b) Tổ chức, cá nhân được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất có trách nhiệm chi trả trước tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, hỗ trợ và tái định cư theo quy định của Nghị định này và được trừ vào số tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp;...”

- Tại Khoản 1, Điều 15 Nghị định số 69/2009/NĐ-CP ngày 13/8/2009 của Chính phủ quy định bổ sung về quy hoạch sử dụng đất, giá đất, thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ và tái định cư, quy định:

“1. Tổ chức, cá nhân trong nước; người Việt Nam định cư ở nước ngoài; tổ chức, cá nhân nước ngoài được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất theo quy định của pháp luật về đất đai nếu thực hiện ứng trước tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án đã được xét duyệt thì được ngân sách nhà nước hoàn trả bằng hình thức trừ vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp.”

- Tại Khoản 3, Điều 7 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước quy định:

“3. Người được Nhà nước cho thuê đất mà ứng trước tiền bồi thường đất, hỗ trợ đất thì được trừ vào tiền thuê đất phải nộp; trường hợp đến hết thời hạn thuê đất mà chưa trừ hết tiền bồi thường đất, hỗ trợ đất thì được trừ vào thời hạn được gia hạn thuê đất tiếp theo”

- Tại Khoản 5, Điều 2, Nghị định số 121/2010/NĐ-CP ngày 30/12/2010 của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14 tháng 11 năm 2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước quy định

“5. Bổ sung Khoản 3 Điều 7 như sau:

3. Trường hợp người được Nhà nước cho thuê đất thực hiện ứng trước tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt thì được trừ số tiền đã ứng trước vào tiền thuê đất phải nộp theo phương án được duyệt; Mức được trừ không vượt quá số tiền thuê đất phải nộp.

Số tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng còn lại chưa được trừ vào tiền thuê đất phải nộp (nếu có) được tính vào vốn đầu tư của dự án.”

- Tại Tiết b, Khoản 2, Mục IV, phần B Thông tư số 120/2005/TT-BTC ngày 30/12/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước quy định:

“2- Khoản 3 về "Người được Nhà nước cho thuê đất mà ứng trước tiền bồi thường đất, hỗ trợ đất thì được trừ vào tiền thuê đất phải nộp; trường hợp đến hết thời hạn thuê đất mà chưa trừ hết tiền bồi thường đất, hỗ trợ đất thì được trừ vào thời hạn được gia hạn thuê đất tiếp theo.

Trường hợp hết thời hạn thuê đất, Nhà nước thu hồi đất thì tiền bồi thường đất, hỗ trợ đất chưa trừ hết vào tiền thuê đất, được bồi thường theo quy định của pháp luật về bồi thường, hỗ trợ khi Nhà nước thu hồi đất."; tiền bồi thường đất, hỗ trợ đất (gọi chung là tiền bồi thường đất) được trừ vào tiền thuê đất phải nộp chỉ tính cho diện tích đất phải nộp tiền thuê đất”

- Tại Điểm 3.1, Mục II, Thông tư số 141/2007/TT-BTC ngày 30/11/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn sửa đổi, bổ sung Thông tư số 120/2005/TT-BTC ngày 30/12/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước quy định:

“3- Việc trừ tiền đã bồi thường đất, hỗ trợ về đất vào tiền thuê đất phải nộp theo quy định tại Khoản 3 Điều 7 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 1 Điều 4 Nghị định số 17/2006/NĐ-CP), chỉ tính cho diện tích đất phải nộp tiền thuê đất và được hướng dẫn cụ thể như sau:

3.1- Tổ chức, cá nhân được nhà nước cho thuê đất đã ứng trước để chi trả tiền bồi thường đất, hỗ trợ về đất theo quy định tại Nghị định số 197/2004/NĐ- CP và thực hiện trả tiền thuê đất theo quy định tại Nghị định số 142/2005/NĐ-CP (áp dụng cho thời gian thuê đất kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2006 trở đi) thì được khấu trừ số tiền bồi thường đất, hỗ trợ về đất đã chi trả (có đủ chứng từ hợp lệ và theo phương án được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt) vào tiền thuê đất phải nộp; mức được trừ không vượt quá số tiền thuê đất phải nộp cho cả thời hạn thuê đất ghi trong quyết định cho thuê đất hoặc hợp đồng thuê đất (không tính cho thời hạn được gia hạn thuê đất tiếp theo).”

- Căn cứ quy định tại Thông tư số 94/2011/TT-BTC ngày 29/06/2011 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 120/2005/TT-BTC ngày 30/12/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước:

+ Tại Điều 3 quy định:

“Điều 3. Bổ sung Mục IVa vào sau Mục III Phần B (hướng dẫn thực hiện Khoản 5 Điều 2 Nghị định số 121/2010/NĐ-CP) như sau:

"Mục IVa. Khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng.

Trường hợp tổ chức, cá nhân trong nước; người Việt Nam định cư ở nước ngoài; tổ chức, cá nhân nước ngoài được Nhà nước cho thuê đất ứng trước tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt thì được ngân sách nhà nước hoàn trả bằng hình thức trừ toàn bộ số tiền đã ứng trước theo phương án được duyệt vào tiền thuê đất phải nộp”

+ Tại Khoản 1 Điều 7 quy định:

“Điều 7. Xử lý tồn tại

1. Đối với dự án thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm đang thực hiện khấu trừ chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định tại Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14 tháng 11 năm 2005 của Chính phủ thì tiếp tục thực hiện phương thức khấu trừ chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng theo quy định tại Nghị định số 142/2005/NĐ-CP (phân bổ chi phí được khấu trừ vào tiền thuê đất phải nộp theo từng năm).”

Căn cứ các quy định nêu trên và hồ sơ gửi kèm, Tổng cục Thuế thống nhất với đề xuất của Cục Thuế thành phố Hà Nội nêu tại công văn số 27136/CT-QLĐ ngày 03/06/2014, cụ thể như sau: Trường hợp Công ty cổ phần Đầu tư & Phát triển đô thị Sài Đồng được nhà nước giao 1.836.456 m² đất để thực hiện dự án đầu tư xây dựng Khu đô thị sinh thái, trong đó có 72.358 m² (ô đất ký hiệu E6-HH11, E8-HH12) đất sử dụng để xây dựng công trình văn phòng, thương mại, kinh doanh dịch vụ và 135.825 m² đất (ô đất ký hiệu E3) hình thức trả tiền thuê đất hàng năm theo Quyết định số 1853/QĐ-UBND ngày 22/04/2011 của UBND thành phố Hà Nội. Công ty đã thực hiện bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng theo phương án đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt theo quy định tại Nghị định số 69/2009/NĐ-CP của Chính phủ nhưng Công ty chưa trừ hết tiền bồi thường, hỗ trợ, kinh phí tổ chức thực hiện vào tiền thuê đất phải nộp thì đối với số tiền đã ứng trước về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng, phân bổ tương ứng với các ô đất đã chuyển nhượng, sẽ được trừ vào tiền thuê đất phải nộp còn lại của dự án (các ô đất còn lại của dự án khu đô thị sinh thái).

Đề nghị Cục Thuế thành phố Hà Nội căn cứ hồ sơ cụ thể của đơn vị để xem xét, giải quyết theo đúng quy định của pháp luật; trường hợp Công ty TNHH Việt Thành - Sài Đồng đã bồi thường cho Công ty cổ phần Đầu tư & Phát triển đô thị Sài Đồng, trong đó có phần bồi thường, hỗ trợ trợ và kinh phí tổ chức thực hiện thì Công ty cổ phần Đầu tư & Phát triển đô thị Sài Đồng không được trừ số tiền này vào tiền thuê đất phải nộp còn lại của dự án.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục thuế thành phố Hà Nội được biết./.