b) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính, sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với dự án đầu tư.”

Tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn: “3. Sửa đổi, bổ sung Điều 18 như sau:

…

3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.”

Tại tiết b khoản 1 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về kê khai thuế GTGT: “b) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng chung cho cả đơn vị trực thuộc.

Nếu đơn vị trực thuộc có con dấu, tài khoản tiền gửi ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, kê khai đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng phải đăng ký nộp thuế riêng và sử dụng hóa đơn riêng.”

Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên, trường Công ty CP Bình Điền MeKong có đơn vị trực thuộc, hạch toán phụ thuộc là Chi nhánh Công ty CP Bình Điền - Mekong - Nhà máy Bình Điền - Tây Ninh, Chi nhánh thực hiện dự án đầu tư Nhà máy Phân bón và Thuốc BVTV Bình Điền - Mekong, đã được Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh Tây Ninh cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, tiến độ thực hiện dự án đầu tư: Giai đoạn 1, sản xuất thương mại tháng 01/2016; Giai đoạn 2, sản xuất thương mại tháng 4/2018, Chi nhánh không lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế thì đề nghị Cục Thuế tỉnh Tây Ninh căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên để thực hiện theo quy định đối với việc hoàn thuế GTGT của Công ty.

Tổng cục Thuế có ý kiến để Cục Thuế tỉnh Tây Ninh được biết./.