Công văn 2547/TCHQ-GSQL được Tổng cục Hải quan ban hành nhằm hướng dẫn Cục Hải quan các tỉnh, thành phố thực hiện thống nhất nghiệp vụ liên quan đến việc nộp bổ sung Chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) mẫu D. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp tháo gỡ các vướng mắc cho doanh nghiệp nhập khẩu trong việc chậm nộp C/O để hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo Hiệp định Thương mại Hàng hóa ASEAN (ATIGA).

- Quy định về khai báo nộp bổ sung C/O mẫu D tại thời điểm đăng ký tờ khai

Để được chấp nhận nộp bổ sung C/O mẫu D sau khi hàng hóa đã thông quan, người khai hải quan phải thực hiện thủ tục khai báo nghiêm ngặt ngay từ thời điểm ban đầu:

• Người khai hải quan phải chủ động khai báo rõ ràng về việc nộp chậm C/O mẫu D trên tờ khai hải quan nhập khẩu tại thời điểm đăng ký tờ khai.
• Trường hợp người khai hải quan không khai báo việc nộp chậm C/O mẫu D tại thời điểm đăng ký tờ khai, cơ quan hải quan sẽ không chấp nhận việc nộp bổ sung C/O sau này để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt ATIGA.

- Thời hạn nộp bổ sung C/O mẫu D

Văn bản quy định cụ thể về giới hạn thời gian tối đa mà doanh nghiệp được phép hoàn thiện hồ sơ xuất xứ:

• Thời hạn nộp bổ sung C/O mẫu D là trong vòng 30 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan.
• Mọi trường hợp nộp bổ sung C/O mẫu D quá thời hạn 30 ngày nêu trên đều không được chấp nhận để hưởng ưu đãi thuế quan, trừ các trường hợp bất khả kháng hoặc có hướng dẫn đặc biệt khác từ cơ quan có thẩm quyền.

- Cơ chế tính thuế và hoàn trả tiền thuế nộp thừa

Tổng cục Hải quan hướng dẫn chi tiết về nghĩa vụ tài chính của doanh nghiệp trong giai đoạn chờ nộp bổ sung chứng từ xuất xứ:

• Tại thời điểm làm thủ tục nhập khẩu (khi chưa có C/O mẫu D), doanh nghiệp phải khai báo và nộp thuế theo mức thuế suất ưu đãi tối huệ quốc (MFN) hoặc mức thuế suất thông thường.
• Sau khi doanh nghiệp nộp bổ sung C/O mẫu D hợp lệ trong thời hạn 30 ngày quy định, cơ quan hải quan có trách nhiệm kiểm tra tính hợp lệ của C/O. Nếu chứng từ đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định, cơ quan hải quan sẽ thực hiện việc xác định lại mức thuế theo thuế suất ưu đãi đặc biệt ATIGA và hoàn trả số tiền thuế chênh lệch đã nộp thừa cho doanh nghiệp theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

- Trách nhiệm kiểm tra và giám sát của cơ quan hải quan địa phương

Để đảm bảo việc thực thi đúng pháp luật và tránh gian lận thương mại, Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị hải quan địa phương thực hiện các nhiệm vụ sau:

• Kiểm tra chặt chẽ tính hợp lệ, hợp pháp của C/O mẫu D được nộp bổ sung, đối chiếu kỹ lưỡng thông tin trên C/O với hồ sơ hải quan và thực tế hàng hóa nhập khẩu.
• Đảm bảo việc giải quyết hoàn thuế cho doanh nghiệp được thực hiện nhanh chóng, đúng đối tượng và đúng quy trình thủ tục, tránh gây phiền hà cho doanh nghiệp nhưng vẫn bảo đảm không thất thu ngân sách nhà nước.
• Kịp thời báo cáo những vướng mắc phát sinh vượt thẩm quyền về Tổng cục Hải quan để được hướng dẫn giải quyết kịp thời.