Công văn số 505/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn về chính sách và thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại. Văn bản này nhằm tháo gỡ các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương trong quá trình thực hiện hoàn thuế GTGT cho các chương trình, dự án ODA theo đúng quy định pháp luật hiện hành.

Đối tượng áp dụng của công văn bao gồm các chủ chương trình, dự án ODA không hoàn lại, các nhà thầu chính được nhà tài trợ nước ngoài chỉ định trực tiếp quản lý và thực hiện dự án, cùng các cơ quan thuế các cấp chịu trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT trên phạm vi cả nước.

• Chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính được nhà tài trợ nước ngoài chỉ định, phê duyệt để quản lý và thực hiện chương trình, dự án ODA không hoàn lại được hoàn lại số thuế GTGT đã trả đối với hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam để phục vụ cho chương trình, dự án đó.
• Trường hợp nhà tài trợ nước ngoài trực tiếp quản lý, thực hiện dự án ODA không hoàn lại thì nhà tài trợ hoặc văn phòng đại diện của nhà tài trợ là đối tượng được hoàn thuế GTGT đầu vào hợp pháp.
• Đối với các dự án ODA vay ưu đãi hoặc ODA hỗn hợp, việc hoàn thuế GTGT chỉ áp dụng đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ được tài trợ bằng nguồn vốn ODA không hoàn lại theo đúng phê duyệt của cấp có thẩm quyền.

• Hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với dự án ODA phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định tại Luật Quản lý thuế và Thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính (như Thông tư số 80/2021/TT-BTC).
• Các tài liệu cốt lõi bắt buộc phải có trong hồ sơ bao gồm: Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu quy định; văn bản phê duyệt dự án ODA không hoàn lại của cơ quan có thẩm quyền; văn bản xác nhận viện trợ của cơ quan quản lý nhà nước về viện trợ; hợp đồng ký kết giữa chủ dự án với nhà thầu; hóa đơn GTGT hợp pháp và chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào.
• Trường hợp nhà thầu chính đề nghị hoàn thuế, phải cung cấp thêm văn bản của nhà tài trợ nước ngoài hoặc chủ dự án xác nhận về việc nhà thầu chính được chỉ định thực hiện dự án và thanh toán bằng nguồn vốn ODA không hoàn lại.

• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho dự án ODA không hoàn lại phải được hạch toán riêng biệt. Trường hợp không hạch toán riêng được, cơ quan thuế sẽ thực hiện phân bổ theo tỷ lệ quy định để xác định chính xác số thuế được hoàn.
• Số thuế GTGT đã được hoàn trả từ ngân sách nhà nước không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp của đơn vị thực hiện dự án.
• Cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu thông tin trên hóa đơn, chứng từ thanh toán và xác nhận viện trợ để đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ trước khi ban hành quyết định hoàn thuế cho đơn vị.

• Người nộp thuế (chủ dự án, nhà thầu chính) chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của hồ sơ, tài liệu và số liệu đề nghị hoàn thuế GTGT đã kê khai.
• Cơ quan thuế các cấp có nhiệm vụ hướng dẫn người nộp thuế hoàn thiện hồ sơ theo đúng quy định, thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế (hoàn thuế trước kiểm tra sau hoặc kiểm tra trước hoàn thuế sau) theo đúng quy trình quản lý rủi ro.
• Giải quyết kịp thời các vướng mắc phát sinh trong quá trình hoàn thuế cho các dự án ODA nhằm đảm bảo tiến độ giải ngân nguồn vốn viện trợ nước ngoài và uy tín quốc gia trong hợp tác quốc tế.

Công văn số 505/TCT-CS có hiệu lực thi hành kể từ ngày ban hành và được áp dụng thống nhất trên phạm vi cả nước. Các hướng dẫn tại công văn này được căn cứ trên các quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế và các Nghị định, Thông tư hướng dẫn thi hành liên quan.