Công văn 3066/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện Công văn 7293/BTC-TCHQ của Bộ Tài chính. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ thuế và thủ tục hải quan của các doanh nghiệp tham gia hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ, đặc biệt là các doanh nghiệp sản xuất xuất khẩu và gia công hàng hóa cho thương nhân nước ngoài.

- Bối cảnh và mục đích ban hành Công văn 3066/TCHQ-TXNK

• Giải quyết các xung đột và vướng mắc thực tế phát sinh khi áp dụng chính sách thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ theo hướng dẫn tại Công văn 7293/BTC-TCHQ.
• Thống nhất cách hiểu và áp dụng pháp luật giữa các Cục Hải quan tỉnh, thành phố, tránh tình trạng mỗi địa phương áp dụng một kiểu gây khó khăn cho doanh nghiệp.
• Đảm bảo việc quản lý thuế đối với hoạt động sản xuất xuất khẩu, gia công được thực hiện chặt chẽ, đúng quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và các Nghị định hướng dẫn thi hành.

- Chính sách thuế đối với nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu

• Đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu nhưng sản phẩm cuối cùng lại được xuất khẩu tại chỗ (bán cho thương nhân nước ngoài nhưng giao hàng cho doanh nghiệp khác tại Việt Nam): Công văn làm rõ điều kiện để được miễn thuế hoặc hoàn thuế nhập khẩu.
• Xác định rõ đối tượng và điều kiện áp dụng chính sách thuế đối với sản phẩm xuất khẩu tại chỗ. Theo đó, việc miễn thuế chỉ được áp dụng khi doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ các điều kiện về cơ sở sản xuất, quyền sở hữu máy móc thiết bị và thực tế có hoạt động sản xuất.
• Quy định cụ thể về việc xử lý thuế đối với trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ sản phẩm để tiếp tục sản xuất, gia công xuất khẩu.

- Hướng dẫn thủ tục hải quan và mã loại hình khai báo

• Hướng dẫn chi tiết việc sử dụng mã loại hình nhập khẩu (như E31, A12...) và mã loại hình xuất khẩu (như E62, B11...) đối với từng trường hợp xuất nhập khẩu tại chỗ cụ thể để đảm bảo tính chính xác trong việc tính thuế và hoàn thuế.
• Yêu cầu doanh nghiệp phải khai báo đầy đủ thông tin về tờ khai hải quan đối ứng (tờ khai xuất khẩu tại chỗ đối ứng với tờ khai nhập khẩu tại chỗ) để cơ quan hải quan có cơ sở đối chiếu, kiểm tra.
• Quy định về thời hạn nộp hồ sơ và các chứng từ cần thiết để chứng minh hàng hóa đã được thực tế đưa vào sản xuất và xuất khẩu.

- Xử lý hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế và xử lý nợ thuế

• Hướng dẫn trình tự, thủ tục tiếp nhận và xử lý hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế đối với các tờ khai phát sinh trước và sau thời điểm Công văn 7293/BTC-TCHQ có hiệu lực.
• Quy định cách thức xử lý đối với các trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế nhưng sau đó đủ điều kiện hoàn thuế, hoặc các trường hợp bị ấn định thuế do chưa hoàn thành thủ tục đối ứng.
• Biện pháp cưỡng chế và xử lý nợ thuế đối với các doanh nghiệp chậm nộp hoặc không giải trình được đường đi của hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ.

- Trách nhiệm của cơ quan hải quan địa phương và doanh nghiệp

• Cơ quan hải quan các cấp có trách nhiệm rà soát, kiểm tra sau thông quan đối với các trường hợp xuất nhập khẩu tại chỗ có dấu hiệu rủi ro cao về thuế.
• Doanh nghiệp có nghĩa vụ lưu trữ đầy đủ chứng từ, sổ sách kế toán chứng minh việc sử dụng nguyên liệu nhập khẩu đúng mục đích sản xuất xuất khẩu và xuất trình khi có yêu cầu thanh tra, kiểm tra của cơ quan hải quan.
• Tăng cường sự phối hợp giữa cơ quan hải quan nơi mở tờ khai xuất khẩu và cơ quan hải quan nơi mở tờ khai nhập khẩu để đảm bảo tính thống nhất trong quản lý.