Công văn 5657/TCHQ-GSQL năm 2021 do Tổng cục Hải quan ban hành đóng vai trò quan trọng trong việc hướng dẫn thực hiện các quy định về ưu đãi đầu tư theo Nghị định 31/2021/NĐ-CP. Văn bản này tập trung tháo gỡ các vướng mắc về thủ tục hải quan, xác định đối tượng ưu đãi thuế nhập khẩu đối với các dự án đầu tư, đảm bảo sự thống nhất trong áp dụng pháp luật giữa cơ quan hải quan và doanh nghiệp.

- Xác định đối tượng và địa bàn được hưởng ưu đãi đầu tư

• Văn bản hướng dẫn chi tiết cách xác định dự án đầu tư thuộc ngành, nghề ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư theo quy định tại Nghị định 31/2021/NĐ-CP để làm cơ sở áp dụng ưu đãi thuế nhập khẩu.
• Đối với các dự án thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, cơ quan hải quan căn cứ vào Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định chủ trương đầu tư để thực hiện miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tạo tài sản cố định.
• Lưu ý việc áp dụng ưu đãi đối với các dự án đầu tư mở rộng hoặc dự án đầu tư phân kỳ, đảm bảo phần máy móc, thiết bị nhập khẩu phải trực tiếp phục vụ cho mục tiêu và quy mô của dự án được phê duyệt.

- Thủ tục thông báo danh mục hàng hóa miễn thuế (Danh mục miễn thuế)

• Chủ đầu tư có trách nhiệm thực hiện thông báo Danh mục hàng hóa nhập khẩu được miễn thuế cho cơ quan hải quan trước khi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu đầu tiên của dự án.
• Hồ sơ và thủ tục thông báo danh mục miễn thuế được thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hiện hành, kết hợp với các thông tin về dự án đầu tư đã được đăng ký theo Nghị định 31/2021/NĐ-CP.
• Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận danh mục có trách nhiệm kiểm tra tính đồng bộ, thống nhất của hồ sơ, đối chiếu với các quy định về ngành nghề, địa bàn ưu đãi đầu tư để phê duyệt hoặc phản hồi cho doanh nghiệp trong thời hạn quy định.

- Xử lý ưu đãi thuế đối với trường hợp điều chỉnh dự án đầu tư

• Trường hợp dự án đầu tư có sự thay đổi về mục tiêu, quy mô, địa điểm thực hiện hoặc các nội dung khác dẫn đến thay đổi về điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư, chủ đầu tư phải thực hiện thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.
• Cơ quan hải quan sẽ căn cứ vào nội dung điều chỉnh để xác định lại quyền lợi ưu đãi thuế nhập khẩu của dự án. Đối với các hàng hóa đã nhập khẩu miễn thuế nhưng sau đó không còn thuộc đối tượng ưu đãi do thay đổi dự án, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai, nộp đủ thuế theo quy định.
• Hướng dẫn cụ thể về việc xử lý chuyển nhượng dự án đầu tư hoặc chuyển nhượng một phần tài sản cố định đã được miễn thuế nhập khẩu cho đối tượng khác, đảm bảo việc quản lý thuế chặt chẽ và đúng mục đích.

- Cơ chế phối hợp và kiểm tra sau thông quan

• Tổng cục Hải quan yêu cầu các Cục Hải quan tỉnh, thành phố tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan đối với các dự án được hưởng ưu đãi đầu tư nhằm phát hiện và xử lý kịp thời các trường hợp lợi dụng chính sách ưu đãi để trục lợi.
• Tăng cường phối hợp, trao đổi thông tin giữa cơ quan hải quan và Sở Kế hoạch và Đầu tư các tỉnh, thành phố để xác minh tính chính xác của các thông tin trên Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và tình hình triển khai thực tế của dự án.
• Giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện thông qua cơ chế báo cáo nhanh về Tổng cục Hải quan để có hướng dẫn xử lý thống nhất trên phạm vi toàn quốc.