Công văn 3503/TCHQ-VNACCS do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản chỉ đạo, hướng dẫn quan trọng nhằm đảm bảo việc vận hành và triển khai Hệ thống thông quan tự động VNACCS/VCIS được thông suốt, thống nhất và hiệu quả trên phạm vi toàn quốc. Văn bản tập trung giải quyết các vấn đề kỹ thuật, quy trình nghiệp vụ và xử lý các vướng mắc phát sinh trong giai đoạn đầu áp dụng hệ thống mới.

- Hướng dẫn về khai báo và tiếp nhận tờ khai hải quan trên hệ thống VNACCS

• Quy định chi tiết về việc khai báo các chỉ tiêu thông tin trên tờ khai hải quan điện tử, yêu cầu người khai hải quan phải sử dụng chữ ký số đã đăng ký hợp pháp với cơ quan hải quan.
• Hướng dẫn cụ thể cách thức xử lý đối với các trường hợp đặc thù như: một vận đơn khai báo cho nhiều tờ khai, nhiều vận đơn khai báo trên một tờ khai, hoặc khai báo đối với hàng hóa thuộc danh mục miễn thuế, giảm thuế.
• Hệ thống VNACCS thực hiện tự động phân luồng tờ khai (Xanh, Vàng, Đỏ) ngay sau khi doanh nghiệp gửi thông tin chính thức, giúp rút ngắn tối đa thời gian thông quan đối với các doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật.

- Quy định về quản lý thuế, bảo lãnh và thanh khoản trên hệ thống

• Hệ thống tự động kiểm tra tình trạng nợ thuế của doanh nghiệp tại thời điểm đăng ký tờ khai để quyết định việc thông quan hoặc giải phóng hàng.
• Hướng dẫn thực hiện bảo lãnh chung và bảo lãnh riêng thông qua hệ thống kết nối điện tử giữa cơ quan hải quan và các ngân hàng thương mại phối hợp thu.
• Quy định cơ chế trừ lùi tự động hạn mức bảo lãnh và khôi phục hạn mức ngay sau khi doanh nghiệp hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.

- Phương án xử lý sự cố hệ thống và quy trình dự phòng

• Xây dựng kịch bản ứng phó chi tiết khi hệ thống VNACCS/VCIS gặp sự cố đường truyền hoặc lỗi phần cứng, phần mềm không thể thực hiện giao dịch điện tử.
• Trong thời gian hệ thống gặp sự cố, cho phép chuyển sang phương thức khai báo thủ công (sử dụng tờ khai giấy) hoặc áp dụng các quy trình nghiệp vụ dự phòng để không làm ách tắc hàng hóa tại cửa khẩu.
• Quy định trách nhiệm của bộ phận hỗ trợ kỹ thuật (Helpdesk) của Tổng cục Hải quan và các Cục Hải quan địa phương trong việc tiếp nhận, xử lý nhanh chóng các yêu cầu hỗ trợ từ doanh nghiệp.

- Hướng dẫn thủ tục đối với các loại hình xuất nhập khẩu đặc thù

• Đối với loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu và doanh nghiệp chế xuất: Hướng dẫn cách thức khai báo mã loại hình mới phù hợp với thiết kế của hệ thống VNACCS, quản lý định mức và báo cáo quyết toán nguyên liệu, vật tư.
• Đối với hàng hóa vận chuyển độc lập, hàng hóa chuyển cửa khẩu: Quy định quy trình giám sát hải quan chặt chẽ bằng hệ thống định vị hoặc niêm phong hải quan, đảm bảo nguyên trạng hàng hóa trong quá trình vận chuyển.

- Tổ chức thực hiện và phối hợp giữa các bên

• Yêu cầu các Cục Hải quan tỉnh, thành phố thành lập các Tổ hỗ trợ trực tiếp tại các chi cục để kịp thời hướng dẫn, giải đáp vướng mắc cho doanh nghiệp 24/7.
• Đẩy mạnh công tác tuyên truyền, tập huấn chuyên sâu cho cộng đồng doanh nghiệp xuất nhập khẩu, đại lý làm thủ tục hải quan trên địa bàn để nâng cao tỷ lệ khai báo thành công qua hệ thống VNACCS/VCIS.