Công văn số 5493/TCHQ-KTTT do Tổng cục Hải quan ban hành nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện chính sách thuế đối với hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định của các dự án đầu tư. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giúp các Cục Hải quan tỉnh, thành phố và cộng đồng doanh nghiệp thống nhất phương thức áp dụng quy định pháp luật về ưu đãi thuế, thủ tục hải quan và công tác quản lý, giám sát sau thông quan.

1. Điều kiện và đối tượng áp dụng ưu đãi miễn thuế nhập khẩu tạo tài sản cố định

Công văn hệ thống hóa và làm rõ các điều kiện cốt lõi để hàng hóa nhập khẩu được hưởng phân loại miễn thuế tạo tài sản cố định theo quy định tại Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 18/2021/NĐ-CP):

• Dự án đầu tư phải thuộc danh mục ngành nghề, lĩnh vực đặc biệt ưu đãi đầu tư, ưu đãi đầu tư hoặc thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn, địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn theo quy định của pháp luật đầu tư.
• Hàng hóa nhập khẩu phải nằm trong phạm vi quy định tại Khoản 11 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, bao gồm: máy móc, thiết bị; linh kiện, chi tiết, bộ phận rời đi kèm để lắp ráp đồng bộ hoặc sử dụng đồng bộ; phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ và vật tư xây dựng trong nước chưa sản xuất được.
• Chủ dự án đầu tư phải thực hiện thủ tục thông báo Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế (Danh mục miễn thuế) với cơ quan hải quan trước khi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu đầu tiên của dự án.

2. Hướng dẫn thủ tục đăng ký, sửa đổi và điều chỉnh Danh mục miễn thuế

Để tháo gỡ các vướng mắc về mặt thủ tục hành chính, Tổng cục Hải quan đưa ra các chỉ dẫn cụ thể đối với quy trình nghiệp vụ của cơ quan hải quan địa phương:

• Việc tiếp nhận và giải quyết hồ sơ thông báo Danh mục miễn thuế phải được thực hiện thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của ngành Hải quan. Chỉ trong trường hợp hệ thống gặp sự cố kỹ thuật, doanh nghiệp mới được thực hiện nộp hồ sơ giấy.
• Trường hợp dự án đầu tư có sự thay đổi về quy mô, mục tiêu, công suất hoặc nội dung hoạt động dẫn đến thay đổi nhu cầu sử dụng máy móc, thiết bị, chủ đầu tư phải thực hiện thủ tục sửa đổi, bổ sung Danh mục miễn thuế đã đăng ký trước khi tiến hành nhập khẩu hàng hóa đó.
• Cơ quan hải quan có trách nhiệm đối chiếu thông tin trên Danh mục miễn thuế với Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, tài liệu thiết kế kỹ thuật và các văn bản pháp lý liên quan để đảm bảo tính chính xác, hợp lệ của hàng hóa tạo tài sản cố định.

3. Xử lý vướng mắc khi thay đổi mục đích sử dụng và chuyển nhượng tài sản cố định

Công văn tập trung giải quyết các tình huống thực tế phát sinh khi doanh nghiệp thay đổi mục đích sử dụng hoặc chuyển nhượng hàng hóa đã được miễn thuế nhập khẩu:

• Hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định đã được miễn thuế phải được sử dụng đúng mục đích, đúng dự án đầu tư. Mọi hành vi tự ý chuyển nhượng, thanh lý hoặc thay đổi mục đích sử dụng khi chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế đều bị coi là vi phạm pháp luật.
• Khi thay đổi mục đích sử dụng hoặc chuyển nhượng cho đối tượng khác, doanh nghiệp phải chủ động kê khai tờ khai hải quan mới, nộp đủ tiền thuế nhập khẩu và các loại thuế liên quan. Trị giá tính thuế được xác định dựa trên giá trị sử dụng còn lại của hàng hóa tại thời điểm thay đổi mục đích sử dụng, tính theo tỷ lệ khấu hao quy định.
• Trường hợp chuyển nhượng dự án đầu tư kèm theo toàn bộ tài sản cố định đã miễn thuế cho chủ đầu tư mới để tiếp tục thực hiện dự án, chủ đầu tư mới phải kế thừa toàn bộ quyền lợi và nghĩa vụ liên quan, đồng thời thực hiện đăng ký lại thông tin với cơ quan hải quan quản lý.

4. Tăng cường công tác kiểm tra, giám sát hải quan sau thông quan

Nhằm ngăn ngừa việc lợi dụng chính sách ưu đãi thuế để trục lợi, Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị hải quan địa phương siết chặt công tác quản lý:

• Xây dựng kế hoạch kiểm tra tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế tại trụ sở của người nộp thuế dựa trên nguyên tắc quản lý rủi ro và đánh giá quá trình tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp.
• Tập trung kiểm tra đối với các dự án có dấu hiệu rủi ro cao như: dự án chậm tiến độ kéo dài, dự án tạm ngừng hoạt động, doanh nghiệp giải thể, phá sản hoặc có sự thay đổi đột ngột về cơ cấu cổ đông, chủ sở hữu.
• Kiên quyết truy thu thuế, xử phạt vi phạm hành chính đối với các trường hợp nhập khẩu hàng hóa không đúng đối tượng, sử dụng sai mục đích hoặc không khai báo thông tin thay đổi mục đích sử dụng theo đúng thời hạn quy định.