Công văn số 2544/TCT-DNNN do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn chi tiết về việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các hóa đơn đầu vào bị kê khai chậm, bỏ sót. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp các doanh nghiệp tháo gỡ vướng mắc trong quá trình kê khai, bổ sung thuế GTGT đầu vào nhằm đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế theo đúng quy định của pháp luật thuế hiện hành.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản áp dụng đối với các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế và cá nhân nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có phát sinh các hóa đơn GTGT mua vào bị bỏ sót, chưa thực hiện kê khai trong kỳ phát sinh hóa đơn. Hướng dẫn này đồng thời là căn cứ pháp lý để cơ quan thuế các cấp thống nhất thực hiện kiểm tra, giám sát quá trình kê khai bổ sung của người nộp thuế.

- Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hóa đơn kê khai chậm

• Người nộp thuế phát hiện hóa đơn GTGT đầu vào của các kỳ trước bị bỏ sót chưa kê khai thì được quyền kê khai, khấu trừ bổ sung vào kỳ tính thuế phát hiện sai sót.
• Việc kê khai, khấu trừ bổ sung phải được thực hiện trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế.
• Trường hợp hóa đơn đầu vào bị bỏ sót được kê khai bổ sung đúng quy định thì doanh nghiệp được tính khấu trừ toàn bộ số thuế GTGT đầu vào hợp lệ theo quy định.

- Điều kiện áp dụng khấu trừ thuế đối với hóa đơn bỏ sót

• Phải có hóa đơn GTGT hợp pháp, hợp lệ của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu theo quy định của pháp luật.
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT), trừ các trường hợp đặc biệt không bắt buộc thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật.
• Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ.

- Xử lý đối với trường hợp kê khai sau khi có quyết định thanh tra, kiểm tra

• Nếu người nộp thuế phát hiện hóa đơn bỏ sót và thực hiện kê khai bổ sung sau khi cơ quan thuế đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế đối với kỳ thuế đó, thì số thuế GTGT đầu vào này không được tính khấu trừ, hoàn thuế đối với kỳ thanh tra, kiểm tra.
• Mọi hành vi cố tình trì hoãn kê khai hoặc kê khai không đúng thực tế nhằm trục lợi thuế sẽ bị xử lý nghiêm theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế.

Hiệu lực thi hành

Công văn số 2544/TCT-DNNN có hiệu lực hướng dẫn áp dụng kể từ ngày ban hành. Các nội dung hướng dẫn tại công văn này được thực hiện thống nhất với các quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành liên quan.