b) Việc khai thuế theo tháng hoặc quý được xác định một lần kể từ tháng đầu tiên có phát sinh khấu trừ thuế và áp dụng cho cả năm tính thuế, cụ thể như sau:

b.1) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập phát sinh số thuế khấu trừ trong tháng của ít nhất một loại tờ khai thuế thu nhập cá nhân từ 50 triệu đồng trở lên thì thực hiện khai thuế theo tháng, trừ trường hợp tổ chức, cá nhân trả thu nhập thuộc diện khai thuế giá trị gia tăng theo quý.

b.2) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập không thuộc diện khai thuế theo tháng theo hướng dẫn nêu trên thì thực hiện khai thuế theo quý.

c) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thuộc diện chịu thuế thu nhập cá nhân không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không phát sinh khấu trừ thuế có trách nhiệm khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân và quyết toán thuế thu nhập cá nhân thay cho các cá nhân có uỷ quyền.

2. Khai thuế đối với cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công, từ kinh doanh

a) Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công khai thuế trực tiếp với cơ quan thuế bao gồm:

a.1) Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công do các tổ chức quốc tế, Đại sứ quán, Lãnh sự quán tại Việt Nam trả nhưng chưa thực hiện khấu trừ thuế thực hiện khai thuế trực tiếp với cơ quan thuế theo quý.

a.2) Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công do các tổ chức, cá nhân trả từ nước ngoài thực hiện khai thuế trực tiếp với cơ quan thuế theo quý.”

Trường hợp Công ty theo trình bày có nhân viên người nước ngoài là cá nhân cư trú tại Việt Nam trong năm tính thuế, làm việc tại Công ty nhận thu nhập tiền lương, tiền công một phần tại Việt Nam và một phần tại Nhật Bản đều do Công ty chi trả thì Công ty thực hiện kê khai, khấu trừ thuế TNCN theo mẫu số 02/KK-TNCN (mẫu biểu ban hành theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC) trên toàn bộ thu nhập Công ty trả cho người lao động (bao gồm tiền lương do Công ty trả cho người lao động tại Nhật), người lao động không phải trực tiếp kê khai thuế TNCN theo quý cho cơ quan thuế.

Về kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT):

Căn cứ Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế;

Căn cứ Điểm 7 Điều 14 Mục I Chương III Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 hướng dẫn về thuế GTGT:

“Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.

a) Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ còn sót hoá đơn chưa kê khai, khấu trừ thì được kê khai, khấu trừ bổ sung; thời gian để kê khai, khấu trừ bổ sung tối đa là 6 (sáu) tháng, kể từ tháng phát sinh hoá đơn bỏ sót, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm b khoản này.

…

b) Trường hợp cơ sở kinh doanh kê khai sót về số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu (kể cả số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu có chứng từ nộp thuế trước ngày 01/3/2012), số thuế GTGT đầu vào đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động thì được kê khai, khấu trừ bổ sung theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.”

Trường hợp Công ty kê khai sót số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu thì được kê khai, khấu trừ bổ sung theo quy định của pháp luật quản lý thuế (không giới hạn thời gian nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế).

Cục Thuế TP thông báo Công ty biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này.