Công văn 4659/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn về việc kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào đối với các hóa đơn bị bỏ sót hoặc kê khai bổ sung. Văn bản này đưa ra các hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm thống nhất cách thực hiện giữa người nộp thuế và cơ quan thuế địa phương, đảm bảo tuân thủ đúng quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản áp dụng đối với các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế thực hiện kê khai và nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có phát sinh hóa đơn đầu vào bị bỏ sót hoặc cần kê khai bổ sung, điều chỉnh. Đồng thời, đây cũng là căn cứ để các cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương thống nhất phương án xử lý khi thanh tra, kiểm tra thuế tại doanh nghiệp.

Nguyên tắc kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào bị bỏ sót

• Người nộp thuế phát hiện hóa đơn GTGT đầu vào của các kỳ trước bị bỏ sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung vào kỳ tính thuế phát hiện sai sót.
• Việc kê khai, khấu trừ bổ sung này phải được thực hiện trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế.
• Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót khi kê khai bổ sung phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện về khấu trừ thuế GTGT theo quy định của pháp luật về thuế GTGT hiện hành.

Quy định kê khai bổ sung sau khi công bố quyết định thanh tra, kiểm tra

• Sau khi cơ quan thuế đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, người nộp thuế vẫn được quyền nộp hồ sơ khai bổ sung đối với các kỳ tính thuế có sai sót.
• Tuy nhiên, nếu việc khai bổ sung được thực hiện sau khi đã có quyết định thanh tra, kiểm tra và liên quan đến kỳ thanh tra, kiểm tra thì việc xử lý số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tăng thêm sẽ bị hạn chế nhằm đảm bảo tính nghiêm minh của công tác thanh tra.
• Các hóa đơn GTGT đầu vào phát sinh trong thời kỳ thanh tra, kiểm tra nhưng người nộp thuế không tự nguyện kê khai trước thời điểm công bố quyết định sẽ không được tính gộp để giảm số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn của kỳ đã thanh tra, kiểm tra đó, trừ trường hợp có hướng dẫn đặc biệt khác từ Tổng cục Thuế hoặc Bộ Tài chính đối với từng hồ sơ cụ thể.

Điều kiện cốt lõi để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào

• Phải có hóa đơn GTGT hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu, chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài.
• Phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp đặc biệt không bắt buộc thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật.
• Hàng hóa, dịch vụ mua vào phải được sử dụng trực tiếp hoặc gián tiếp cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.

Hiệu lực và hướng dẫn thi hành

Công văn 4659/TCT-CS đóng vai trò là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ, được áp dụng thống nhất cùng với các quy định tại Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, Luật Thuế giá trị gia tăng và Thông tư số 80/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính. Người nộp thuế cần chủ động rà soát hệ thống hóa đơn đầu vào để thực hiện kê khai bổ sung kịp thời, tránh các rủi ro pháp lý và bị truy thu thuế khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra tại thực địa.