Công văn số 39/TCHQ-TXNK được Tổng cục Hải quan ban hành năm 2014 hướng dẫn về việc hoàn trả thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa nhập khẩu nộp thừa. Đây là văn bản chỉ đạo nghiệp vụ quan trọng nhằm thống nhất quy trình phối hợp giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế, giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình xử lý tiền thuế nộp thừa của doanh nghiệp tại khâu nhập khẩu.

Phạm vi và đối tượng áp dụng của văn bản

Văn bản hướng dẫn áp dụng đối với các Cục Hải quan tỉnh, thành phố, các Chi cục Hải quan trực thuộc, cơ quan Thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế và các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp có phát sinh số tiền thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu do các nguyên nhân khách quan hoặc chủ quan trong quá trình làm thủ tục thông quan.

Nguyên tắc xử lý và phân định thẩm quyền hoàn trả thuế GTGT nộp thừa

• Nguyên tắc không hoàn trùng: Việc xử lý hoàn trả thuế GTGT nộp thừa phải được kiểm soát chặt chẽ giữa hai cơ quan Hải quan và Thuế nhằm đảm bảo người nộp thuế không được hoàn thuế hai lần cho cùng một khoản nộp thừa (vừa được hoàn tại khâu nhập khẩu vừa được khấu trừ tại khâu nội địa).
• Phân định trách nhiệm: Cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm kiểm tra, xác định và xác nhận số thuế GTGT nộp thừa phát sinh tại khâu nhập khẩu. Cơ quan Thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp chịu trách nhiệm thực hiện việc hoàn trả hoặc bù trừ số thuế này cho người nộp thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Quy trình xác nhận số thuế GTGT nộp thừa của cơ quan Hải quan

• Tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ: Khi doanh nghiệp phát hiện có số thuế GTGT nộp thừa (do áp sai mã HS, sai thuế suất, điều chỉnh trị giá hải quan, hoặc hàng hóa thực tế nhập khẩu ít hơn khai báo...), doanh nghiệp nộp hồ sơ đề nghị xác nhận đến Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai.
• Đối chiếu và xác minh: Cơ quan Hải quan tiến hành kiểm tra hồ sơ hải quan, chứng từ nộp tiền vào ngân sách nhà nước, hệ thống thông tin kế toán thuế hải quan để xác định tính chính xác của số tiền thuế nộp thừa.
• Ban hành văn bản xác nhận: Sau khi xác minh thông tin là chính xác, cơ quan Hải quan ban hành văn bản xác nhận số tiền thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu. Văn bản này được gửi trực tiếp cho người nộp thuế và đồng thời gửi cho cơ quan Thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp để phối hợp xử lý.

Thủ tục hoàn trả và bù trừ thuế tại cơ quan Thuế địa phương

• Căn cứ thực hiện: Cơ quan Thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp căn cứ vào văn bản xác nhận số thuế GTGT nộp thừa do cơ quan Hải quan chuyển đến và hồ sơ đề nghị của doanh nghiệp để xem xét giải quyết.
• Phương thức xử lý: Cơ quan Thuế thực hiện hoàn trả tiền thuế nộp thừa từ ngân sách nhà nước hoặc hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện bù trừ vào số thuế GTGT phải nộp của các kỳ tính thuế tiếp theo theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
• Kiểm soát sau hoàn thuế: Cơ quan Thuế có trách nhiệm cập nhật thông tin xử lý hoàn trả vào hệ thống quản lý thuế để đảm bảo tính đồng bộ dữ liệu giữa hai ngành Thuế và Hải quan.

Hiệu lực thi hành và hướng dẫn tổ chức thực hiện

Công văn số 39/TCHQ-TXNK có hiệu lực áp dụng ngay từ thời điểm ban hành. Tổng cục Hải quan yêu cầu các Cục Hải quan tỉnh, thành phố phổ biến rộng rãi hướng dẫn này đến các Chi cục Hải quan trực thuộc và người nộp thuế trên địa bàn để nghiêm túc thực hiện, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp và tránh thất thoát ngân sách nhà nước.