Công văn 2689/TXNK-CST năm 2018 do Cục Thuế xuất nhập khẩu ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc liên quan đến chính sách thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu (SXXK). Nội dung văn bản tập trung làm rõ các quy định về miễn thuế, xử lý thuế khi thay đổi mục đích sử dụng và quản lý phế liệu, phế phẩm phát sinh trong quá trình sản xuất.

1. Chính sách miễn thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tư sản xuất xuất khẩu

Văn bản hệ thống hóa và làm rõ các điều kiện để doanh nghiệp được hưởng chính sách ưu đãi miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa phục vụ hoạt động sản xuất xuất khẩu:

• Đối tượng được miễn thuế bao gồm nguyên liệu, vật tư (kể cả vật tư làm bao bì hoặc đóng gói sản phẩm xuất khẩu), linh kiện, bán thành phẩm nhập khẩu trực tiếp tham gia vào quá trình sản xuất, cấu thành nên sản phẩm xuất khẩu hoặc tiêu hao trong quá trình sản xuất.
• Doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện về cơ sở sản xuất, bao gồm quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hợp pháp đối với mặt bằng sản xuất, nhà xưởng, máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất và phải thực hiện thông báo cơ sở sản xuất cho cơ quan hải quan theo đúng quy định pháp luật.
• Sản phẩm được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu phải được thực tế xuất khẩu ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan, đồng thời doanh nghiệp phải thực hiện báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư với cơ quan hải quan quản lý.

2. Xử lý nghĩa vụ thuế khi thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa nhập khẩu

Đối với các trường hợp doanh nghiệp không dùng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu mà chuyển sang tiêu thụ nội địa hoặc thay đổi mục đích sử dụng khác, công văn hướng dẫn cụ thể:

• Doanh nghiệp có nghĩa vụ phải kê khai, nộp đủ thuế nhập khẩu đã được miễn trước đó. Thời điểm tính thuế, trị giá tính thuế và thuế suất được áp dụng tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan mới (tờ khai thay đổi mục đích sử dụng).
• Bên cạnh thuế nhập khẩu, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với số lượng nguyên liệu, vật tư thay đổi mục đích sử dụng theo quy định của pháp luật thuế GTGT hiện hành.
• Mọi hành vi tự ý chuyển tiêu thụ nội địa mà không chủ động khai báo với cơ quan hải quan trước khi đưa vào sử dụng hoặc tiêu thụ sẽ bị coi là hành vi vi phạm pháp luật về thuế và hải quan, bị xử lý nghiêm theo quy định xử phạt vi phạm hành chính hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự tùy theo mức độ vi phạm.

3. Quy định quản lý thuế đối với phế liệu, phế phẩm phát sinh

Công văn đưa ra hướng dẫn chi tiết về việc xử lý thuế đối với lượng phế liệu, phế phẩm thu được trong quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu từ nguồn nguyên liệu nhập khẩu:

• Khi bán phế liệu, phế phẩm thu được từ quá trình sản xuất hàng xuất khẩu ra thị trường nội địa, doanh nghiệp được miễn thuế nhập khẩu đối với phần nguyên liệu, vật tư cấu thành nên phế liệu, phế phẩm đó (do đây là hao hụt tự nhiên trong định mức sản xuất).
• Tuy nhiên, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và các nghĩa vụ tài chính phát sinh khác đối với doanh thu từ việc bán phế liệu, phế phẩm này theo quy định của pháp luật thuế nội địa.
• Trường hợp phế liệu, phế phẩm thuộc diện phải tiêu hủy, doanh nghiệp phải thực hiện đúng thủ tục tiêu hủy dưới sự giám sát của cơ quan hải quan (nếu có yêu cầu) và các cơ quan quản lý môi trường, đảm bảo tuân thủ đúng quy trình pháp luật về bảo vệ môi trường.

4. Trách nhiệm của doanh nghiệp và cơ quan hải quan

Để đảm bảo tính nghiêm minh của pháp luật và tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu, văn bản nhấn mạnh vai trò và trách nhiệm của các bên:

• Đối với doanh nghiệp: Phải thiết lập và duy trì hệ thống sổ sách kế toán, chứng từ theo dõi chi tiết lượng nguyên liệu nhập khẩu, định mức sử dụng thực tế, lượng sản phẩm sản xuất và xuất khẩu. Thực hiện báo cáo quyết toán trung thực, chính xác và đúng thời hạn quy định.
• Đối với cơ quan hải quan: Tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan, thanh tra chuyên đề đối với các doanh nghiệp áp dụng loại hình sản xuất xuất khẩu nhằm kịp thời phát hiện, ngăn chặn các hành vi gian lận thuế, chuyển tiêu thụ nội địa trái phép hoặc khai báo sai lệch định mức sản xuất.