Công văn 4278/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành năm 2017 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng dành cho Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và người nộp thuế về việc xử lý hồ sơ khai bổ sung thuế giá trị gia tăng (GTGT) trong quá trình giải quyết hoàn thuế hoặc sau khi đã có quyết định hoàn thuế. Dưới đây là tổng hợp và phân tích chi tiết các nội dung cốt lõi của văn bản này.

Nguyên tắc chung về việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT

• Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
• Việc khai bổ sung được thực hiện vào bất kỳ ngày làm việc nào, không kể ngày nghỉ, ngày lễ theo quy định, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra thuế, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Xử lý khai bổ sung khi đang trong quá trình giải quyết hoàn thuế GTGT

Trường hợp người nộp thuế đã nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT (theo dự án đầu tư hoặc xuất khẩu) nhưng cơ quan thuế chưa ban hành quyết định hoàn thuế, nếu người nộp thuế phát hiện sai sót và thực hiện khai bổ sung thì xử lý như sau:

• Trường hợp khai bổ sung làm giảm số thuế đề nghị hoàn: Người nộp thuế phải lập hồ sơ khai bổ sung, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tương ứng. Đồng thời, người nộp thuế gửi văn bản giải trình hoặc điều chỉnh lại số tiền đề nghị hoàn trên Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (Mẫu số 01/ĐNHT) gửi cơ quan thuế để điều chỉnh giảm số thuế đề nghị hoàn tương ứng với số liệu đã khai bổ sung.
• Trường hợp khai bổ sung làm tăng số thuế đề nghị hoàn: Đối với phần thuế GTGT đầu vào tăng thêm do khai bổ sung, người nộp thuế không được gộp chung vào hồ sơ đề nghị hoàn thuế đang giải quyết. Phần thuế GTGT tăng thêm này sẽ được chuyển sang kỳ sau để tiếp tục khấu trừ hoặc người nộp thuế lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế mới cho các kỳ tiếp theo nếu đáp ứng đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định.
• Trường hợp khai bổ sung không làm thay đổi số thuế đề nghị hoàn: Người nộp thuế chỉ cần nộp hồ sơ khai bổ sung (bản giải trình khai bổ sung, tờ khai bổ sung) để cơ quan thuế có cơ sở đối chiếu, kiểm tra số liệu khi thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn thuế đang xử lý.

Xử lý khai bổ sung sau khi cơ quan thuế đã ban hành quyết định hoàn thuế

Đối với trường hợp cơ quan thuế đã ban hành Quyết định hoàn thuế GTGT, sau đó người nộp thuế mới phát hiện sai sót và thực hiện khai bổ sung, việc xử lý được quy định cụ thể:

• Trường hợp khai bổ sung làm giảm số thuế đã được hoàn: Người nộp thuế phải tự giác nộp lại số tiền thuế đã hoàn thừa vào ngân sách nhà nước. Đồng thời, người nộp thuế phải tự tính và nộp tiền chậm nộp tính trên số tiền thuế hoàn thừa kể từ ngày nhận được tiền hoàn thuế từ kho bạc nhà nước đến ngày thực nộp vào ngân sách nhà nước.
• Trường hợp khai bổ sung làm tăng số thuế được hoàn: Người nộp thuế thực hiện kê khai bổ sung tăng số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và chuyển kỳ sau khấu trừ tiếp, hoặc lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế bổ sung cho kỳ tiếp theo theo đúng quy định pháp luật hiện hành, không điều chỉnh hồi tố vào quyết định hoàn thuế đã ban hành.

Trách nhiệm của cơ quan thuế địa phương trong công tác quản lý

• Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm hướng dẫn người nộp thuế thực hiện kê khai bổ sung đúng quy định, tránh việc lợi dụng khai bổ sung để trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.
• Cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra đối với các hồ sơ hoàn thuế có phát sinh khai bổ sung theo đúng quy trình quản lý rủi ro về thuế, đảm bảo tính chính xác, trung thực của số liệu đề nghị hoàn trước khi ra quyết định.