Công văn số 6876/TCHQ-TXNK được Tổng cục Hải quan ban hành ngày 18 tháng 11 năm 2020 nhằm hướng dẫn chi tiết về việc hoàn trả tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) hàng nhập khẩu nộp thừa. Văn bản này đóng vai trò quan trọng trong việc thống nhất quy trình nghiệp vụ giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế, đồng thời tháo gỡ các vướng mắc thực tế cho doanh nghiệp trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế đối với hàng hóa nhập khẩu.

Phạm vi và đối tượng áp dụng của văn bản

Công văn hướng dẫn trực tiếp đến Cục Hải quan các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương để thống nhất thực hiện trên phạm vi toàn quốc. Đối tượng áp dụng bao gồm các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân có hoạt động nhập khẩu hàng hóa phát sinh số tiền thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu do các nguyên nhân như khai sai mã số, thuế suất, trị giá hải quan hoặc do nhầm lẫn trong quá trình nộp tiền vào ngân sách nhà nước.

Nguyên tắc xử lý tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa

• Việc xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu được thực hiện căn cứ theo quy định tại Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và các văn bản hướng dẫn thi hành liên quan.
• Cơ quan Hải quan chỉ thực hiện hoàn trả số tiền thuế GTGT nộp thừa khi người nộp thuế đáp ứng đầy đủ các điều kiện về hồ sơ, thủ tục và chưa thực hiện kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế tại cơ quan Thuế nội địa.

Phân định thẩm quyền hoàn thuế giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế

• Trường hợp thuộc thẩm quyền giải quyết của cơ quan Hải quan: Nếu người nộp thuế phát hiện có số tiền thuế GTGT nộp thừa ở khâu nhập khẩu và xác định chưa thực hiện kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đầu vào với cơ quan Thuế quản lý trực tiếp, cơ quan Hải quan nơi phát sinh số thuế nộp thừa sẽ tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra và thực hiện hoàn trả tiền thuế nộp thừa cho doanh nghiệp theo quy định.
• Trường hợp thuộc thẩm quyền giải quyết của cơ quan Thuế: Đối với trường hợp người nộp thuế đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được cơ quan Thuế hoàn thuế GTGT đầu vào đối với số thuế GTGT nộp thừa ở khâu nhập khẩu, cơ quan Hải quan không thực hiện hoàn trả trực tiếp. Người nộp thuế phải thực hiện kê khai điều chỉnh, xử lý số thuế nộp thừa này với cơ quan Thuế trực tiếp quản lý theo quy định của pháp luật về thuế GTGT và quản lý thuế nội địa.

Quy trình và thủ tục hoàn thuế nộp thừa tại cơ quan Hải quan

• Người nộp thuế chuẩn bị và nộp hồ sơ đề nghị xử lý tiền thuế nộp thừa đến cơ quan Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan phát sinh số thuế nộp thừa.
• Hồ sơ đề nghị hoàn thuế bao gồm: Văn bản đề nghị xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu quy định; các chứng từ nộp tiền vào ngân sách nhà nước; tài liệu, chứng từ chứng minh có sự nhầm lẫn, sai sót dẫn đến nộp thừa.
• Cơ quan Hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ, đối chiếu dữ liệu trên hệ thống thông tin quản lý của ngành Hải quan và phối hợp trao đổi thông tin với cơ quan Thuế (nếu cần thiết) để xác định chính xác trạng thái kê khai thuế của doanh nghiệp trước khi ra quyết định hoàn thuế hoặc bù trừ nghĩa vụ thuế.

Hiệu lực thi hành và tổ chức thực hiện

Công văn số 6876/TCHQ-TXNK có hiệu lực hướng dẫn thực hiện ngay từ ngày ban hành (18/11/2020). Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố phổ biến, quán triệt nội dung hướng dẫn đến toàn thể cán bộ, công chức hải quan và thông báo rộng rãi cho người nộp thuế trên địa bàn biết để thực hiện thống nhất, đúng quy định pháp luật.