Công văn số 3281/TCT-PCCS của Tổng cục Thuế là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng dành cho các Cục Thuế địa phương và cộng đồng doanh nghiệp. Nội dung công văn tập trung giải quyết các vướng mắc thực tế liên quan đến điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào và việc xác định các khoản chi phí được trừ (chi phí hợp lý) khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Đây là cơ sở pháp lý giúp doanh nghiệp thực hiện đúng nghĩa vụ thuế và hạn chế rủi ro bị truy thu, xử phạt.

Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện mang tính nguyên tắc sau:

• Tính hợp pháp của hóa đơn: Doanh nghiệp phải có hóa đơn GTGT hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu. Hóa đơn phải ghi đầy đủ, chính xác các chỉ tiêu bắt buộc như tên, địa chỉ, mã số thuế của cả bên bán và bên mua.
• Phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh: Hàng hóa, dịch vụ mua vào phải được sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Đối với các hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ có giá trị từ mức quy định trở lên (thông thường là từ 20 triệu đồng trở lên), doanh nghiệp bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (chuyển khoản qua ngân hàng) để đủ điều kiện khấu trừ.

Về mặt thuế TNDN, công văn làm rõ các tiêu chuẩn để một khoản chi được ghi nhận là chi phí hợp lý được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế:

• Liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh: Khoản chi thực tế phát sinh phải liên quan trực tiếp đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
• Hồ sơ chứng từ đầy đủ: Khoản chi phải có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật. Đối với các trường hợp đặc thù không có hóa đơn, doanh nghiệp phải lập bảng kê thu mua theo đúng biểu mẫu quy định của Bộ Tài chính.
• Chứng từ thanh toán: Tương tự như thuế GTGT, các khoản chi có hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ có giá trị lớn phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được tính vào chi phí được trừ.

Một trong những nội dung trọng tâm được hướng dẫn chi tiết là phương án xử lý đối với các hóa đơn đầu vào phát sinh từ các doanh nghiệp đã bỏ trốn hoặc ngừng hoạt động kinh doanh:

• Trường hợp giao dịch mua bán là có thật: Nếu doanh nghiệp chứng minh được việc mua bán hàng hóa, dịch vụ là có thật (có hợp đồng kinh tế, biên bản giao nhận hàng hóa, chứng từ thanh toán thực tế, hàng hóa đã được đưa vào sản xuất kinh doanh), cơ quan thuế sẽ kiểm tra, đối chiếu để xem xét chấp nhận khấu trừ thuế GTGT đầu vào và tính vào chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
• Trường hợp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp: Nếu doanh nghiệp sử dụng hóa đơn của các đơn vị đã bỏ trốn nhằm mục đích hợp thức hóa hàng hóa trôi nổi (giao dịch khống), doanh nghiệp sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN. Đồng thời, doanh nghiệp sẽ bị xử lý vi phạm hành chính về thuế hoặc chuyển hồ sơ sang cơ quan chức năng nếu có dấu hiệu trốn thuế.

Để đảm bảo an toàn pháp lý trong công tác kế toán và kê khai thuế, doanh nghiệp cần chủ động thực hiện các biện pháp sau:

• Thường xuyên tra cứu, kiểm tra trạng thái hoạt động của các nhà cung cấp trên hệ thống thông tin của cơ quan thuế trước khi thực hiện giao dịch và nhận hóa đơn.
• Lưu trữ khoa học, đầy đủ toàn bộ hồ sơ kèm theo giao dịch như hợp đồng, biên bản nghiệm thu, phiếu xuất kho, phiếu nhập kho và chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
• Chủ động giải trình và cung cấp tài liệu chứng minh tính trung thực của giao dịch khi có yêu cầu thanh tra, kiểm tra từ cơ quan thuế quản lý trực tiếp.