Ngày 06 tháng 01 năm 2015, Tổng cục Thuế đã ban hành Công văn số 51/TCT-HTQT hướng dẫn về chính sách thuế đối với hoạt động chuyển nhượng vốn của nhà đầu tư nước ngoài, tập trung vào việc xác định nghĩa vụ thuế và áp dụng Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giữa Việt Nam và các quốc gia, vùng lãnh thổ đối tác.

Phạm vi áp dụng của văn bản hướng dẫn việc xử lý nghĩa vụ thuế đối với các giao dịch chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng cổ phần của các tổ chức, cá nhân nước ngoài tại các doanh nghiệp hoạt động tại Việt Nam. Đối tượng áp dụng bao gồm các cơ quan thuế các cấp thực hiện công tác quản lý, thanh tra thuế và các doanh nghiệp, nhà đầu tư nước ngoài phát sinh hoạt động chuyển nhượng vốn.

Nguyên tắc xác định quyền đánh thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần

• Quyền đánh thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng vốn được xác định dựa trên các điều khoản quy định tại Hiệp định tránh đánh thuế hai lần ký kết giữa Việt Nam và nước cư trú của nhà đầu tư nước ngoài.
• Đối với trường hợp giá trị của phần vốn góp hoặc cổ phần chuyển nhượng có nguồn gốc chủ yếu từ bất động sản tọa lạc tại Việt Nam (trực tiếp hoặc gián tiếp), quyền đánh thuế tối ưu thuộc về Việt Nam theo quy định của hầu hết các Hiệp định thuế hiện hành.
• Trường hợp tài sản của doanh nghiệp có vốn chuyển nhượng không chủ yếu là bất động sản, việc xác định quyền đánh thuế sẽ tuân thủ theo điều khoản về thu nhập từ chuyển nhượng tài sản khác quy định tại Hiệp định cụ thể.

Xác định nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động chuyển nhượng vốn

• Nhà đầu tư nước ngoài (tổ chức nước ngoài không hoạt động theo Luật Doanh nghiệp, Luật Đầu tư của Việt Nam) có thu nhập từ chuyển nhượng vốn tại Việt Nam phải chịu thuế thu nhập doanh nghiệp với thuế suất quy định trên phần thu nhập chịu thuế.
• Thu nhập tính thuế từ chuyển nhượng vốn được xác định bằng giá chuyển nhượng trừ đi giá trị gốc của phần vốn chuyển nhượng và các chi phí hợp lý liên quan trực tiếp đến việc chuyển nhượng.
• Doanh nghiệp thành lập theo pháp luật Việt Nam nơi có phần vốn chuyển nhượng có trách nhiệm khai thuế, nộp thay thuế thu nhập doanh nghiệp phát sinh từ hoạt động chuyển nhượng vốn của tổ chức nước ngoài nếu tổ chức này không có cơ sở thường trú tại Việt Nam.

Thủ tục hồ sơ và áp dụng miễn, giảm thuế theo Hiệp định

• Để được áp dụng miễn, giảm thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần, nhà đầu tư nước ngoài hoặc bên được ủy quyền phải thực hiện đầy đủ các thủ tục thông báo miễn, giảm thuế gửi đến cơ quan thuế trực tiếp quản lý doanh nghiệp có vốn chuyển nhượng.
• Hồ sơ thông báo bao gồm hồ sơ pháp lý của nhà đầu tư, giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế nước sở tại cấp, hợp đồng chuyển nhượng vốn và các tài liệu chứng minh quyền sở hữu, giá trị giao dịch.
• Cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu hồ sơ thực tế với các điều khoản của Hiệp định và quy định pháp luật nội địa để quyết định việc chấp thuận hoặc từ chối áp dụng ưu đãi thuế.

Công văn 51/TCT-HTQT năm 2015 có hiệu lực hướng dẫn thi hành ngay từ ngày ban hành, đóng vai trò là cơ sở pháp lý quan trọng giúp các Cục Thuế địa phương thống nhất phương án xử lý, chống thất thu thuế đối với các giao dịch chuyển nhượng vốn gián tiếp và trực tiếp có yếu tố nước ngoài.