Công văn số 5460/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn về việc hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) và kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với các trường hợp cụ thể, nhằm tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế và quản lý hóa đơn.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản áp dụng đối với các cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế và cá nhân kinh doanh có phát sinh hoạt động mua bán hàng hóa, dịch vụ, sử dụng hóa đơn GTGT và thực hiện kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào trên phạm vi cả nước.

Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định

• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, bao gồm cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT bị tổn thất.
• Doanh nghiệp phải có hóa đơn GTGT hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu, hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng đã bao gồm thuế GTGT.

Xử lý đối với hóa đơn lập không đúng thời điểm

• Trường hợp người bán lập hóa đơn không đúng thời điểm theo quy định của pháp luật về hóa đơn nhưng việc mua bán hàng hóa, dịch vụ là có thật, có đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh nghiệp vụ kinh tế phát sinh thực tế và đúng quy định.
• Nếu bên bán đã thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT đầu ra đầy đủ theo quy định và bên mua có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (đối với hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên) thì bên mua được xem xét, giải quyết kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định.
• Hành vi lập hóa đơn không đúng thời điểm của bên bán sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn theo các quy định pháp luật hiện hành về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế và hóa đơn.

Nguyên tắc kê khai, bổ sung thuế GTGT

• Việc kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào được thực hiện tại kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn. Trường hợp người nộp thuế phát hiện sai sót trong việc kê khai, khấu trừ thì được thực hiện kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
• Doanh nghiệp cần chủ động rà soát kỹ lưỡng các hóa đơn đầu vào, đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ của hóa đơn trước khi thực hiện kê khai để tránh các rủi ro pháp lý và nguy cơ bị truy thu thuế, phạt chậm nộp.

Hiệu lực thi hành và tổ chức thực hiện

Công văn số 5460/TCT-CS mang tính chất hướng dẫn nghiệp vụ dựa trên các quy định pháp luật thuế GTGT và quản lý thuế hiện hành. Các cơ quan thuế địa phương có trách nhiệm căn cứ vào tình hình thực tế của người nộp thuế để hướng dẫn, kiểm tra và áp dụng đồng bộ, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp đồng thời phòng chống các hành vi gian lận thuế.