Công văn số 399TCT/PCCS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với các hoạt động liên doanh, liên kết giữa các doanh nghiệp. Văn bản này giải quyết các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp trong việc xác định nghĩa vụ thuế, tránh đánh thuế trùng lặp đối với phần thu nhập nhận được từ hoạt động góp vốn, liên doanh liên kết.

Thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động liên doanh thành lập pháp nhân mới

Đối với hình thức liên doanh thành lập pháp nhân mới (doanh nghiệp liên doanh), nghĩa vụ thuế TNDN được xác định cụ thể như sau:

• Nghĩa vụ của pháp nhân liên doanh: Doanh nghiệp liên doanh được thành lập có tư cách pháp nhân độc lập, thực hiện kê khai và nộp thuế TNDN đối với toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh của mình theo thuế suất quy định.
• Xử lý thuế đối với phần lợi nhuận chia cho các bên góp vốn: Khi doanh nghiệp liên doanh đã hoàn thành nghĩa vụ thuế TNDN và thực hiện chia lợi nhuận sau thuế cho các bên tham gia góp vốn, phần thu nhập này của các bên góp vốn sẽ được miễn thuế TNDN nhằm tránh đánh thuế hai lần trên cùng một khoản thu nhập.

Thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động liên kết không thành lập pháp nhân mới

Trong trường hợp các bên tham gia liên doanh, liên kết dưới hình thức hợp đồng hợp tác kinh doanh (BCC) không thành lập pháp nhân mới, phương thức xác định thuế TNDN phụ thuộc vào thỏa thuận phân chia kết quả kinh doanh giữa các bên:

• Trường hợp phân chia kết quả kinh doanh bằng doanh thu: Mỗi bên tham gia liên kết tự thực hiện kê khai và nộp thuế TNDN trên phần doanh thu được chia theo quy định pháp luật hiện hành.
• Trường hợp phân chia kết quả kinh doanh bằng lợi nhuận trước thuế: Một bên đại diện (thường là bên điều hành hoặc được ủy quyền) sẽ thực hiện hạch toán doanh thu, chi phí, xác định lợi nhuận trước thuế để phân chia cho các bên. Các bên nhận lợi nhuận có trách nhiệm tự kê khai và nộp thuế TNDN đối với phần lợi nhuận được chia này.
• Trường hợp phân chia kết quả kinh doanh bằng lợi nhuận sau thuế: Bên đại diện điều hành hợp đồng BCC có trách nhiệm kê khai và nộp thuế TNDN thay cho toàn bộ hoạt động của hợp đồng BCC, sau đó mới thực hiện chia lợi nhuận sau thuế cho các bên tham gia.

Nguyên tắc hạch toán và chứng từ đối với hoạt động liên doanh, liên kết

Để đảm bảo tính hợp pháp và minh bạch trong việc xác định nghĩa vụ thuế, Tổng cục Thuế đưa ra các yêu cầu chặt chẽ về hồ sơ, chứng từ:

• Hợp đồng liên doanh, liên kết: Phải quy định rõ ràng phương thức phân chia kết quả kinh doanh (doanh thu, lợi nhuận trước thuế hoặc lợi nhuận sau thuế) và trách nhiệm kê khai, nộp thuế của từng bên.
• Chứng từ phân chia thu nhập: Các bên phải xuất trình đầy đủ biên bản họp hội đồng thành viên, quyết định chia lợi nhuận, chứng từ chuyển tiền và các tài liệu chứng minh doanh nghiệp liên doanh đã hoàn thành nghĩa vụ thuế đối với phần thu nhập được chia.