Công văn số 3275/TCT-KK được ban hành bởi Tổng cục Thuế hướng dẫn về việc kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các hóa đơn đầu vào bị bỏ sót hoặc kê khai chậm. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương thống nhất phương án xử lý các khoản thuế GTGT đầu vào chưa được kê khai kịp thời, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế theo đúng quy định pháp luật.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản này áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có phát sinh hóa đơn GTGT mua vào bị bỏ sót chưa kê khai trong kỳ phát sinh. Đồng thời, hướng dẫn này cũng áp dụng cho cơ quan thuế các cấp trong quá trình thực hiện công tác quản lý thuế, thanh tra và kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế.

- Nguyên tắc kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào bị bỏ sót

• Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào thì được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.
• Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện hóa đơn GTGT đầu vào bị bỏ sót, chưa kê khai, khấu trừ thì được kê khai, khấu trừ bổ sung vào kỳ tính thuế phát hiện sai sót.
• Việc kê khai, khấu trừ bổ sung phải được thực hiện trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra thuế, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

- Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đối với hóa đơn kê khai chậm

• Hóa đơn GTGT mua vào phải là hóa đơn hợp pháp, đúng quy định của pháp luật về hóa đơn, chứng từ.
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế GTGT), trừ các trường hợp đặc biệt theo quy định của pháp luật.
• Người nộp thuế phải thực hiện kê khai bổ sung, điều chỉnh theo đúng mẫu biểu và thủ tục quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

- Xử lý trường hợp phát hiện hóa đơn bỏ sót sau khi có quyết định thanh tra, kiểm tra

• Trường hợp người nộp thuế phát hiện hóa đơn đầu vào bị bỏ sót sau khi cơ quan thuế đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp cho kỳ tính thuế đó, thì người nộp thuế không được tự ý kê khai, khấu trừ bổ sung đối với các hóa đơn phát sinh trong thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra.
• Mọi điều chỉnh liên quan đến số liệu thuế của thời kỳ đã được thanh tra, kiểm tra phải tuân thủ theo kết luận thanh tra, kiểm tra hoặc quyết định xử lý của cơ quan thuế có thẩm quyền.

Hiệu lực thi hành và tổ chức thực hiện

Công văn số 3275/TCT-KK có hiệu lực hướng dẫn kể từ ngày ban hành. Các quy định trong công văn này được áp dụng đồng bộ với các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT và quản lý thuế hiện hành. Doanh nghiệp cần chủ động rà soát hệ thống hóa đơn chứng từ đầu vào để thực hiện kê khai bổ sung kịp thời, tránh rủi ro bị từ chối khấu trừ thuế khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra tại thực địa.