Ngày 19 tháng 12 năm 2014, Tổng cục Thuế đã ban hành Công văn số 5869/TCT-CS hướng dẫn về việc xử lý hóa đơn để hoàn lại tiền thuế nộp thừa. Văn bản này đưa ra các chỉ dẫn cụ thể cho cơ quan thuế địa phương và doanh nghiệp trong việc giải quyết quyền lợi thuế phát sinh từ các giao dịch điều chỉnh hóa đơn, trả lại hàng hóa hoặc sai sót trong quá trình lập hóa đơn.

Phạm vi áp dụng của văn bản bao gồm các trường hợp người nộp thuế đã kê khai, nộp thuế nhưng sau đó có sự thay đổi về doanh thu, sản lượng hoặc phát hiện sai sót trên hóa đơn dẫn đến phát sinh số thuế nộp thừa. Đối tượng áp dụng trực tiếp là các tổ chức, cá nhân nộp thuế và cơ quan thuế các cấp chịu trách nhiệm quản lý, xử lý hồ sơ hoàn thuế.

Nguyên tắc xử lý hóa đơn đã lập khi có thay đổi giao dịch hoặc sai sót

• Khi phát sinh các trường hợp trả lại hàng hóa (một phần hoặc toàn bộ), giảm giá hàng bán, hoặc phát hiện sai sót trên hóa đơn đã lập và đã kê khai thuế, các bên tham gia giao dịch phải lập biên bản hoặc có thỏa thuận bằng văn bản nêu rõ lý do trả lại hàng hoặc điều chỉnh sai sót.
• Người bán có trách nhiệm lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn mới theo đúng quy định pháp luật về hóa đơn, chứng từ tại thời điểm phát sinh sự việc. Hóa đơn điều chỉnh phải ghi rõ nội dung điều chỉnh tăng hoặc giảm doanh thu, thuế suất, tiền thuế giá trị gia tăng kèm theo ký hiệu, số hiệu của hóa đơn gốc cần điều chỉnh.

Xác định số thuế nộp thừa phát sinh từ việc điều chỉnh hóa đơn

• Số thuế nộp thừa được xác định trên cơ sở chênh lệch giữa số thuế đã kê khai, nộp vào ngân sách nhà nước theo hóa đơn gốc và số thuế thực tế phải nộp sau khi đã điều chỉnh hóa đơn.
• Người nộp thuế thực hiện kê khai bổ sung, điều chỉnh doanh thu và thuế giá trị gia tăng đầu ra, đầu vào trên tờ khai thuế của kỳ phát sinh sai sót hoặc kỳ hiện tại theo quy định của Luật Quản lý thuế.
• Khoản chênh lệch thuế giảm sau khi kê khai bổ sung được ghi nhận là khoản thuế nộp thừa và được xử lý theo các phương thức bù trừ hoặc hoàn trả trực tiếp.

Phương thức xử lý và thủ tục hoàn trả tiền thuế nộp thừa

• Phương thức bù trừ tự động: Người nộp thuế được chủ động bù trừ số tiền thuế nộp thừa vào số thuế phải nộp của các kỳ tính thuế tiếp theo đối với cùng loại thuế.
• Phương thức hoàn trả trực tiếp: Trường hợp người nộp thuế không có số thuế phải nộp trong kỳ tiếp theo hoặc có nhu cầu hoàn trả, người nộp thuế lập hồ sơ đề nghị hoàn trả tiền thuế nộp thừa gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Thành phần hồ sơ đề nghị hoàn trả: Bao gồm văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế nộp thừa theo mẫu quy định; bản sao các hóa đơn gốc, hóa đơn điều chỉnh, biên bản thỏa thuận giữa hai bên; chứng từ nộp thuế vào ngân sách nhà nước và các tờ khai thuế bổ sung liên quan.
• Trách nhiệm của cơ quan thuế: Cơ quan thuế có nhiệm vụ tiếp nhận, đối chiếu số liệu trên hệ thống quản lý thuế với hồ sơ do doanh nghiệp cung cấp. Sau khi xác định thông tin chính xác, cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn trả tiền thuế nộp thừa cho người nộp thuế theo đúng thời hạn pháp luật quy định.

Công văn 5869/TCT-CS có hiệu lực hướng dẫn thực hiện kể từ ngày ban hành (19/12/2014). Các quy định trong văn bản này giúp thống nhất quy trình xử lý nghiệp vụ thuế tại các địa phương, đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho doanh nghiệp khi gặp các sự cố về hóa đơn dẫn đến nộp thừa thuế.