Công văn 4254/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành năm 2013 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng dành cho các doanh nghiệp Việt Nam phát sinh giao dịch hợp tác, mua dịch vụ từ các nhà thầu nước ngoài. Văn bản tập trung làm rõ các nguyên tắc, thủ tục đăng ký thuế, kê khai và nộp thuế thay cho nhà thầu nước ngoài nhằm đảm bảo tính thống nhất và tuân thủ đúng quy định của pháp luật quản lý thuế.

- Nguyên tắc đăng ký thuế và cấp mã số thuế nộp thay

Đối với các nhà thầu nước ngoài không thực hiện chế độ kế toán Việt Nam (nộp thuế theo phương pháp trực tiếp), bên Việt Nam ký hợp đồng có trách nhiệm khấu trừ và nộp thuế thay. Công văn hướng dẫn cụ thể về mã số thuế như sau:

• Bên Việt Nam phải thực hiện đăng ký thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được cấp một mã số thuế 10 số dùng riêng cho việc kê khai, nộp thuế thay cho các nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài.
• Mã số thuế nộp thay này hoàn toàn tách biệt với mã số thuế hoạt động sản xuất kinh doanh thông thường của chính doanh nghiệp Việt Nam.
• Doanh nghiệp không được sử dụng mã số thuế tự thân của mình để kê khai và nộp thay thuế cho nhà thầu nước ngoài, nhằm đảm bảo việc phân loại và quản lý nguồn thu ngân sách nhà nước được chính xác.

- Quy trình kê khai và nộp thuế nhà thầu nước ngoài

Công văn hướng dẫn chi tiết về phương thức và thời hạn kê khai thuế đối với bên Việt Nam thực hiện nghĩa vụ nộp thay:

• Kê khai theo từng lần phát sinh: Thông thường, bên Việt Nam thực hiện khai thuế nhà thầu nước ngoài theo từng lần phát sinh thanh toán tiền cho nhà thầu. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chậm nhất là ngày thứ 10 kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế (ngày thanh toán tiền cho nhà thầu nước ngoài).
• Kê khai theo tháng: Trong trường hợp bên Việt Nam thanh toán cho nhà thầu nước ngoài nhiều lần trong một tháng, doanh nghiệp có thể đăng ký với cơ quan thuế để chuyển sang hình thức khai thuế theo tháng thay vì khai theo từng lần phát sinh nhằm giảm bớt thủ tục hành chính.
• Hồ sơ khai thuế: Doanh nghiệp sử dụng Tờ khai thuế nhà thầu nước ngoài theo mẫu quy định. Trong lần khai thuế đầu tiên của hợp đồng, doanh nghiệp phải nộp kèm theo bản sao hợp đồng nhà thầu hoặc hợp đồng nhà thầu phụ có xác nhận của người nộp thuế.

- Thủ tục quyết toán thuế khi kết thúc hợp đồng

Khi hợp đồng giữa bên Việt Nam và nhà thầu nước ngoài hoàn thành hoặc chấm dứt, doanh nghiệp Việt Nam có trách nhiệm thực hiện quyết toán thuế nhà thầu:

• Thời hạn nộp hồ sơ khai quyết toán thuế nhà thầu nước ngoài chậm nhất là ngày thứ 45 kể từ ngày chấm dứt hợp đồng nhà thầu.
• Hồ sơ quyết toán bao gồm Tờ khai quyết toán thuế nhà thầu, Bảng kê các nhà thầu nước ngoài tham gia thực hiện hợp đồng, chứng từ nộp thuế và các tài liệu liên quan khác để đối chiếu số thuế đã nộp so với số thuế phải nộp thực tế.
• Trường hợp có số thuế nộp thừa, doanh nghiệp được xử lý bù trừ vào kỳ nộp thuế tiếp theo hoặc thực hiện thủ tục hoàn thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế hiện hành.

- Những lưu ý pháp lý quan trọng đối với doanh nghiệp

Để tránh các rủi ro pháp lý và bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế, doanh nghiệp Việt Nam cần lưu ý:

• Việc không đăng ký mã số thuế nộp thay hoặc chậm trễ trong việc kê khai, nộp thuế thay cho nhà thầu nước ngoài đều bị xử lý vi phạm theo quy định của Luật Quản lý thuế.
• Doanh nghiệp phải xác định đúng tỷ lệ phần trăm (%) thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) tính trên doanh thu tính thuế tương ứng với từng ngành nghề, lĩnh vực hoạt động của nhà thầu nước ngoài trước khi thực hiện chi trả.
• Các chứng từ nộp thay thuế nhà thầu phải ghi nhận đúng thông tin của nhà thầu nước ngoài và mã số thuế nộp thay của bên Việt Nam để làm cơ sở hợp lệ khi tính chi phí được trừ cho doanh nghiệp Việt Nam khi quyết toán thuế TNDN của chính mình.