Công văn số 2498/TCT-HTQT của Tổng cục Thuế hướng dẫn về việc áp dụng Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giữa Việt Nam và Nhật Bản, tập trung vào các điều khoản đầu tiên từ Điều 1 đến Điều 4. Đây là các quy định nền tảng xác định phạm vi áp dụng, các loại thuế được điều chỉnh, định nghĩa pháp lý và nguyên tắc xác định đối tượng cư trú thuế giữa hai quốc gia.

Phạm vi áp dụng đối với đối tượng chịu thuế (Điều 1)

• Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giữa Việt Nam và Nhật Bản áp dụng đối với các cá nhân, tổ chức là đối tượng cư trú của một hoặc cả hai nước ký kết.
• Xác định rõ nghĩa vụ thuế của các đối tượng có thu nhập phát sinh tại nước sở tại nhưng có tư cách cư trú tại nước kia, nhằm tránh việc đánh thuế trùng lặp hoặc trốn lậu thuế.

Các loại thuế thuộc phạm vi điều chỉnh của Hiệp định (Điều 2)

• Tại Việt Nam, Hiệp định áp dụng đối với thuế thu nhập cá nhân và thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm cả các loại thuế thu nhập khác được ban hành sau này để thay thế hoặc bổ sung).
• Tại Nhật Bản, Hiệp định áp dụng đối với thuế thu nhập cá nhân, thuế thu nhập doanh nghiệp và các loại thuế địa phương có tính chất tương tự.
• Hiệp định cũng tự động áp dụng đối với các loại thuế có bản chất tương tự hoặc về cơ bản giống như các loại thuế hiện hành được ban hành sau ngày ký Hiệp định.

Các định nghĩa chung và giải thích thuật ngữ (Điều 3)

• Xác định rõ ranh giới địa lý áp dụng Hiệp định đối với lãnh thổ Việt Nam và Nhật Bản, bao gồm cả vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa thuộc quyền tài phán của mỗi nước.
• Định nghĩa cụ thể về các thuật ngữ pháp lý cốt lõi như "đối tượng", "công ty", "xí nghiệp của một nước ký kết" và "vận tải quốc tế".
• Quy định nguyên tắc giải thích thuật ngữ: Bất kỳ thuật ngữ nào chưa được định nghĩa trong Hiệp định sẽ được hiểu theo quy định của pháp luật thuế nước áp dụng Hiệp định đó, trừ khi bối cảnh yêu cầu có cách giải thích khác.

Xác định đối tượng cư trú thuế (Điều 4)

• Đối tượng cư trú được xác định là bất kỳ đối tượng nào, theo luật pháp của nước ký kết, là đối tượng chịu thuế tại nước đó do có nhà ở, thời gian cư trú, trụ sở điều hành, trụ sở chính hoặc các tiêu chuẩn tương tự.
• Quy tắc phân xử (Tie-breaker rules) đối với cá nhân cư trú trùng song song tại cả hai nước: Ưu tiên xác định theo nơi cá nhân đó có nhà ở thường trú; nếu cả hai nước đều có hoặc không có nhà ở thường trú, sẽ xét đến trung tâm các quan hệ sống (nơi có quan hệ kinh tế và cá nhân chặt chẽ hơn); tiếp theo là nơi thường sống, quốc tịch, và cuối cùng là sự thỏa thuận giữa nhà chức trách có thẩm quyền của hai nước.
• Đối với các đối tượng không phải là cá nhân (như doanh nghiệp) là đối tượng cư trú của cả hai nước, địa vị cư trú sẽ được xác định dựa trên nơi đặt trụ sở điều hành thực tế hoặc thông qua thủ tục thỏa thuận song phương giữa hai cơ quan thuế.