Công văn 6762/TCHQ-KTTT được Tổng cục Hải quan ban hành ngày 25 tháng 10 năm 2021 nhằm hướng dẫn và giải quyết các vướng mắc liên quan đến việc hoàn trả tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa nhập khẩu nộp thừa. Đây là văn bản chỉ đạo nghiệp vụ quan trọng giúp thống nhất quy trình xử lý giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế, bảo đảm quyền lợi hợp pháp cho doanh nghiệp nhập khẩu.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản áp dụng đối với các Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, các Chi cục Hải quan trên cả nước và các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân có hoạt động nhập khẩu hàng hóa phát sinh số tiền thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu cần thực hiện thủ tục hoàn trả.

Các nội dung cốt lõi về hoàn trả thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu

1. Nguyên tắc xác định tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa

• Tiền thuế GTGT hàng nhập khẩu được xác định là nộp thừa khi người nộp thuế đã nộp vào ngân sách nhà nước nhưng sau đó có sự thay đổi về đối tượng chịu thuế, được miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, hoặc do sai sót, nhầm lẫn trong quá trình kê khai, tính thuế.
• Việc xác định số tiền thuế nộp thừa phải dựa trên hồ sơ hải quan thực tế, chứng từ nộp tiền vào ngân sách nhà nước và các văn bản pháp lý điều chỉnh trực tiếp đối với lô hàng nhập khẩu đó.

2. Thẩm quyền và quy trình xử lý hoàn trả tiền thuế

• Cơ quan hải quan nơi người nộp thuế đăng ký tờ khai hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn trả tiền thuế GTGT nộp thừa của doanh nghiệp.
• Sau khi kiểm tra và xác định chính xác số tiền thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế hoặc quyết định xử lý tiền thuế nộp thừa theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế.
• Cơ quan hải quan có trách nhiệm truyền thông tin, dữ liệu điện tử về quyết định hoàn trả sang cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp để phối hợp theo dõi, khấu trừ hoặc hoàn trả theo quy định pháp luật về thuế GTGT.

3. Phối hợp giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế

• Để tránh việc hoàn thuế trùng lặp hoặc bỏ sót, cơ quan hải quan và cơ quan thuế phải thực hiện đối chiếu chặt chẽ thông tin trên hệ thống dữ liệu điện tử ngành tài chính.
• Trường hợp doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại cơ quan thuế đối với số thuế GTGT khâu nhập khẩu nộp thừa, cơ quan thuế sẽ thực hiện điều chỉnh giảm số thuế đã khấu trừ tương ứng trước khi cơ quan hải quan thực hiện hoàn trả hoặc ngược lại.
• Đảm bảo nguyên tắc người nộp thuế chỉ được nhận hoàn trả hoặc khấu trừ một lần duy nhất đối với một khoản thuế GTGT nộp thừa.

4. Trách nhiệm của người nộp thuế (Doanh nghiệp)

• Doanh nghiệp có nghĩa vụ kê khai trung thực, chính xác các thông tin trên hồ sơ đề nghị hoàn trả tiền thuế GTGT nộp thừa.
• Cung cấp đầy đủ các chứng từ chứng minh việc đã nộp thuế vào ngân sách nhà nước, tờ khai hải quan và các tài liệu liên quan khác theo yêu cầu của cơ quan hải quan.
• Chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính hợp pháp, hợp lệ của hồ sơ và số liệu đề nghị hoàn trả.

Hiệu lực thi hành và tổ chức thực hiện

Công văn 6762/TCHQ-KTTT có hiệu lực hướng dẫn thực hiện ngay từ ngày ban hành. Tổng cục Hải quan yêu cầu các Cục Hải quan tỉnh, thành phố quán triệt, phổ biến đến toàn thể cán bộ, công chức hải quan trong đơn vị để thực hiện thống nhất, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi tối đa cho doanh nghiệp trong quá trình giải quyết thủ tục hoàn thuế, tránh gây phiền hà, sách nhiễu.