Công văn 5503/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành năm 2013 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm thống nhất thực hiện các quy định về thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Văn bản này tập trung giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình áp dụng Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP, đặc biệt là đối với loại hình nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu.

• Thời hạn nộp thuế đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu: Áp dụng thời hạn nộp thuế tối đa là 275 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan. Để được hưởng thời hạn này, doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện nghiêm ngặt bao gồm: có cơ sở sản xuất phù hợp với năng lực sản xuất hàng xuất khẩu trên lãnh thổ Việt Nam; không có nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt tại thời điểm đăng ký tờ khai; và thực hiện thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định.
• Trường hợp không đủ điều kiện áp dụng thời hạn 275 ngày: Đối với các doanh nghiệp không đáp ứng đủ các điều kiện nêu trên, để được thông quan hoặc giải phóng hàng hóa, doanh nghiệp bắt buộc phải nộp thuế trước khi nhận hàng hoặc phải có bảo lãnh của tổ chức tín dụng về số tiền thuế phải nộp.
• Quy định về bảo lãnh thuế: Trường hợp doanh nghiệp áp dụng hình thức bảo lãnh của tổ chức tín dụng, thời hạn nộp thuế sẽ được tính theo thời hạn bảo lãnh nhưng tối đa không quá 275 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan. Trong thời hạn bảo lãnh, doanh nghiệp chưa phải nộp tiền chậm nộp. Nếu quá thời hạn bảo lãnh mà doanh nghiệp vẫn chưa nộp thuế, tổ chức bảo lãnh có trách nhiệm nộp thay toàn bộ số tiền thuế và tiền chậm nộp phát sinh.

• Xử lý đối với các trường hợp chuyển tiếp: Công văn hướng dẫn cụ thể việc áp dụng thời hạn nộp thuế đối với các lô hàng nhập khẩu có tờ khai hải quan đăng ký trước ngày Luật Quản lý thuế sửa đổi có hiệu lực nhưng chưa nộp thuế, đảm bảo tính liên tục và hạn chế tối đa ảnh hưởng tiêu cực đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.
• Tăng cường kiểm tra, giám sát của cơ quan hải quan: Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố đẩy mạnh công tác kiểm tra cơ sở sản xuất của doanh nghiệp, đối chiếu thông tin trên hệ thống quản lý rủi ro để xác định chính xác đối tượng được hưởng thời hạn nộp thuế 275 ngày, tránh tình trạng trục lợi chính sách hoặc gian lận, trốn thuế.

Công văn 5503/TCHQ-TXNK đã tạo ra hành lang pháp lý rõ ràng, giúp tháo gỡ khó khăn về dòng vốn cho các doanh nghiệp sản xuất xuất khẩu thông qua chính sách giãn thời hạn nộp thuế. Đồng thời, văn bản cũng nâng cao vai trò giám sát của cơ quan hải quan và trách nhiệm liên đới của các tổ chức tín dụng trong việc bảo lãnh thuế, góp phần bảo vệ nguồn thu cho ngân sách nhà nước và đảm bảo tính minh bạch của thị trường.