Công văn 6509/TCHQ-GSQL do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giải quyết các vướng mắc liên quan đến thủ tục hải quan và chính sách thuế đối với hàng hóa nhập khẩu vào khu phi thuế quan thuộc Khu kinh tế cửa khẩu (KTCK). Văn bản này đóng vai trò định hướng cho các Cục Hải quan địa phương trong việc áp dụng thống nhất quy định pháp luật, đảm bảo vừa tạo thuận lợi cho hoạt động thương mại, vừa ngăn ngừa gian lận thuế.

• Hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan thuộc Khu kinh tế cửa khẩu chỉ được hưởng các chính sách ưu đãi về thuế (như miễn thuế nhập khẩu, không chịu thuế giá trị gia tăng) khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện về địa lý và sự kiểm soát của cơ quan hải quan.
• Khu phi thuế quan phải có rào ngăn cách biệt với lãnh thổ bên ngoài, có cổng và cửa ra vào đảm bảo điều kiện cho việc kiểm tra, giám sát, kiểm soát của cơ quan hải quan và các cơ quan chức năng liên quan.
• Doanh nghiệp hoạt động trong khu phi thuế quan phải thực hiện chế độ kế toán, kiểm toán và quản lý chứng từ sổ sách theo đúng quy định của pháp luật Việt Nam.

• Hàng hóa từ nước ngoài nhập khẩu vào khu phi thuế quan phải làm thủ tục hải quan tại Chi cục Hải quan quản lý khu phi thuế quan. Quy trình khai báo, kiểm tra thực tế hàng hóa (nếu có) được thực hiện theo quy định đối với hàng hóa nhập khẩu.
• Đối với hàng hóa đưa từ nội địa vào khu phi thuế quan, doanh nghiệp nội địa phải làm thủ tục xuất khẩu, trong khi doanh nghiệp trong khu phi thuế quan làm thủ tục nhập khẩu tương ứng để được hưởng các chính sách thuế đối với hàng xuất khẩu.
• Mọi biến động về lượng hàng hóa đưa vào, đưa ra hoặc tiêu thụ trong khu phi thuế quan đều phải được cập nhật, theo dõi và báo cáo định kỳ với cơ quan hải quan quản lý trực tiếp.

• Cơ quan hải quan có trách nhiệm giám sát chặt chẽ toàn bộ quá trình vận chuyển hàng hóa từ cửa khẩu nhập đầu tiên về đến khu phi thuế quan để tránh tình trạng hàng hóa bị tiêu thụ trái phép dọc đường (trong nội địa).
• Hàng hóa thuộc diện ưu đãi thuế khi tiêu dùng trong khu phi thuế quan phải đúng đối tượng và mục đích. Trường hợp hàng hóa được đưa từ khu phi thuế quan vào thị trường nội địa tiêu thụ thì phải kê khai, nộp đủ các loại thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng và các loại thuế khác (nếu có) theo quy định tại thời điểm chuyển đổi mục đích sử dụng.

• Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố chỉ đạo các Chi cục Hải quan cửa khẩu và Chi cục Hải quan quản lý khu phi thuế quan tăng cường phối hợp, chia sẻ thông tin để kiểm soát chặt chẽ nguồn gốc và đường đi của hàng hóa.
• Chủ động phối hợp với Ban quản lý Khu kinh tế cửa khẩu và các lực lượng chức năng trên địa bàn để kiểm tra, phát hiện và xử lý nghiêm các trường hợp lợi dụng chính sách ưu đãi của khu phi thuế quan để buôn lậu hoặc trốn thuế.