Công văn 2253/TCHQ-TXNK năm 2015 do Tổng cục Hải quan ban hành nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu nằm trong Danh mục hàng hóa miễn thuế. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng dành cho các Cục Hải quan tỉnh, thành phố nhằm thống nhất quy trình thực hiện, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp đầu tư đồng thời đảm bảo công tác quản lý nhà nước về thuế chặt chẽ, đúng quy định pháp luật.

- Quy định về việc đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế

• Việc đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế tạo tài sản cố định phải được thực hiện trước khi doanh nghiệp tiến hành làm thủ tục hải quan cho lô hàng nhập khẩu đầu tiên của dự án.
• Hồ sơ đăng ký Danh mục miễn thuế phải đầy đủ các giấy tờ pháp lý chứng minh dự án thuộc đối tượng ưu đãi đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư và thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
• Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm kiểm tra tính hợp lệ, đối chiếu thông tin giữa Danh mục đề nghị miễn thuế với luận chứng kinh tế - kỹ thuật và các tài liệu liên quan của dự án.

- Nguyên tắc thực hiện trừ lùi hàng hóa nhập khẩu miễn thuế

• Khi doanh nghiệp làm thủ tục nhập khẩu hàng hóa, chi quan hải quan nơi làm thủ tục phải thực hiện việc kiểm tra, đối chiếu và trừ lùi số lượng, chủng loại hàng hóa thực tế nhập khẩu vào Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp.
• Việc trừ lùi phải đảm bảo tính chính xác, không vượt quá số lượng và chủng loại đã được phê duyệt trong Danh mục miễn thuế được cơ quan hải quan chấp thuận.
• Trường hợp hệ thống dữ liệu điện tử gặp sự cố, việc trừ lùi thủ công phải được ghi nhận rõ ràng, ký xác nhận của công chức hải quan thực hiện và cập nhật ngay vào hệ thống khi khắc phục xong sự cố.

- Hướng dẫn xử lý vướng mắc khi có sự khác biệt về thông tin hàng hóa

• Đối với trường hợp hàng hóa thực tế nhập khẩu có sự khác biệt nhỏ về tên gọi thương mại, ký mã hiệu hoặc thông số kỹ thuật so với Danh mục miễn thuế đã đăng ký nhưng không làm thay đổi bản chất, công dụng của máy móc, thiết bị tạo tài sản cố định: Cục Hải quan tỉnh, thành phố xem xét, đối chiếu với hồ sơ dự án để quyết định việc thông quan miễn thuế.
• Trường hợp có sự thay đổi lớn về công nghệ, quy mô dự án dẫn đến thay đổi căn bản danh mục hàng hóa nhập khẩu, doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục điều chỉnh, bổ sung Danh mục miễn thuế trước khi nhập khẩu hàng hóa.
• Các trường hợp phát sinh vượt thẩm quyền giải quyết, Cục Hải quan địa phương phải báo cáo kịp thời về Tổng cục Hải quan kèm theo đề xuất phương án xử lý cụ thể để được hướng dẫn giải quyết thống nhất.

- Công tác kiểm tra, giám sát và quản lý sau thông quan

• Hàng hóa nhập khẩu được miễn thuế tạo tài sản cố định phải được sử dụng đúng mục đích, đúng dự án đã đăng ký. Doanh nghiệp không được tự ý chuyển nhượng, thanh lý hoặc thay đổi mục đích sử dụng khi chưa thực hiện kê khai và nộp đủ thuế với cơ quan hải quan.
• Cơ quan hải quan tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người nộp thuế để xác định tính chính xác của việc sử dụng hàng hóa miễn thuế, kịp thời phát hiện và xử lý nghiêm các hành vi lợi dụng chính sách miễn thuế để gian lận thương mại.
• Doanh nghiệp có trách nhiệm báo cáo định kỳ về tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế cho cơ quan hải quan quản lý trực tiếp theo đúng quy định hiện hành.