b) Đối với trường hợp không thuộc quy định tại điểm a khoản này, việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn mười năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế”.

Căn cứ Điều 77 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định: “1. Cơ quan quản lý thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.

2.Thủ tục, thẩm quyền, trách nhiệm thanh tra, kiểm tra của cơ quan quản lý thuế đối với hồ sơ hoàn thuế được thực hiện theo quy định của Luật này và Luật Thanh tra”.

Căn cứ khoản 1 Điều 70 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật số 80/2015/QH13 quy định: “Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng từ thời điểm bắt đầu có hiệu lực. Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực. Trong trường hợp quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trở về trước thì áp dụng theo quy định đó”.

Căn cứ các quy định nêu trên thì việc kiểm tra sau hoàn thuế đối với các hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước được thực hiện trên nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 năm đối kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế với các quyết định hoàn thuế ban hành tại thời điểm Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 có hiệu lực trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế đối với các quyết định hoàn thuế ban hành tại thời điểm Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 có hiệu lực.

2. Thanh tra, kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau

Việc thanh tra chuyên ngành đối với các doanh nghiệp dựa trên cơ sở thu thập tổng thể số liệu, tình hình về quá trình hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu; quá trình chấp hành pháp luật về hải quan, về thuế của doanh nghiệp trong một khoảng thời gian dài (thường từ 3-5 năm).

Hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau của doanh nghiệp là một thành phần trong việc thu thập tổng thể số liệu, tình hình nêu trên để làm cơ sở xem xét, đánh giá, lựa chọn đối tượng, đề xuất cấp có thẩm quyền phê duyệt kế hoạch thanh tra chuyên ngành.

Việc lựa chọn đối tượng (doanh nghiệp) thanh tra chuyên ngành còn căn cứ vào một số vấn đề như: định hướng thanh tra chuyên ngành hàng năm của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan; kết quả tự thu thập số liệu, tình hình, rà soát; chuyên đề trọng điểm theo chỉ đạo của cấp trên...

Khi tiến hành thanh tra chuyên ngành đối với doanh nghiệp, nội dung, phạm vi thanh tra gồm nhiều hoạt động, quá trình của doanh nghiệp, thời kỳ thanh tra dài vài năm; không chỉ thanh tra riêng đối với hồ sơ hoàn thuế.

Như vậy các hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế của doanh nghiệp vẫn có thể thuộc phạm vi được thanh tra, kiểm tra cơ quan hải quan theo quy định.

3. Kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước của doanh nghiệp ưu tiên

Căn cứ Điều 44 Luật Hải quan số 54/2014/QH13 về trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc thực hiện chế độ ưu tiên quy định:

“1. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan xét, công nhận, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ việc áp dụng chế độ ưu tiên cho doanh nghiệp.

2. Cơ quan hải quan các cấp có trách nhiệm:

a) Kiểm tra, giám sát, đánh giá sự tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp;

b) Hướng dẫn doanh nghiệp về chính sách, quy định của pháp luật về thuế và hải quan”.

Căn cứ khoản 4 Điều 12 Thông tư 06/2021/TT-BTC ngày 22/01/2021 của Bộ Tài chính quy định: “Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn ban hành Quyết định thanh tra, kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành Quyết định hoàn thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 77 Luật Quản lý thuế”.

Căn cứ Luật Quản lý thuế thì không có quy định về việc không thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước của doanh nghiệp ưu tiên. Việc kiểm tra sau hoàn thuế đối với các hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước được thực hiện trên nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 năm đối với các quyết định hoàn thuế ban hành tại thời điểm Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 có hiệu lực và trong thời hạn 05 năm đối với các quyết định hoàn thuế ban hành tại thời điểm Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 có hiệu lực.

Ngày 03/01/2023, Tổng cục Hải quan có công văn số 02/TCHQ-KTSTQ ngày 03/01/2023 chỉ đạo trong trường hợp phát hiện dấu hiệu cần áp dụng biện pháp kiểm tra đối với các doanh nghiệp ưu tiên thì phải báo cáo Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan (qua Cục Kiểm tra sau Thông quan) để xem xét quyết định việc kiểm tra.

Căn cứ quy định và hướng dẫn nêu trên thì thẩm quyền kiểm tra sau hoàn thuế đối với các doanh nghiệp ưu tiên do Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn ban hành Quyết định thanh tra, kiểm tra. Tuy nhiên, trước khi ban hành Quyết định kiểm tra, các Cục Hải quan tỉnh, thành phố phải báo cáo Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan (thông qua Cục Kiểm tra sau thông quan) các hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước của doanh nghiệp ưu tiên và kế hoạch kiểm tra để xem xét, quyết định việc kiểm tra hoặc có chỉ đạo kiểm tra.

Tổng cục Hải quan trả lời để Cục Hải quan tỉnh Bắc Ninh, Cục Hải quan tỉnh Quảng Ngãi biết và thực hiện./.