Công văn 298/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành năm 2018 là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư. Văn bản này giải quyết các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp trong quá trình kê khai, bù trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào của các dự án đầu tư mới.

- Điều kiện cơ bản để được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, cơ sở kinh doanh muốn được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư cần đáp ứng đầy đủ các điều kiện cốt lõi sau:

• Doanh nghiệp phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.
• Có dự án đầu tư mới đang trong giai đoạn đầu tư (chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh).
• Số thuế GTGT đầu vào lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên.
• Doanh nghiệp phải thực hiện góp đủ vốn điều lệ theo đúng tiến độ đã đăng ký trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.
• Dự án đầu tư không thuộc các trường hợp không được hoàn thuế (như dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án sản xuất sản phẩm hàng hóa có tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên).

- Quy định về kê khai và bù trừ thuế GTGT của dự án đầu tư

Công văn 298/TCT-KK hướng dẫn chi tiết phương thức kê khai thuế GTGT đối với dự án đầu tư tùy thuộc vào mô hình quản lý dự án của doanh nghiệp:

• Trường hợp Trụ sở chính trực tiếp quản lý dự án: Doanh nghiệp phải lập hồ sơ khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư theo Mẫu số 02/GTGT. Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư phải được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện tại Trụ sở chính (kê khai trên Mẫu số 01/GTGT).
• Nguyên tắc bù trừ: Chỉ sau khi thực hiện bù trừ giữa số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh, nếu phần thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư còn lại chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì doanh nghiệp mới được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
• Trường hợp thành lập Ban quản lý dự án hoặc Chi nhánh tại tỉnh khác: Nếu doanh nghiệp thành lập Ban quản lý dự án hoặc Chi nhánh tại tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với nơi đóng trụ sở chính để trực tiếp quản lý dự án đầu tư, có con dấu riêng, tài khoản tiền gửi ngân hàng riêng, thực hiện hạch toán kế toán riêng và đã đăng ký thuế, thì đơn vị này phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp tại địa phương nơi có dự án đầu tư.

- Các lưu ý pháp lý quan trọng đối với doanh nghiệp

Để đảm bảo hồ sơ hoàn thuế GTGT được cơ quan thuế chấp thuận, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý các nội dung sau:

• Tính hợp pháp của hồ sơ đầu tư: Dự án đầu tư phải được thực hiện theo đúng trình tự, thủ tục quy định của Luật Đầu tư. Các văn bản như Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, quyết định chủ trương đầu tư phải còn hiệu lực pháp lý.
• Hóa đơn, chứng từ mua vào: Toàn bộ hóa đơn, chứng từ mua vào phục vụ cho dự án đầu tư phải đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ, đúng tên, địa chỉ, mã số thuế của doanh nghiệp hoặc của Ban quản lý dự án được ủy quyền. Các chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên phải được lưu trữ đầy đủ.
• Rủi ro bị từ chối hoàn thuế: Cơ quan thuế sẽ thực hiện thanh tra, kiểm tra trước hoặc sau khi hoàn thuế. Nếu phát hiện doanh nghiệp chưa góp đủ vốn điều lệ hoặc dự án đầu tư không đúng với nội dung đăng ký, cơ quan thuế có quyền từ chối hoàn thuế hoặc thu hồi số tiền thuế đã hoàn kèm theo tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính về thuế.