b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

Trường hợp trong kỳ kê khai, cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh chưa được khấu trừ hết và số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 và khoản 3 Điều này theo quy định.

…

Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư. Trường hợp dự án đầu tư không thuộc đối tượng được phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư thì phải có phương án đầu tư được người có thẩm quyền ra quyết định đầu tư phê duyệt...”.

Căn cứ các quy định trên, trường hợp Công ty trụ sở chính tại TP. Hồ Chí Minh có thực hiện dự án đầu tư xây dựng Nhà máy sản xuất tại KCN Phúc Long, Huyện Bến Lức, Tỉnh Long An, dự án đã được cấp Giấy chứng nhận thành lập Chi nhánh hạch toán phụ thuộc, đã được cấp mã số thuế ngày 12/08/2015, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ tại Chi cục Thuế Huyện Bến Lức, Tỉnh Long An thì Chi nhánh Công ty thực hiện kê khai, khấu trừ và hoàn thuế GTGT tại Tỉnh Long An (nếu thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định).

Trường hợp nhà máy chỉ là đơn vị sản xuất, sản phẩm sản xuất xong giao Công ty tiêu thụ, không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế GTGT tập trung tại Công ty và Công ty thực hiện kê khai khấu trừ, hoàn thuế (nếu thuộc trường hợp và đủ điều kiện) tại cơ quan thuế quản lý Công ty.

Cục Thuế TP thông báo Công ty biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này.