Giới thiệu chung về Công văn 2793/TCT-KK

Công văn 2793/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành năm 2017 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình hoàn trả tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) nộp nhầm, nộp thừa tại khâu nhập khẩu. Văn bản này đưa ra các nguyên tắc phân định thẩm quyền và quy trình phối hợp chặt chẽ giữa cơ quan Thuế và cơ quan Hải quan, đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho doanh nghiệp, đồng thời ngăn chặn tình trạng hoàn thuế trùng lặp.

- Thẩm quyền giải quyết hoàn thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu

• Trách nhiệm của cơ quan Hải quan: Cơ quan Hải quan nơi người nộp thuế đăng ký tờ khai hải quan có thẩm quyền tiếp nhận, kiểm tra và xác định chính xác số tiền thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa của doanh nghiệp tại khâu nhập khẩu. Cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm ban hành quyết định hoàn trả hoặc thực hiện bù trừ số tiền thuế nộp thừa này theo đúng quy định pháp luật về quản lý thuế.
• Trách nhiệm của cơ quan Thuế: Cơ quan Thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế có vai trò phối hợp, cung cấp thông tin và kiểm tra tình trạng kê khai, khấu trừ thuế của doanh nghiệp đối với các chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu nhằm phục vụ cho việc đối chiếu dữ liệu của cơ quan Hải quan.

- Nguyên tắc xử lý hoàn thuế theo tình trạng kê khai của doanh nghiệp

• Trường hợp doanh nghiệp chưa kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Đối với số thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu mà doanh nghiệp chưa thực hiện kê khai, khấu trừ tại tờ khai thuế GTGT nộp cho cơ quan Thuế, cơ quan Hải quan sẽ thực hiện thủ tục hoàn trả trực tiếp cho người nộp thuế hoặc bù trừ vào các khoản nghĩa vụ thuế khác theo quy định.
• Trường hợp doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Nếu doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ số thuế GTGT nộp thừa này tại cơ quan Thuế, doanh nghiệp bắt buộc phải thực hiện kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng trước khi cơ quan Hải quan hoặc cơ quan Thuế thực hiện hoàn trả tiền thuế nộp thừa. Quy định này nhằm triệt tiêu khả năng doanh nghiệp được hưởng lợi kép (vừa được khấu trừ đầu vào tại cơ quan Thuế, vừa được hoàn trả tiền mặt tại cơ quan Hải quan).
• Trách nhiệm tự kê khai của người nộp thuế: Người nộp thuế phải tự rà soát hệ thống sổ sách kế toán, tờ khai thuế và chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của hồ sơ đề nghị hoàn thuế cũng như các số liệu đã kê khai điều chỉnh.

- Cơ chế phối hợp liên ngành giữa cơ quan Thuế và cơ quan Hải quan

• Trao đổi và đối chiếu dữ liệu điện tử: Hai cơ quan thực hiện chia sẻ thông tin về số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu và tình trạng kê khai, khấu trừ, hoàn thuế của người nộp thuế tại cơ quan Thuế để làm cơ sở pháp lý cho việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
• Xử lý hành vi kê khai trùng lặp: Trong trường hợp phát hiện người nộp thuế vừa đề nghị hoàn thuế tại cơ quan Hải quan nhưng vẫn giữ nguyên số thuế đã kê khai khấu trừ tại cơ quan Thuế (chưa điều chỉnh giảm), cơ quan Thuế sẽ yêu cầu người nộp thuế thực hiện điều chỉnh ngay lập tức, đồng thời thông báo cho cơ quan Hải quan tạm dừng việc hoàn trả cho đến khi người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ điều chỉnh.

- Ý nghĩa pháp lý và thực tiễn của văn bản

• Tạo hành lang pháp lý rõ ràng: Giúp người nộp thuế xác định đúng cơ quan có thẩm quyền giải quyết, rút ngắn thời gian xử lý hồ sơ và tránh việc nộp hồ sơ lòng vòng giữa các cơ quan quản lý.
• Nâng cao hiệu quả quản lý thuế: Tăng cường sự gắn kết, chia sẻ thông tin giữa hệ thống Thuế và Hải quan, hạn chế tối đa các rủi ro gian lận, thất thoát ngân sách nhà nước liên quan đến hoàn thuế GTGT.