn thuế cho các mục đích thương mại thông thường.