Công văn 410/TCT-KK năm 2016 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình xử lý hóa đơn bất hợp pháp, đặc biệt là trường hợp doanh nghiệp sử dụng hóa đơn của các đơn vị đã bỏ trốn hoặc ngừng hoạt động kinh doanh. Văn bản này đưa ra các nguyên tắc phân loại, quy trình kiểm tra và điều kiện khấu trừ thuế rõ ràng nhằm bảo vệ quyền lợi của người nộp thuế trung thực, đồng thời ngăn chặn các hành vi gian lận thuế.

- Nguyên tắc phân loại và xử lý hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn

Tổng cục Thuế hướng dẫn việc xử lý hóa đơn liên quan đến các doanh nghiệp bỏ trốn, ngừng hoạt động được chia thành các trường hợp cụ thể dựa trên thời điểm phát sinh giao dịch thực tế:

• Giao dịch phát sinh trước ngày doanh nghiệp bán bỏ trốn: Nếu hóa đơn được lập trước ngày cơ quan thuế công bố thông tin doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn hoặc ngừng hoạt động, và tại thời điểm kiểm tra chưa có đủ căn cứ kết luận đó là hóa đơn bất hợp pháp, cơ quan thuế sẽ tiến hành thanh tra, kiểm tra thực tế tại doanh nghiệp mua hàng để xác minh tính xác thực của giao dịch.
• Giao dịch phát sinh sau ngày doanh nghiệp bán bỏ trốn: Tất cả các hóa đơn phát sinh sau thời điểm cơ quan thuế công bố doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn, ngừng hoạt động đều được xác định là hóa đơn bất hợp pháp. Người nộp thuế hoàn toàn không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không được tính vào chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

- Điều kiện để được khấu trừ thuế GTGT và tính chi phí được trừ

Đối với các giao dịch mua hàng hóa, dịch vụ phát sinh trước ngày doanh nghiệp bán bỏ trốn, để được chấp nhận khấu trừ thuế GTGT đầu vào và tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN, doanh nghiệp mua hàng phải chứng minh được tính trung thực của giao dịch thông qua các hồ sơ, tài liệu sau:

• Hợp đồng mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ rõ ràng, hợp pháp và đúng quy định pháp luật.
• Hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ hợp lệ, đúng mẫu quy định và đã được kê khai đầy đủ.
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên theo đúng quy định của pháp luật về thuế GTGT.
• Phiếu nhập kho, phiếu xuất kho, biên bản giao nhận hàng hóa hoặc các chứng từ chứng minh hàng hóa, dịch vụ đã được đưa vào phục vụ thực tế cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.

- Quy trình kiểm tra, xác minh của cơ quan thuế

Công văn quy định cụ thể về trách nhiệm và quy trình xác minh của cơ quan quản lý thuế trực tiếp đối với người nộp thuế sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn:

• Cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp mua hàng có trách nhiệm kiểm tra đối chiếu hồ sơ khai thuế, sổ sách kế toán và các chứng từ liên quan để làm rõ việc mua bán hàng hóa là có thật hay là giao dịch khống.
• Trong trường hợp cần thiết, cơ quan thuế sẽ gửi văn bản yêu cầu cơ quan thuế quản lý doanh nghiệp bán hàng (đã bỏ trốn) phối hợp xác minh nguồn gốc hàng hóa, dòng tiền và các yếu tố liên quan để làm rõ chuỗi cung ứng.
• Nếu qua quá trình kiểm tra, cơ quan thuế phát hiện doanh nghiệp có hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để trốn thuế, gian lận thuế, cơ quan thuế sẽ xử lý vi phạm hành chính về thuế hoặc chuyển hồ sơ sang cơ quan công an để điều tra, truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật.

- Trách nhiệm của người nộp thuế khi sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn

Người nộp thuế khi phát hiện mình sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp đã bỏ trốn cần chủ động thực hiện các biện pháp sau để giảm thiểu rủi ro pháp lý:

• Chủ động rà soát lại toàn bộ hệ thống hóa đơn, chứng từ đầu vào liên quan đến các nhà cung cấp có dấu hiệu rủi ro cao hoặc đã ngừng hoạt động để kịp thời phát hiện sai sót.
• Trường hợp không chứng minh được giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ là có thật, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ và giảm chi phí được trừ khi tính thuế TNDN, đồng thời tự giác nộp số tiền thuế thiếu và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước.
• Hợp tác chặt chẽ với cơ quan thuế trong quá trình thanh tra, kiểm tra và cung cấp đầy đủ, trung thực các chứng từ, tài liệu chứng minh nguồn gốc xuất xứ của hàng hóa.